Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G001001

染色体: Chr04 坐标: 13892626-13894881 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G001001
名称SmilChr04G001001
描述uncharacterized SmilChr04G001001
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向13892626 - 13894881 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131023040
GeneID131023040
locus_tag-
NCBI NameLOC131023040
原始查询SmilChr04G001001

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os08g0208400; species=rice; confidence=low
产物hit=Os08g0208400; species=rice; confidence=low
Arabidopsis-
-
RiceOs08g0208400
-
identity=32.5; qcov=1.05; evalue=2.47e-65; confidence=low
GO-
KEGG-
PfamPF02992 (Transposase_21); PF13963 (Transpos_assoc)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131023040

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057808561.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057808561.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057808561.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057808561.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057808561.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

该基因暂未检索到已上线的精选 EMS CDS / LoF 突变,或 EMS 突变库仍在构建。

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057808561.1
392 aa
N
1
196
392
Transpos_assoc
Transposase_21
C
PF13963 Transpos_assoc 5-81 aa PF02992 Transposase_21 291-391 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057808561.1 Pfam PF13963 Transpos_assoc Domain 5 81 1.3e-19 70.8 Transposase-associated domain
XP_057808561.1 Pfam PF02992 Transposase_21 Family 291 391 4e-42 144.5 Transposase family tnp2

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057952578.1
GATAGCGGCGGCATCTGCCGCCGGTGATTAGCGGCGGTAATTTGCCGCCGGTAAAAATAGTGCGGGTCGGGCTTTAGCGGCGGTAATGGGCCGCCGCTAATTTTAAAGCCCAAAATCGTGCCCTAACCCTCTCTCCTCCAGAACAGATCCCTCCCCCCTCTCGCGCCTCCAGCCCCCCTGCCCCCCCCCCCCACCCTGCCCTGCCGCTGCCCTGCCCTCCTGCCGCCGCCTGTCGCCGTCGCCGGTCGCCGCCGTCGCCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131023040
ATGAGTGATAATCGATCGTGGATGTACGCGAGATACAATGATCGTGCTGCATTTGAAACGGGACTTGAGAGTTTCCTCGAGTTTGCGATAAATCAAACAGCGTATACAGATGGAATTGGTAACATTAGGTGCCCGTGTAGGAAGTGTAAGAATAAAGTCTTTGCATCTGTACCTACAGTCAGAGAACATGTTACTAGGCGTGGATTTGTCCACAATTACACGAACTGGTGTTATCAAGGGGAAGCACCAGTGTATATGCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057808561.1
MSDNRSWMYARYNDRAAFETGLESFLEFAINQTAYTDGIGNIRCPCRKCKNKVFASVPTVREHVTRRGFVHNYTNWCYQGEAPVYMPAEHTIMDEDDGSYSNYQRMVHDHAGPSNYQDPPNLEEPPNPDAQQIYDMLNAADSPLYPDCDTYSQLSWMTQMMSIKVENHMSERCFNQISEMVQKALPKDNNCPDSFYSTKRNLRGLGLPVEKIDCCVNNCMLYWGDDSELESCNFCGASRYKENLRASGSRRKKRVAAKQM...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器