Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G001103

染色体: Chr04 坐标: 15785082-15788263 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G001103
名称SmilChr04G001103
描述uncharacterized SmilChr04G001103
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向15785082 - 15788263 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131019811
GeneID131019811
locus_tag-
NCBI NameLOC131019811
原始查询SmilChr04G001103

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824321]; symbol=AT3G51580; hit=AT3G51580; species=arabidopsis; confidence=low
产物uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824321]; symbol=AT3G51580; hit=AT3G51580; species=arabidopsis; confidence=low
ArabidopsisAT3G51580 (AT3G51580)
uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824321]
identity=31.3; qcov=1.13; evalue=2.31e-32; confidence=low
RiceOs05g0478200
-
identity=34.8; qcov=0.637; evalue=9.62e-15; confidence=low
GO-
KEGG-
PfamPF24053 (DUF7356)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131019811

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 0.60000 XP_057804399.1
2 Endoplasmic reticulum 内质网 0.20000 XP_057804399.1
3 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 0.20000 XP_057804399.1
4 Golgi apparatus 高尔基体 0.20000 XP_057804399.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057804399.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:15785375 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B75
Chr4:15785426 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B75
Chr4:15785475 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B75
Chr4:15785497 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B75
Chr4:15785684 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 1 A15
Chr4:15785684 TC T 1bp_deletion CDS_variant 1 A15
Chr4:15787348 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B58
Chr4:15787834 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B34,B51,C27,C75,D2

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057804399.1
361 aa
N
1
180
361
DUF7356
C
PF24053 DUF7356 141-241 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057804399.1 Pfam PF24053 DUF7356 Domain 141 241 2.5e-23 82.7 Domain of unknown function (DUF7356)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057948416.1
GACAACTAATTGCTTGCTGGAATGAAAAGCCGATTAACACTGGCGCGATCTCGTTTTCTGTTCATGGTTTAGATCCAACGATTCATAAACCCTAAATTCAATCGTTCATCAATTCGCTTTACTTCCTAATTTATCCAGCTTCAATTCCCGAAAATTTCCGATTTTGGATTCATTGCATCTCATTTCTCGTTTCTGAGCAGCAACTCGGGCGCTGTACTGCGTCAATCCTAAGCCTAATAGGAAGGGATAGCTCAATTTGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131019811
ATGGATAAAAATGAGTTTATTGCAATTGTCTTCGTATTCCTATTTGTTTCTACCACTTGCAATGCCTCTTCAGTTTTTCATCTACGGAAATTGATTGCTACTGAGGAGAATAATGCCTCTGCAGCTTCTCAGGTTTCGCCAATTGCCAGCCCAGATAATGGTTCGAGTACGAATACAAGTTCGATAAACACAGAAAAGCCTCAATTAGAGAAGGAGAAGGAATCTGAAAAGCCTCAATTAGAGAAGCAGAAAGAATCTCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057804399.1
MDKNEFIAIVFVFLFVSTTCNASSVFHLRKLIATEENNASAASQVSPIASPDNGSSTNTSSINTEKPQLEKEKESEKPQLEKQKESQAGNETSSNATLPVDPKGSTDNGTKSLGAPSPPAGEKKGSGVDGGNVKANATMPNSNDNVSCNGSISSCKEQMMIACIKISKDGGSEHVFLVVINEGESPLKVNVILPNSIQNILTDVEVPKHTSKKIDITSSVGKSNKLIVSSGGSPCELVLVQSASVDKIIQQLSFYSKQVT...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器