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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G001021

染色体: Chr04 坐标: 14305302-14306364 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G001021
名称SmilChr04G001021
描述non-specific lipid-transfer protein 2-like
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向14305302 - 14306364 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131019750
GeneID131019750
locus_tag-
NCBI NameLOC131019750
原始查询SmilChr04G001021

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述non-specific lipid-transfer protein 2-like
产物non-specific lipid-transfer protein 2-like
ArabidopsisAT2G38530 (LTP2)
lipid transfer protein 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818435]
identity=48.3; qcov=1.02; evalue=5.57e-27; confidence=medium
RiceOs11g0116000 (OsLTP1.12)
-
identity=61.5; qcov=0.814; evalue=7.86e-34; confidence=medium
GOGO:0006869 (lipid transport); GO:0008289 (lipid binding); GO:0016020 (membrane)
KEGG-
PfamPF00234 (Tryp_alpha_amyl); PF14368 (LTP_2)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131019750

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Secreted 分泌到胞外 1.00000 XP_057804319.1
2 Cell wall 细胞壁 0.40000 XP_057804319.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057804319.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057804319.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057804319.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:14305530 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B22,B59
Chr4:14305573 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B42

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057804319.1
118 aa
N
1
59
118
LTP_2
Tryp_alpha_amyl
C
PF14368 LTP_2 14-106 aa PF00234 Tryp_alpha_amyl 31-114 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057804319.1 Pfam PF14368 LTP_2 Family 14 106 8.7e-10 39.3 Probable lipid transfer
XP_057804319.1 Pfam PF00234 Tryp_alpha_amyl Domain 31 114 8e-17 62.0 Protease inhibitor/seed storage/LTP family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057948336.1
ATTGGACTTATCCTTCATGAATTTGCACCCCCAATTACACGCAGCATTAATTCCACCCAACTACCTTTTCTATTTCTTTTCCCCAAATAATTCTAACTTTTACTCCAAATTAAATTAAATCGCACCACAATTTTTTCCTATATAAACCCCATCACCACACACCCAAAATCATCTCACTCATCAACATTTTCCTTCACTAAAAAAAAAAATTTATATCACATCGATCATGGCTGCAATGACCAAGGCAATGTGCGTGGCCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131019750
ATGGCTGCAATGACCAAGGCAATGTGCGTGGCCCTCATCGCCGCCGTGATGGTGGCGGCGGCCGCACCGGGTGCCGAGGCGGCGCTAGGCTGCGGCTCGGTGATCTCATACTTGTCACCGTGCCTCCCATATGTGACCAACAGAGGCCCACTTGGCGGGTGCTGCAATGGAGTTAAGGGACTGTACGGCGCCGCCCGGTCCACCCCCGACCGCCAGGCGGCATGCAACTGCCTGAAATCCCTCGCCGCCACCTCCGGCAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057804319.1
MAAMTKAMCVALIAAVMVAAAAPGAEAALGCGSVISYLSPCLPYVTNRGPLGGCCNGVKGLYGAARSTPDRQAACNCLKSLAATSGNINLSKAAGLPKQCNVNIPYQISPSTDCTKVR

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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