Red Sage Omics 丹参基因组信息平台
首页 基因查询 ID 对照表 功能注释 结构域预测 Pfam 基因组工具 蛋白互作 亚细胞定位 表达量 共表达 同源/共线性 GO/KEGG 注释 TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变 JBrowse BLAST 下载 关于 帮助
数据资源
ID 对照表 功能注释 功能检索 次生代谢专题 文献证据 结构域预测 Pfam 同源/共线性
分析工具
基因组工具 引物设计 同源重组引物设计 核酸翻译 BLAST 蛋白互作 亚细胞定位 共表达 GO/KEGG 注释 功能检索
调控/突变
TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变
帮助
关于 帮助 资源与版本
中文 EN

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G001102

染色体: Chr04 坐标: 15780778-15784295 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G001102
名称SmilChr04G001102
描述probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase IRK
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向15780778 - 15784295 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131019792
GeneID131019792
locus_tag-
NCBI NameLOC131019792
原始查询SmilChr04G001102

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase IRK
产物probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase IRK
ArabidopsisAT3G56370 (AT3G56370)
Leucine-rich repeat protein kinase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824804]
identity=58.4; qcov=0.979; evalue=0; confidence=high
RiceOs03g0335500
-
identity=56.3; qcov=0.977; evalue=0; confidence=high
GOGO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005515 (protein binding); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF00560 (LRR_1); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr); PF08263 (LRRNT_2); PF13516 (LRR_6); PF13855 (LRR_8)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131019792

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057804351.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057804351.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057804351.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057804351.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057804351.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:15781531 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B124,B79,D11
Chr4:15781630 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr4:15782122 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B58
Chr4:15782139 CG C 1bp_deletion frameshift_variant 1 B75
Chr4:15782139 CG C 1bp_deletion CDS_variant 1 B75
Chr4:15782160 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B100,B75
Chr4:15782263 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr4:15782318 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C51
Chr4:15782432 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B53
Chr4:15782471 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B64
Chr4:15782748 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B75
Chr4:15782873 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B75

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057804351.1
968 aa
N
1
484
968
LRRNT_2
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_6
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_6
LRR_1
PK_Tyr_Ser-Thr
Pkinase
C
PF08263 LRRNT_2 27-66 aa PF13855 LRR_8 118-179 aa PF00560 LRR_1 119-138 aa PF00560 LRR_1 145-166 aa PF13855 LRR_8 145-203 aa PF13516 LRR_6 166-181 aa PF00560 LRR_1 168-190 aa PF00560 LRR_1 192-214 aa PF00560 LRR_1 217-238 aa PF00560 LRR_1 266-285 aa PF00560 LRR_1 288-310 aa PF00560 LRR_1 312-334 aa PF13855 LRR_8 375-421 aa PF00560 LRR_1 386-408 aa PF00560 LRR_1 411-432 aa PF00560 LRR_1 436-454 aa PF00560 LRR_1 458-480 aa PF00560 LRR_1 482-504 aa PF13855 LRR_8 482-541 aa PF13516 LRR_6 505-519 aa PF00560 LRR_1 506-528 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 686-952 aa PF00069 Pkinase 687-896 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057804351.1 Pfam PF08263 LRRNT_2 Family 27 66 3.1e-10 40.9 Leucine rich repeat N-terminal domain
XP_057804351.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 118 179 1.9e-46 156.3 Leucine rich repeat
XP_057804351.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 119 138 5.2e-54 169.2 Leucine Rich Repeat
XP_057804351.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 145 166 5.2e-54 169.2 Leucine Rich Repeat
XP_057804351.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 145 203 1.9e-46 156.3 Leucine rich repeat
XP_057804351.1 Pfam PF13516 LRR_6 Repeat 166 181 9.5e-15 54.1 Leucine Rich repeat
XP_057804351.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 168 190 5.2e-54 169.2 Leucine Rich Repeat
XP_057804351.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 192 214 5.2e-54 169.2 Leucine Rich Repeat
XP_057804351.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 217 238 5.2e-54 169.2 Leucine Rich Repeat
XP_057804351.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 266 285 5.2e-54 169.2 Leucine Rich Repeat
XP_057804351.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 288 310 5.2e-54 169.2 Leucine Rich Repeat
XP_057804351.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 312 334 5.2e-54 169.2 Leucine Rich Repeat
XP_057804351.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 375 421 1.9e-46 156.3 Leucine rich repeat
XP_057804351.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 386 408 5.2e-54 169.2 Leucine Rich Repeat
XP_057804351.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 411 432 5.2e-54 169.2 Leucine Rich Repeat
XP_057804351.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 436 454 5.2e-54 169.2 Leucine Rich Repeat
XP_057804351.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 458 480 5.2e-54 169.2 Leucine Rich Repeat
XP_057804351.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 482 504 5.2e-54 169.2 Leucine Rich Repeat
XP_057804351.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 482 541 1.9e-46 156.3 Leucine rich repeat
XP_057804351.1 Pfam PF13516 LRR_6 Repeat 505 519 9.5e-15 54.1 Leucine Rich repeat
XP_057804351.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 506 528 5.2e-54 169.2 Leucine Rich Repeat
XP_057804351.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 686 952 2.5e-41 142.4 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057804351.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 687 896 4.7e-39 135.1 Protein kinase domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057948368.1
AAATTGCAGAATTTATGAGAGAGAGAGAGAGGGAATTCCAAGACAGATAGATGGAGAAAAGCAAAAGGCTATGAGTATTGAAGGCACACTCGCAACCGCACTGACATCAACTTTAATGACCTCCCATCATCACTCCTCCTCTCCCTCCCCTCTTCTAAATTTCCTTCCGATTCTTCCAATCCTCCACCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTGCAGTTACTTTCCGACCAATTTTCCCGGCTGTAATAAGCTGCCAAAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131019792
ATGTTGTTGAAGTTAGTGGCTTTCCTCTTCTTGTCTCCATTGCTCCTGAACTTGGTCCAATCCCTCGACCCTGCTTTCAACGACGACGTATTGGGCCTCATAGTCTTCAAAGCAGGCCTCGCCGACCCGCAGTTGCGCCTCACTTCTTGGAACGAGGAAGACAACGTCGCCTGCAAATGGGTCGGGGTGAAATGCGACCCGGATACCAACCGGGTCACGGAGCTCATTCTCGACGGATTCTCTCTCTCCGGCCACATTGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057804351.1
MLLKLVAFLFLSPLLLNLVQSLDPAFNDDVLGLIVFKAGLADPQLRLTSWNEEDNVACKWVGVKCDPDTNRVTELILDGFSLSGHIGRSLVRLQSLTLLQLSRNNFSGTLNPILAQIPSLEVLDLSSNSLSGFIPEELFQQCGPLKAISLSRNRFTGPLPHSLSSCSNLQRLNLSFNRISGQLLQSLWSLSSLRFLDLSDNLLEGEIPGGIDSLPELRVISLRRNNLVGWLPENLGNCLMLKSVDFSGNYFSGTLPLSMR...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器