当前解析结果
SmilChr04G000983| 统一新 Gene ID | SmilChr04G000983 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr04G000983 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr04G000983 |
| 染色体 / SeqID | Chr04 / NC_080390.1 |
| 坐标与链方向 | 13250427 - 13251665 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131023030 |
|---|---|
| GeneID | 131023030 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131023030 |
| 原始查询 | SmilChr04G000983 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hit=Os12g0142900; species=rice; confidence=low |
| 产物 | hit=Os12g0142900; species=rice; confidence=low |
| Arabidopsis | -- |
| Rice | Os12g0142900- identity=26.9; qcov=0.551; evalue=4.79e-09; confidence=low |
| GO | GO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0008270 (zinc ion binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00098 (zf-CCHC); PF08284 (RVP_2); PF13650 (Asp_protease_2); PF13975 (gag-asp_proteas); PF30863 (PRO_PEG10-RTL1) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131023030 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057808550.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.60000 | XP_057808550.1 |
| 3 | Cytoplasmic granule | 细胞质颗粒 | 0.60000 | XP_057808550.1 |
| 4 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.60000 | XP_057808550.1 |
| 5 | Nucleoplasm | 核质 | 0.20000 | XP_057808550.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr4:13250435 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B12,C82 |
Chr4:13250450 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B101,C61 |
Chr4:13250468 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B85 |
Chr4:13250475 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B17,B53,C87 |
Chr4:13250495 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A23,B54,D8 |
Chr4:13250498 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B129 |
Chr4:13250507 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B93 |
Chr4:13250509 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B132,B52 |
Chr4:13250513 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 1 | B3 |
Chr4:13250513 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B3 |
Chr4:13250514 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B3 |
Chr4:13250541 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B41,D7 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057808550.1PF00098
zf-CCHC 135-151 aa
PF08284
RVP_2 208-338 aa
PF13650
Asp_protease_2 230-317 aa
PF13975
gag-asp_proteas 230-319 aa
PF30863
PRO_PEG10-RTL1 238-335 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057808550.1 |
Pfam | PF00098 |
zf-CCHC | Domain | 135 | 151 | 0.00017 | 22.2 | Zinc knuckle |
XP_057808550.1 |
Pfam | PF08284 |
RVP_2 | Domain | 208 | 338 | 1.8e-28 | 99.8 | Retroviral aspartyl protease |
XP_057808550.1 |
Pfam | PF13650 |
Asp_protease_2 | Domain | 230 | 317 | 7.7e-09 | 36.9 | Aspartyl protease |
XP_057808550.1 |
Pfam | PF13975 |
gag-asp_proteas | Domain | 230 | 319 | 2.3e-09 | 38.4 | gag-polyprotein putative aspartyl protease |
XP_057808550.1 |
Pfam | PF30863 |
PRO_PEG10-RTL1 | Domain | 238 | 335 | 1.3e-11 | 45.6 | PEG10/RTL1 protease domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。