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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G001075

染色体: Chr04 坐标: 15426527-15427971 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G001075
名称SmilChr04G001075
描述acid phosphatase 1
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向15426527 - 15427971 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131019819
GeneID131019819
locus_tag-
NCBI NameLOC131019819
原始查询SmilChr04G001075

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述acid phosphatase 1
产物acid phosphatase 1
ArabidopsisAT2G38600 (AT2G38600)
HAD superfamily, subfamily IIIB acid phosphatase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818442]
identity=59.6; qcov=0.767; evalue=5.46e-84; confidence=high
RiceOs03g0332533
-
identity=53; qcov=0.739; evalue=9.14e-64; confidence=high
GOGO:0003993 (acid phosphatase activity)
KEGG-
PfamPF03767 (Acid_phosphat_B)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131019819

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Vacuole 液泡 1.00000 XP_057804413.1
2 Golgi apparatus 高尔基体 0.60000 XP_057804411.1
3 Endoplasmic reticulum 内质网 0.40000 XP_057804410.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057804410.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057804410.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:15427060 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B28,B92,B93
Chr4:15427076 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B28,B92,B93
Chr4:15427077 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B28,B92,B93
Chr4:15427081 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B28,B92,B93,C62
Chr4:15427095 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B28,B93,C62
Chr4:15427096 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C2
Chr4:15427388 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A5,B48,B76,C37,C79
Chr4:15427401 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A18,A23,B128,B3,B51
Chr4:15427489 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B7

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057804410.1
255 aa
N
1
128
255
Acid_phosphat_B
C
PF03767 Acid_phosphat_B 28-254 aa
XP_057804411.1
251 aa
N
1
126
251
Acid_phosphat_B
C
PF03767 Acid_phosphat_B 28-200 aa
XP_057804412.1
249 aa
N
1
124
249
Acid_phosphat_B
C
PF03767 Acid_phosphat_B 22-248 aa
XP_057804413.1
247 aa
N
1
124
247
Acid_phosphat_B
C
PF03767 Acid_phosphat_B 20-246 aa
XP_057804414.1
245 aa
N
1
122
245
Acid_phosphat_B
C
PF03767 Acid_phosphat_B 22-194 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057804410.1 Pfam PF03767 Acid_phosphat_B Family 28 254 8.1e-73 245.4 HAD superfamily, subfamily IIIB (Acid phosphatase)
XP_057804411.1 Pfam PF03767 Acid_phosphat_B Family 28 200 1.2e-47 163.0 HAD superfamily, subfamily IIIB (Acid phosphatase)
XP_057804412.1 Pfam PF03767 Acid_phosphat_B Family 22 248 7.4e-73 245.6 HAD superfamily, subfamily IIIB (Acid phosphatase)
XP_057804413.1 Pfam PF03767 Acid_phosphat_B Family 20 246 7.2e-73 245.6 HAD superfamily, subfamily IIIB (Acid phosphatase)
XP_057804414.1 Pfam PF03767 Acid_phosphat_B Family 22 194 1.2e-47 163.1 HAD superfamily, subfamily IIIB (Acid phosphatase)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

5 records

下载 cDNA FASTA
XM_057948429.1
GATTCTTGTCGACAAATTGAGACAGCCACGTGGAGGTGCACCAACCTTTTTCTTCCTATATATTCATCACGAAATTTGGTATTTTTTAAAAATATATTAGTATTTTTTATCGGAGGAAGGAGGAAGAAGAGAAACAGTAGAGTCTTTGCTATCCGCCATTGACTTCCCCTCCCGTCTTGGTCAATATTCTTCATGAGAATGCGAGAGGCGATAGTGTTGGTGGTGTTCGCGATATGCTCCAAGGCGGCGACTGCGAGCGC...
XM_057948430.1
TTGTCGACAAATTGAGACAGCCACGTGGAGAGAATGCGAGAGGCGATAGTGTTGGTGGTGTTCGCGATATGCTCCAAGGCGGCGACTGCGAGCGCGTGGTGGCGGAGCGAGACGGAGGAGGCGGCGGGGTACTGCCTGAGCTGGCGGATGGCGGTGGAGGCGAACAACATAAGAGCATGGCGGACGGTCCCCGCGGAGTGCTCGGGACACGTGGAGGCGTACATGATGGGCGGCCAATACGAGCGGGATCTGAGCGTGAT...

CDS

5 records

下载 CDS FASTA
LOC131019819
ATGAGAATGCGAGAGGCGATAGTGTTGGTGGTGTTCGCGATATGCTCCAAGGCGGCGACTGCGAGCGCGTGGTGGCGGAGCGAGACGGAGGAGGCGGCGGGGTACTGCCTGAGCTGGCGGATGGCGGTGGAGGCGAACAACATAAGAGCATGGCGGACGGTCCCCGCGGAGTGCTCGGGACACGTGGAGGCGTACATGATGGGCGGCCAATACGAGCGGGATCTGAGCGTGATCGTCGACAGCATCTGCAGCTACATTGA...
LOC131019819
ATGTTTGGATGGAGCATGCAGAGAATGCGAGAGGCGATAGTGTTGGTGGTGTTCGCGATATGCTCCAAGGCGGCGACTGCGAGCGCGTGGTGGCGGAGCGAGACGGAGGAGGCGGCGGGGTACTGCCTGAGCTGGCGGATGGCGGTGGAGGCGAACAACATAAGAGCATGGCGGACGGTCCCCGCGGAGTGCTCGGGACACGTGGAGGCGTACATGATGGGCGGCCAATACGAGCGGGATCTGAGCGTGATCGTCGACAG...

Protein

5 records

下载 Protein FASTA
XP_057804410.1
MFGWSMQRMREAIVLVVFAICSKAATASAWWRSETEEAAGYCLSWRMAVEANNIRAWRTVPAECSGHVEAYMMGGQYERDLSVIVDSICSYIDSITLSGDGLDAWILDVDDTCISNLLYYRGRRYGCDPFDPVGFKAWALSGRCSAIPDVLRVFVKLIATGFKVFLVTGRDEETLGQATIRNLHNQGFFAYHRLILRSGAYKGQSAILYKSTVRKQLAEEGYRIWGNVGDQWSDLQGEYTGNRTFKLPNPMYFIP
XP_057804411.1
MFGWSMQRMREAIVLVVFAICSKAATASAWWRSETEEAAGYCLSWRMAVEANNIRAWRTVPAECSGHVEAYMMGGQYERDLSVIVDSICSYIDSITLSGDGLDAWILDVDDTCISNLLYYRGRRYGCDPFDPVGFKAWALSGRCSAIPDVLRVFVKLIATGFKVFLVTGRDEETLGQATIRNLHNQGFFAYHRLILRGKARYYTSLQLGSSWQKKGTEYGGMWEISGVIFKESIQAIAPSSFLIPCTLSLD

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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