Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G001011`

染色体: Chr04 坐标: 14099664-14101000 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G001011`
名称	SmilChr04G001011
描述	expansin-A8-like
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	14099664 - 14101000 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131019748`
GeneID	`131019748`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131019748`
原始查询	`SmilChr04G001011`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	expansin-A8-like
产物	expansin-A8-like
Arabidopsis	`AT2G40610` (EXPA8) expansin A8 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818656] identity=78.3; qcov=0.915; evalue=1.99e-135; confidence=high
Rice	`Os05g0477600` (OsEXP4) - identity=72.5; qcov=1; evalue=8.65e-133; confidence=high
GO	GO:0005576 (extracellular region); GO:0009664 (plant-type cell wall organization)
KEGG	-
Pfam	PF01357 (Expansin_C); PF03330 (DPBB_1)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131019748

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Secreted	分泌到胞外	0.80000	`XP_057804317.1`
2	Cell wall	细胞壁	0.60000	`XP_057804317.1`
3	Vacuole	液泡	0.20000	`XP_057804317.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057804317.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057804317.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:14099937`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B23,B78,C43
`Chr4:14100031`	`GC`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B35
`Chr4:14100031`	`GC`	`G`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B35
`Chr4:14100151`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C46
`Chr4:14100167`	`TC`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B98
`Chr4:14100167`	`TC`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B98
`Chr4:14100486`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B41,C49
`Chr4:14100664`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B49
`Chr4:14100690`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B132,B16,B5

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057804317.1

247 aa

124

247

DPBB_1

Expansin_C

PF03330 DPBB_1 59-144 aa PF01357 Expansin_C 155-233 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057804317.1`	Pfam	`PF03330`	DPBB_1	Domain	59	144	1.1e-23	83.9	Lytic transglycolase
`XP_057804317.1`	Pfam	`PF01357`	Expansin_C	Domain	155	233	2.8e-33	114.6	Expansin C-terminal domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057948334.1
CACCACACTAATATGTGAGCGGTTTCTTACTAAACGGTAGCCATAGCCGTGGCCTCCTCTCCCTCTCCACATCTAAAATGCCACTCACCACACTTGTCTCTCTCCTCCTCTCTCTCCTCCTCCCCCTCGGACTAGCCTACGGCGGCTGGCAGAATGCCCATGCAACATTTTACGGAGGCGCCGATGCCTCTGGCACCATGGGAGGGGCATGTGGGTACGGCAACTTGTACAGCCAAGGCTACGGTACGAGCACCGCAGCG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131019748
ATGCCACTCACCACACTTGTCTCTCTCCTCCTCTCTCTCCTCCTCCCCCTCGGACTAGCCTACGGCGGCTGGCAGAATGCCCATGCAACATTTTACGGAGGCGCCGATGCCTCTGGCACCATGGGAGGGGCATGTGGGTACGGCAACTTGTACAGCCAAGGCTACGGTACGAGCACCGCAGCGCTAAGTACCACGCTGTTCAACAACGGGTTGAGCTGCGGCGCGTGCTACCAAATGCGGTGCAATGACGACCCGAAATG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057804317.1
MPLTTLVSLLLSLLLPLGLAYGGWQNAHATFYGGADASGTMGGACGYGNLYSQGYGTSTAALSTTLFNNGLSCGACYQMRCNDDPKWCHPGTITVTATNFCPPNFALASDNGGWCNPPRQHFDLAEPAFLRIAQYRAGIVPVLYRRVPCLKKGGMRFTINGHSFFNLVLVTNVGGAGDVHAVWIKGGSRSGWQPMARNWGQNWQSNSNLDGQPLSFRVTDSDGRTLIANDVVPRGWQFGQTFEGPQF

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器