当前解析结果
SmilChr04G000990| 统一新 Gene ID | SmilChr04G000990 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr04G000990 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr04G000990 |
| 染色体 / SeqID | Chr04 / NC_080390.1 |
| 坐标与链方向 | 13536203 - 13540538 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131021092 |
|---|---|
| GeneID | 131021092 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131021092 |
| 原始查询 | SmilChr04G000990 |
| 来源 | GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hit=Os05g0168400; species=rice; confidence=high |
| 产物 | hit=Os05g0168400; species=rice; confidence=high |
| Arabidopsis | AT3G51610 (NPU)ATP-dependent helicase/deoxyribonuclease subunit B [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824324] identity=73.7; qcov=0.946; evalue=3.63e-114; confidence=high |
| Rice | Os05g0168400- identity=77.7; qcov=0.891; evalue=4.95e-119; confidence=high |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | - |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131021092 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Endoplasmic reticulum | 内质网 | 1.00000 | XP_057806165.1 |
| 2 | Endoplasmic reticulum membrane | 内质网膜 | 1.00000 | XP_057806165.1 |
| 3 | Golgi apparatus | 高尔基体 | 0.40000 | XP_057806165.1 |
| 4 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057806165.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057806165.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr4:13536618 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
Chr4:13537641 |
TG |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 8 | A13,A2,B34,B83,C13,C46,C67,D11 |
Chr4:13537651 |
CG |
C |
1bp_deletion | frameshift_variant | 10 | A13,A2,B126,B34,B83,C13,C46,C67,C68,D11 |
Chr4:13537874 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A18,B15,C18,C31 |
Chr4:13537878 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A18,B15,C18,C31 |
Chr4:13539024 |
A |
ATG |
2bp_insertion | frameshift_variant | 55 | A11,A13,A16,A18,A2,A20,A21,A4,A7,B1,B105,B106,B11,B123,B132,B135,B140,B19,B2,B24,B25,B28,B34,B4,B40,B43,B46,B48,B59,B62,B82,B93,B95,C10,C12,C19,C20,C33,C34,C35,C38,C43,C45,C46,C49,C59,C7,C74,C76,C81,C84,C86,C9,D11,D4 |
Chr4:13539442 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B139,B98,C18,C22,C44 |
Chr4:13539450 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B97 |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。