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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G001046

染色体: Chr04 坐标: 14877185-14877936 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G001046
名称SmilChr04G001046
描述non-specific lipid-transfer protein-like
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向14877185 - 14877936 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131019754
GeneID131019754
locus_tag-
NCBI NameLOC131019754
原始查询SmilChr04G001046

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述non-specific lipid-transfer protein-like
产物non-specific lipid-transfer protein-like
ArabidopsisAT5G59310 (LTP4)
lipid transfer protein 4 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836050]
identity=37.2; qcov=0.832; evalue=7.12e-13; confidence=low
RiceOs01g0822900 (OsLTP1.2)
-
identity=37.1; qcov=0.788; evalue=1.01e-10; confidence=low
GOGO:0006869 (lipid transport); GO:0008289 (lipid binding); GO:0016020 (membrane)
KEGG-
PfamPF00234 (Tryp_alpha_amyl); PF14368 (LTP_2)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131019754

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell wall 细胞壁 0.80000 XP_057804323.1
2 Secreted 分泌到胞外 0.80000 XP_057804323.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057804323.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057804323.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057804323.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

该基因暂未检索到已上线的精选 EMS CDS / LoF 突变,或 EMS 突变库仍在构建。

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057804323.1
113 aa
N
1
56
113
LTP_2
Tryp_alpha_amyl
C
PF14368 LTP_2 10-100 aa PF00234 Tryp_alpha_amyl 28-110 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057804323.1 Pfam PF14368 LTP_2 Family 10 100 1e-07 32.7 Probable lipid transfer
XP_057804323.1 Pfam PF00234 Tryp_alpha_amyl Domain 28 110 7.4e-09 36.4 Protease inhibitor/seed storage/LTP family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057948340.1
CATTTCCCCCCTAATCCTTCACCAATCCAAACGAGTTCCATCCATTTATCTCACACACAAAAATAAATCTCAAACATTTCTCTCAAATGGCGAAAATTTCCGCAATTTTTATGGTTGCATTGTTTGTGAGCGCGGCGGTGGTTGCTCCCCGTGCGCAGGGCGTGACCTGCAGCACGGTGACGAGCACCTTGCAGTCGTGTGGCTCGGCGGTGCAGAAGGGCGGAAGTGCGTCGCCCGACTGCTGCCGCGCCATTAAGTCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131019754
ATGGCGAAAATTTCCGCAATTTTTATGGTTGCATTGTTTGTGAGCGCGGCGGTGGTTGCTCCCCGTGCGCAGGGCGTGACCTGCAGCACGGTGACGAGCACCTTGCAGTCGTGTGGCTCGGCGGTGCAGAAGGGCGGAAGTGCGTCGCCCGACTGCTGCCGCGCCATTAAGTCTCTAAACAATGCCGCCAACACCAAGCCAGCGCGTAAGACTATTTGCGAGTGCGTCAAGACTCTCGCCAAAACTTACAAAGTCAGCAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057804323.1
MAKISAIFMVALFVSAAVVAPRAQGVTCSTVTSTLQSCGSAVQKGGSASPDCCRAIKSLNNAANTKPARKTICECVKTLAKTYKVSTQTISSIAKKCNVGISNLGSNVDCNKA

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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