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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G001008

染色体: Chr04 坐标: 14058732-14062216 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G001008
名称SmilChr04G001008
描述serine/threonine/tyrosine-protein kinase HT1-like
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向14058732 - 14062216 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131019747
GeneID131019747
locus_tag-
NCBI NameLOC131019747
原始查询SmilChr04G001008

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述serine/threonine/tyrosine-protein kinase HT1-like
产物serine/threonine/tyrosine-protein kinase HT1-like
ArabidopsisAT5G01850 (AT5G01850)
Protein kinase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831760]
identity=78; qcov=0.891; evalue=0; confidence=high
RiceOs02g0594100
-
identity=68; qcov=0.807; evalue=4.78e-147; confidence=high
GOGO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131019747

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057804315.1
2 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057804315.1
3 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057804315.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057804315.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057804315.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:14061771 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C39,C75
Chr4:14061883 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A18,B1,B140,B24

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057804315.1
368 aa
N
1
184
368
PK_Tyr_Ser-Thr
Pkinase
C
PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 54-313 aa PF00069 Pkinase 55-311 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057804315.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 54 313 1.1e-60 205.8 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057804315.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 55 311 3.9e-54 184.5 Protein kinase domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057948332.1
CTTTAAACCCTCTCTCTCTCACCTTACTCTCTCTCTTCCTAAAAACTCAACAGATACTCCTCGGAATATCTTTTGTCAACAAAAGGGCCGAATCAAAATTTGAAATTGATTTGATTTTAGTTGTAGTGGGAGCTATTTCGAGATTTCTAGAGAATTCACAATTTGAGCTTTTTTTCTTGTTTGATTACTGTATTTGTGTGCATGTTTTCTGTGTGTATAGAACAGTGGCTGCAACTGTAAGTTTTCGTTTCAGCTCTTTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131019747
ATGAGTTCTGGTGGTAAGAGCAGAGGGAAAAAAGAGGAGGGGAATCATGACAAGTCCGAGTCGAGATCGGTAGAAGGAGTTTCTTCCAAGGGATCAATCACTGCCTCTGTGGAATTATGTATTGATGAGAAAGTGCTTGTTGACCCCAAATCCCTCTTTATTGGATCAAAAATTGGTGAGGGAGCTCATGGCAAAGTTTATCAAGGAAGGTATGGTGATCGTATTGTTGCTATCAAAGTTCTTAATTGTGGTCAAACATC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057804315.1
MSSGGKSRGKKEEGNHDKSESRSVEGVSSKGSITASVELCIDEKVLVDPKSLFIGSKIGEGAHGKVYQGRYGDRIVAIKVLNCGQTSEERSVLESRFVREVAMMSKVKHENLVKFIGACKEPLMVIVTELLPGMSLRKYLGSLRPKQLDLTLALNFALDIARAMDCLHANGIIHRDLKPDNLLLTADQKSVKLADFGLAREETVTEMMTAETGTYRWMAPELYSTVTLRQGEKKHYNNKVDVYSFGIVLWELLTNRMPFE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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