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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G001044`

染色体: Chr04 坐标: 14857660-14860440 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G001044`
名称	SmilChr04G001044
描述	uncharacterized SmilChr04G001044
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	14857660 - 14860440 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131023048`
GeneID	`131023048`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131023048`
原始查询	`SmilChr04G001044`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os08g0202300; species=rice; confidence=low
产物	hit=Os08g0202300; species=rice; confidence=low
Arabidopsis	`AT5G51080` (AT5G51080) RNase H family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835181] identity=28.6; qcov=0.098; evalue=9.55e-06; confidence=weak
Rice	`Os08g0202300` - identity=30.3; qcov=0.409; evalue=2.95e-56; confidence=low
GO	GO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0004523 (RNA-DNA hybrid ribonuclease activity)
KEGG	-
Pfam	PF00078 (RVT_1); PF13456 (RVT_3); PF17917 (RT_RNaseH); PF17919 (RT_RNaseH_2)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131023048

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057808573.1`
2	Cytosol	细胞质基质	0.80000	`XP_057808573.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057808573.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057808573.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057808573.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:14857689`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B101
`Chr4:14857725`	`T`	`TTA`	2bp_insertion	frameshift_variant	1	B87
`Chr4:14857725`	`T`	`TTA`	2bp_insertion	CDS_variant	1	B87
`Chr4:14857752`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	1	C35
`Chr4:14857752`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C35
`Chr4:14857759`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B88
`Chr4:14857783`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B124,B88
`Chr4:14857789`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C80
`Chr4:14857801`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	2	A5,B67
`Chr4:14857801`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A5,B67
`Chr4:14857807`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B88
`Chr4:14857830`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B120,B62

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057808573.1

926 aa

463

926

RVT_1

RT_RNaseH_2

RT_RNaseH

RVT_3

PF00078 RVT_1 370-529 aa PF17919 RT_RNaseH_2 592-690 aa PF17917 RT_RNaseH 620-719 aa PF13456 RVT_3 774-873 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057808573.1`	Pfam	`PF00078`	RVT_1	Domain	370	529	3e-33	116.1	Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase)
`XP_057808573.1`	Pfam	`PF17919`	RT_RNaseH_2	Domain	592	690	9e-18	64.9	RNase H-like domain found in reverse transcriptase
`XP_057808573.1`	Pfam	`PF17917`	RT_RNaseH	Domain	620	719	2.5e-14	54.0	RNase H-like domain found in reverse transcriptase
`XP_057808573.1`	Pfam	`PF13456`	RVT_3	Domain	774	873	3.2e-12	47.1	Reverse transcriptase-like

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057952590.1
ATGATTTGTGGAGAAAATGGGACGCCCACGTCCAACAGAGCCAAGAAACAAGTTGTGCGAGCAGTAAAATCAGGGTACTACCCTAAGCAGGTGATGGAAATCACGGGTGCGGCAGAGGAACCAGTCATCAGCTTTGGGGCAGAGGATCTGCGGACGCTTATGTATCTACATGACGACGCGCTGGTTATCATGGCAGACATAGCCGGTTGCATTGTTCACCGTATCTTTGTAGACTCGGGCAGTGCAGTGAATATCTTATA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131023048
ATGATTTGTGGAGAAAATGGGACGCCCACGTCCAACAGAGCCAAGAAACAAGTTGTGCGAGCAGTAAAATCAGGGTACTACCCTAAGCAGGTGATGGAAATCACGGGTGCGGCAGAGGAACCAGTCATCAGCTTTGGGGCAGAGGATCTGCGGACGCTTATGTATCTACATGACGACGCGCTGGTTATCATGGCAGACATAGCCGGTTGCATTGTTCACCGTATCTTTGTAGACTCGGGCAGTGCAGTGAATATCTTATA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057808573.1
MICGENGTPTSNRAKKQVVRAVKSGYYPKQVMEITGAAEEPVISFGAEDLRTLMYLHDDALVIMADIAGCIVHRIFVDSGSAVNILYLECLQNMGVEAHIEPTNAPLFRFGGEMVMPLGFMELSLNLGSAAASSKTRVVRFLVVDMPKPSYNVILGRPALTAFRAVISMFHLKMKFPIGGGRVGEVWGEQRASKACHVQMLTHSSGQKRERITEGPDTRKKGKVGEVNAMAEERQELAGLLKNRDSAEKTALVSTSDVCN...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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