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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G001028

染色体: Chr04 坐标: 14432855-14433892 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G001028
名称SmilChr04G001028
描述uncharacterized SmilChr04G001028
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向14432855 - 14433892 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131023045
GeneID131023045
locus_tag-
NCBI NameLOC131023045
原始查询SmilChr04G001028

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os12g0292200; species=rice; confidence=low
产物hit=Os12g0292200; species=rice; confidence=low
Arabidopsis-
-
RiceOs12g0292200
-
identity=35.5; qcov=0.318; evalue=3.68e-07; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131023045

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057808569.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.80000 XP_057808569.1
3 Nucleus 细胞核 0.60000 XP_057808569.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057808569.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057808569.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:14432866 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B108,B27,C43
Chr4:14432894 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B117,C28,C65
Chr4:14432900 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B71
Chr4:14432903 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B9
Chr4:14432914 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A22,B110,B2,C1,C42
Chr4:14432919 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C37,C8
Chr4:14432928 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B43,B68
Chr4:14432971 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B101,B53,C37,C8
Chr4:14432978 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B11,B20,B6,B64,C44
Chr4:14432980 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A22,B56,B86,B96
Chr4:14433007 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B117,C65
Chr4:14433010 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A5,B2,B64,C17,C27

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057952586.1
ATGATGAAGATGTTCCAAAAAGTGGAGCTAACCATACCCCTACTCGATGCTATCAGGCAGATTCCTAAGTATGCTAAATTCTTGAAAGATCTTTGTTCAAGGAAAGTAAAGATGGAGGAAGAAGTCCGTTATGTGATGGGGGAGAGTGTCTCGGCGGTGATCCAACGGAAGTTACCCACGAAGAGGAAGGATCCAGGGATGTTCACCATTCCGTGCAACATTGGCGGAACAAACATGGACAAGGCCATGATGGACTTGGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131023045
ATGATGAAGATGTTCCAAAAAGTGGAGCTAACCATACCCCTACTCGATGCTATCAGGCAGATTCCTAAGTATGCTAAATTCTTGAAAGATCTTTGTTCAAGGAAAGTAAAGATGGAGGAAGAAGTCCGTTATGTGATGGGGGAGAGTGTCTCGGCGGTGATCCAACGGAAGTTACCCACGAAGAGGAAGGATCCAGGGATGTTCACCATTCCGTGCAACATTGGCGGAACAAACATGGACAAGGCCATGATGGACTTGGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057808569.1
MMKMFQKVELTIPLLDAIRQIPKYAKFLKDLCSRKVKMEEEVRYVMGESVSAVIQRKLPTKRKDPGMFTIPCNIGGTNMDKAMMDLGASINVMPLAVYKRLNIGEMRNTRVGIAFGSGDTTEKVIQYGLTDRDAEHMEDDEMKEAIMELYSLGESTMEAELEVDQKINELIQEVYLAGGTETSKPELLAQYGQNEKLLPSIQKAPTLELKKLPKHFQYAYLGPEEMLPVIISADLTRVQ

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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