Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G001092

染色体: Chr04 坐标: 15622045-15622702 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G001092
名称SmilChr04G001092
描述uncharacterized SmilChr04G001092
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向15622045 - 15622702 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131023060
GeneID131023060
locus_tag-
NCBI NameLOC131023060
原始查询SmilChr04G001092

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述myelin transcription factor [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831775]; symbol=AT5G01910; hit=AT5G01910; species=arabidopsis; confidence=low
产物myelin transcription factor [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831775]; symbol=AT5G01910; hit=AT5G01910; species=arabidopsis; confidence=low
ArabidopsisAT5G01910 (AT5G01910)
myelin transcription factor [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831775]
identity=36.6; qcov=0.95; evalue=8.69e-18; confidence=low
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131023060

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057808586.1
2 Chromosome 染色体 0.40000 XP_057808586.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057808586.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057808586.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057808586.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:15622123 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B35
Chr4:15622212 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B67,C16,C62,D3
Chr4:15622278 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B35,C18,C2,C35
Chr4:15622309 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B25,C84
Chr4:15622374 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C18,C2,C35
Chr4:15622677 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B67,C16,C62,D3

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057952603.1
ATGCTGGCAGCTCAGCCCCGATTCTCCGGCCACCGGAGGCCACTGCAGCCGAAGAATGAATCCTCCGGTAACATGAATCCAAAGCCATGCGTGGAGATTTCCAGCTCCAACAAAGAAAATGTTCCTCCATCCTACTTCACCCAGGTTAAGAAGGAGGCCGTTGATCCGTCGTTGAACGCCACTCGCGAAAAGCTCGAAAGACTGAGGTGCGAGGAGGTGAGGAACGAGAAGGCGTTGAGAGAGAGGTCCCGGCTGCTGGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131023060
ATGCTGGCAGCTCAGCCCCGATTCTCCGGCCACCGGAGGCCACTGCAGCCGAAGAATGAATCCTCCGGTAACATGAATCCAAAGCCATGCGTGGAGATTTCCAGCTCCAACAAAGAAAATGTTCCTCCATCCTACTTCACCCAGGTTAAGAAGGAGGCCGTTGATCCGTCGTTGAACGCCACTCGCGAAAAGCTCGAAAGACTGAGGTGCGAGGAGGTGAGGAACGAGAAGGCGTTGAGAGAGAGGTCCCGGCTGCTGGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057808586.1
MLAAQPRFSGHRRPLQPKNESSGNMNPKPCVEISSSNKENVPPSYFTQVKKEAVDPSLNATREKLERLRCEEVRNEKALRERSRLLDLEMKEILIRGEVQKQLELELDRLYRLNEINLACMRTSRLRSLRDKEEEKKMKMNKAYIYIQGRESLSSHKLPEF

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器