当前解析结果
SmilChr04G001021| 统一新 Gene ID | SmilChr04G001021 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr04G001021 |
| 描述 | non-specific lipid-transfer protein 2-like |
| 染色体 / SeqID | Chr04 / NC_080390.1 |
| 坐标与链方向 | 14305302 - 14306364 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131019750 |
|---|---|
| GeneID | 131019750 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131019750 |
| 原始查询 | SmilChr04G001021 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | non-specific lipid-transfer protein 2-like |
| 产物 | non-specific lipid-transfer protein 2-like |
| Arabidopsis | AT2G38530 (LTP2)lipid transfer protein 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818435] identity=48.3; qcov=1.02; evalue=5.57e-27; confidence=medium |
| Rice | Os11g0116000 (OsLTP1.12)- identity=61.5; qcov=0.814; evalue=7.86e-34; confidence=medium |
| GO | GO:0006869 (lipid transport); GO:0008289 (lipid binding); GO:0016020 (membrane) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00234 (Tryp_alpha_amyl); PF14368 (LTP_2) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131019750 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Secreted | 分泌到胞外 | 1.00000 | XP_057804319.1 |
| 2 | Cell wall | 细胞壁 | 0.40000 | XP_057804319.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057804319.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057804319.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057804319.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr4:14305530 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B22,B59 |
Chr4:14305573 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B42 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057804319.1PF14368
LTP_2 14-106 aa
PF00234
Tryp_alpha_amyl 31-114 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057804319.1 |
Pfam | PF14368 |
LTP_2 | Family | 14 | 106 | 8.7e-10 | 39.3 | Probable lipid transfer |
XP_057804319.1 |
Pfam | PF00234 |
Tryp_alpha_amyl | Domain | 31 | 114 | 8e-17 | 62.0 | Protease inhibitor/seed storage/LTP family |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。