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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G000981

染色体: Chr04 坐标: 13215837-13221643 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G000981
名称SmilChr04G000981
描述probable serine/threonine-protein kinase WNK5
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向13215837 - 13221643 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131020091
GeneID131020091
locus_tag-
NCBI NameLOC131020091
原始查询SmilChr04G000981

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable serine/threonine-protein kinase WNK5
产物probable serine/threonine-protein kinase WNK5
ArabidopsisAT5G58350 (WNK4)
with no lysine (K) kinase 4 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835947]
identity=52.8; qcov=0.985; evalue=0; confidence=high
RiceOs12g0114100 (OsWNK8)
-
identity=62.4; qcov=0.668; evalue=3.16e-162; confidence=high
GOGO:0004674 (protein serine/threonine kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0006468 (protein phosphorylation); GO:0035556 (intracellular signal transduction)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131020091

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 0.80000 XP_057804729.1
2 Cell membrane 细胞膜 0.80000 XP_057804729.1
3 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057804729.1
4 Nucleus 细胞核 0.20000 XP_057804729.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057804729.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:13216253 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C11,D10
Chr4:13216789 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B112
Chr4:13216816 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B18
Chr4:13216830 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr4:13217235 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B59
Chr4:13217265 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr4:13217381 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C19
Chr4:13217404 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B74
Chr4:13217626 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B101,B108,B27,C43
Chr4:13217710 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr4:13217971 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B124,B79,D11
Chr4:13220949 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C6

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057804729.1
590 aa
N
1
295
590
PK_Tyr_Ser-Thr
Pkinase
C
PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 29-281 aa PF00069 Pkinase 30-285 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057804729.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 29 281 2.7e-33 116.1 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057804729.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 30 285 1.3e-50 173.0 Protein kinase domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057948746.1
ATAAATTAATTAATGCAAGATTGAATTAGTATTAATTATAAACTGCATTAATCAATTTTCCCTTGACAATATAATATCCCATCCATCTTATCCCATTTTTCTGCCTCCAATTCTCCATTGCAGATTTTTGCTAACACACAGTAGTCTTCTCCTACAACACCACCTTCTCTCTCTCTCAACCACAAATGGTGCTGCAAAATCGTCGCCACAGATTCTTCAAATTCAGGAGCCCCGTTTCCTTAAAAGCCCCACTTTTCGAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131020091
ATGTATAAAAGTCGAGGTATGGAAGCCATGGATGATGGAGGGAAGCTGTACGTGGAGATGGATCCGTCTGAGAGATATGGTCGTTTGAAAGATGTTCTTGGCAAAGGGGCGATGAAGACGGTGTATAGAGGCTTCGACGAGGTTTTGGGAATGGAAGTGGCATGGAATCAAGTGAAACTCGACAACATTCTCAACTCCCCCGAAGACCTCCAACGCCTCTACTCCGAGGTTCACTTGCTCAAAACTCTCAATCACCAATC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057804729.1
MYKSRGMEAMDDGGKLYVEMDPSERYGRLKDVLGKGAMKTVYRGFDEVLGMEVAWNQVKLDNILNSPEDLQRLYSEVHLLKTLNHQSIIKFRASWIDPHRRTFNFITEMFTSGTLREYRRRHKRVSLGAIKNWARQILEGLEYLHGHDPPVIHRDLKCDNIFVNGHLGQVKIGDLGLAAVLRGSHHAHSVIGTPEFMAPELYEEEYDELVDVYSFGMCVLEMLTSEYPYNECSNPAQIYKKVTSGKLPKSFDMIEDEEAR...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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