Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G001121`

染色体: Chr04 坐标: 16258367-16259857 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G001121`
名称	SmilChr04G001121
描述	uncharacterized SmilChr04G001121
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	16258367 - 16259857 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131023069`
GeneID	`131023069`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131023069`
原始查询	`SmilChr04G001121`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述	confidence=no_hit
产物	confidence=no_hit
Arabidopsis	`-` -
Rice	`-` -
GO	-
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131023069

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057808595.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057808595.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057808595.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057808595.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057808595.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:16258480`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B71
`Chr4:16258512`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C77,D10
`Chr4:16258535`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A1,B105,C21,C73
`Chr4:16258540`	`T`	`TG`	1bp_insertion	frameshift_variant	9	A14,A3,B103,B135,B51,B56,B63,B96,C19
`Chr4:16258548`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B50
`Chr4:16258567`	`TG`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	2	B54,C9
`Chr4:16258567`	`TG`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	2	B54,C9
`Chr4:16258582`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B53,B58,B75
`Chr4:16258604`	`TG`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	26	A1,A20,A3,B108,B125,B26,B33,B39,B42,B43,B45,B52,B54,B61,B75,B77,B8,B80,B94,C29,C35,C7,C72,C9,D8,D9
`Chr4:16258607`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr4:16258618`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B122
`Chr4:16258620`	`GT`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	5	B74,C18,C3,C60,D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057952612.1
ATGGACAAAAATCCTGATCTTTCTTCCCTCATCAAGAGTTTGATCCAACACTTCGGATCACCGGAAAGCGCAGCCAAACATCTCTCCGCTCTCCCTCAGATGGCCGAATCAACCGACAAACCCTCATCTTCTCAAACTCCGGTGGAAGTCCCAGGAGAAACCTTTCCTCCAGCTCCTTCTCCAAGAGGCTCTCCGAAGAGAAGCACCACTGAATCGTTTGTTGGGGCTGATGTTGATCCTGTCTCTTTGCAAATGGTGGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131023069
ATGGACAAAAATCCTGATCTTTCTTCCCTCATCAAGAGTTTGATCCAACACTTCGGATCACCGGAAAGCGCAGCCAAACATCTCTCCGCTCTCCCTCAGATGGCCGAATCAACCGACAAACCCTCATCTTCTCAAACTCCGGTGGAAGTCCCAGGAGAAACCTTTCCTCCAGCTCCTTCTCCAAGAGGCTCTCCGAAGAGAAGCACCACTGAATCGTTTGTTGGGGCTGATGTTGATCCTGTCTCTTTGCAAATGGTGGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057808595.1
MDKNPDLSSLIKSLIQHFGSPESAAKHLSALPQMAESTDKPSSSQTPVEVPGETFPPAPSPRGSPKRSTTESFVGADVDPVSLQMVETPINPEPISTVPPLEIVLSKMAPGSSAKVHEDLTKGKTSLQNLTVHATSEKSTGHPAFGVTQHQTPLTTPSEESIPSSKEESTHASQDTSLERIGEIAKEALLDLASQPGSDVDKASVVAEEECAAGDIPISMDVDDPEKIPDVDQDVDPEESTDVIDVDTFVPDKKSRKRKA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器