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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G001088

染色体: Chr04 坐标: 15601917-15605615 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G001088
名称SmilChr04G001088
描述receptor-like protein kinase FERONIA
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向15601917 - 15605615 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131019794
GeneID131019794
locus_tag-
NCBI NameLOC131019794
原始查询SmilChr04G001088

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述receptor-like protein kinase FERONIA
产物receptor-like protein kinase FERONIA
ArabidopsisAT3G51550 (FER)
Malectin/receptor-like protein kinase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824318]
identity=71.7; qcov=0.99; evalue=0; confidence=high
RiceOs01g0769700 (DRUS2)
-
identity=65.5; qcov=0.981; evalue=0; confidence=high
GOGO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr); PF11721 (Malectin); PF12819 (Malectin_like)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131019794

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057804354.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057804354.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057804354.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057804354.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057804354.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:15602600 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B35
Chr4:15602978 CA C 1bp_deletion frameshift_variant 1 B127
Chr4:15602978 CA C 1bp_deletion CDS_variant 1 B127
Chr4:15603324 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B35,B52
Chr4:15603339 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C18,C2,C35
Chr4:15603370 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B35,B52,C75
Chr4:15603993 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B131,B22,C64
Chr4:15604120 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B124,B79,D11
Chr4:15604140 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B30,B81,C6
Chr4:15604493 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B35

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057804354.1
883 aa
N
1
442
883
Malectin
Malectin_like
Malectin
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF11721 Malectin 37-173 aa PF12819 Malectin_like 38-407 aa PF11721 Malectin 300-370 aa PF00069 Pkinase 533-736 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 534-795 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057804354.1 Pfam PF11721 Malectin Domain 37 173 4.6e-17 63.2 Malectin domain
XP_057804354.1 Pfam PF12819 Malectin_like Domain 38 407 7.4e-30 105.1 Malectin-like domain
XP_057804354.1 Pfam PF11721 Malectin Domain 300 370 4.6e-17 63.2 Malectin domain
XP_057804354.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 533 736 1.9e-40 139.7 Protein kinase domain
XP_057804354.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 534 795 6.6e-48 164.0 Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057948371.1
TTCAAGATTAATGGAGTACATATTTGTAAATGGTTAGATTACCAAAACTATAATACCAAACTACATATTTAGGATAGTTTGGCTGAATGGAAAAAAATGAGGCAAGGGCATTTCAGTCATTCAACAATCATGCTTAGACTGTCAATTACTGCAATAATCAATCAAGATTATTGTCTAAACATTGTCTCACTGTCATCTCACTCCACCTTCAATATAAAACATCCTTATTCACCTCTCTCTAGTTTTTTCGTGATCATATT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131019794
ATGACGAACAGCAATAAGTTTGTGCTGTGGTCGGCTCTCGGTTTTCTGTGGGTGGTATTTGTGATCGATGTAGTTTCAGCAGCTGATTACTTGCCGACAGATAAGATCTTCTTGAACTGTGGAGGGCCTCCTGATTCTGCGGATACCGATGGCCGGAAATGGACATCAGATATTGGGTCAAAGTTTGCCCTTTCAACCACCAAATCCTCAACTGCAACCGCATCTGTGCAGAAGCCATCGGTGCCGGAGGTTCCTTACAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057804354.1
MTNSNKFVLWSALGFLWVVFVIDVVSAADYLPTDKIFLNCGGPPDSADTDGRKWTSDIGSKFALSTTKSSTATASVQKPSVPEVPYMSARIFQSEFTYSFPVASGRKFLRLHFYPASYNGLNASDAIFSVTSGEFTLMRNFSAALTTEALNYDYMMKEFSVNVPDEVLNVTFTPSPNATNSYAFINGIEVISHPDIYSTDGTEVVVGQSTGFDINNSTALENVYRLNVGGNDISSSGDTGLFRSWRDDSVYIFGAANGVT...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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