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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G001081

染色体: Chr04 坐标: 15487414-15489406 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G001081
名称SmilChr04G001081
描述uncharacterized SmilChr04G001081
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向15487414 - 15489406 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131019804
GeneID131019804
locus_tag-
NCBI NameLOC131019804
原始查询SmilChr04G001081

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述serine/arginine repetitive matrix-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820014]; symbol=AT3G08670; hit=AT3G08670; species=arabidopsis; confidence=high
产物serine/arginine repetitive matrix-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820014]; symbol=AT3G08670; hit=AT3G08670; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT3G08670 (AT3G08670)
serine/arginine repetitive matrix-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820014]
identity=56.5; qcov=0.928; evalue=1.19e-113; confidence=high
RiceOs05g0480600
-
identity=38.1; qcov=1.17; evalue=1.17e-66; confidence=medium
GOGO:0043622 (cortical microtubule organization); GO:0055028 (cortical microtubule)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131019804

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoskeleton 细胞骨架 1.00000 XP_057804378.1
2 Nucleus 细胞核 0.60000 XP_057804378.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057804378.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057804378.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057804378.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:15487650 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A13,C13
Chr4:15487972 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B111,B55
Chr4:15487990 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B111,B55,C72
Chr4:15487997 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C18
Chr4:15488020 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C18
Chr4:15488130 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C18,C2,C35
Chr4:15488275 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C18,C2
Chr4:15488308 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A13,C13
Chr4:15488331 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C2,C35
Chr4:15488350 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C18,C2,C35
Chr4:15488355 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C18,C2,C35
Chr4:15488392 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C18,C2

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057948395.1
GTCATAGATTAGTTCATGCAGTTAGCCTTTGATATAAATCAAAACTTTGGGCTCAGGTTGTTAGGTGATACCAGGACATTGAAGTCTGAATCTGAAGGCTTCTTACTCCTGGAACTCCGTTGGTCCCTTCTTTTGATGGAAATGAATCACAGGCCGGTCTTATGGCTGACAGCCAAAGCTTCACGGTTATCAGTGTCTCATTCAGAGAACAACCATGTGGCGAAACCAACTCGAAGCAGTTCGGTGACCAGACCTTCTAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131019804
ATGCAGTTAGCCTTTGATATAAATCAAAACTTTGGGCTCAGGTTGTTAGGTGATACCAGGACATTGAAGTCTGAATCTGAAGGCTTCTTACTCCTGGAACTCCGTTGGTCCCTTCTTTTGATGGAAATGAATCACAGGCCGGTCTTATGGCTGACAGCCAAAGCTTCACGGTTATCAGTGTCTCATTCAGAGAACAACCATGTGGCGAAACCAACTCGAAGCAGTTCGGTGACCAGACCTTCTATTTCTACTTCCCAGTA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057804378.1
MQLAFDINQNFGLRLLGDTRTLKSESEGFLLLELRWSLLLMEMNHRPVLWLTAKASRLSVSHSENNHVAKPTRSSSVTRPSISTSQYSTYSNKSTSILNTSSASVSSYIRPSTPTNRPSSRPSTPSARQTASRSSTPSKPRPTHSTSSIDKPRATQNSRPSTPTSRPQISTAFNSPAPRTTSRPSTPTRRNSTPSYSPVSGPSTPGGRSLTNGKTATSVSRPSSPGPRVRAPPQPIILHYFPHDTPPNLRTTLPDRPISA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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