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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G001131

染色体: Chr04 坐标: 16560355-16575850 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G001131
名称SmilChr04G001131
描述uncharacterized SmilChr04G001131
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向16560355 - 16575850 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131023074
GeneID131023074
locus_tag-
NCBI NameLOC131023074
原始查询SmilChr04G001131

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os04g0191000; species=rice; confidence=low
产物hit=Os04g0191000; species=rice; confidence=low
ArabidopsisATMG00860
-
identity=41.2; qcov=0.069; evalue=1.02e-18; confidence=weak
RiceOs04g0191000
-
identity=37.9; qcov=0.366; evalue=6.32e-92; confidence=low
GOGO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0008270 (zinc ion binding); GO:0015074 (DNA integration)
KEGG-
PfamPF00098 (zf-CCHC); PF03732 (PEG10_N-capsid); PF17917 (RT_RNaseH); PF17919 (RT_RNaseH_2); PF17921 (Integrase_H2C2); PF24626 (SH3_Tf2-1); PF30863 (PRO_PEG10-RTL1); PF30901 (PEG10-RTL1_C-capsid)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131023074

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057808600.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.80000 XP_057808600.1
3 Nucleus 细胞核 0.20000 XP_057808600.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057808600.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057808600.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:16560359 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B109,C52
Chr4:16560366 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C79
Chr4:16560376 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A15,D9
Chr4:16560406 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A3,B106,C20
Chr4:16560911 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A13,A22,B128,C35,C62
Chr4:16560945 G GT 1bp_insertion frameshift_variant 1 A22
Chr4:16560945 G GT 1bp_insertion CDS_variant 1 A22
Chr4:16568126 C CA 1bp_insertion frameshift_variant 20 B10,B107,B119,B120,B124,B21,B25,B42,B43,B62,B75,B76,B79,B95,C39,C50,C53,C75,C84,C87
Chr4:16568132 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B28,B93,C66
Chr4:16568138 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C24,C54
Chr4:16568149 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B113,C35
Chr4:16568159 AT A 1bp_deletion frameshift_variant 23 B103,B138,B17,B22,B29,B33,B4,B48,B6,B62,B85,B9,C1,C10,C25,C37,C4,C40,C5,C55,C66,C71,D1

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057808600.1
1399 aa
N
1
700
1399
PEG10_N-capsid
PEG10-RTL1_C-capsid
zf-CCHC
PRO_PEG10-RTL1
RT_RNaseH_2
RT_RNaseH
Integrase_H2C2
SH3_Tf2-1
C
PF03732 PEG10_N-capsid 256-306 aa PF30901 PEG10-RTL1_C-capsid 316-389 aa PF00098 zf-CCHC 446-463 aa PF30863 PRO_PEG10-RTL1 533-611 aa PF17919 RT_RNaseH_2 765-859 aa PF17917 RT_RNaseH 790-889 aa PF17921 Integrase_H2C2 925-983 aa PF24626 SH3_Tf2-1 1167-1213 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057808600.1 Pfam PF03732 PEG10_N-capsid Domain 256 306 9e-10 39.5 Retrotransposon-derived protein PEG10, N-terminal capsid-like domain
XP_057808600.1 Pfam PF30901 PEG10-RTL1_C-capsid Domain 316 389 2e-08 34.8 PEG10/RTL1, C-terminal capsid-like domain
XP_057808600.1 Pfam PF00098 zf-CCHC Domain 446 463 0.00015 22.4 Zinc knuckle
XP_057808600.1 Pfam PF30863 PRO_PEG10-RTL1 Domain 533 611 8.9e-13 49.3 PEG10/RTL1 protease domain
XP_057808600.1 Pfam PF17919 RT_RNaseH_2 Domain 765 859 3.1e-31 108.1 RNase H-like domain found in reverse transcriptase
XP_057808600.1 Pfam PF17917 RT_RNaseH Domain 790 889 1.1e-33 116.2 RNase H-like domain found in reverse transcriptase
XP_057808600.1 Pfam PF17921 Integrase_H2C2 Domain 925 983 6.3e-18 65.4 Integrase zinc binding domain
XP_057808600.1 Pfam PF24626 SH3_Tf2-1 Domain 1167 1213 5.7e-14 52.7 Tf2-1-like, SH3 domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057952617.1
ATGGTGGAGAAATCGGGGCTGACCGAGGTGCAACACCCCAAGCCGTATCGTTTGCAATGGCTGAATGAGACCGGCATCGTCGAGGTTACCACGCAAGTGAAAGTGCCTATTCGCCTTGGCAGGTATGAAGATGAGGTTTTGTGCGATGTTATTCCCATGCAGGCGACCCACATTTTGTTGGGTAGACCGTGGCAGGTCGATAGACGAGCTATTCATGATGAAGTCACCAATAAGTACTCCTTCGCATATAAGCAAAAGAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131023074
ATGGTGGAGAAATCGGGGCTGACCGAGGTGCAACACCCCAAGCCGTATCGTTTGCAATGGCTGAATGAGACCGGCATCGTCGAGGTTACCACGCAAGTGAAAGTGCCTATTCGCCTTGGCAGGTATGAAGATGAGGTTTTGTGCGATGTTATTCCCATGCAGGCGACCCACATTTTGTTGGGTAGACCGTGGCAGGTCGATAGACGAGCTATTCATGATGAAGTCACCAATAAGTACTCCTTCGCATATAAGCAAAAGAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057808600.1
MVEKSGLTEVQHPKPYRLQWLNETGIVEVTTQVKVPIRLGRYEDEVLCDVIPMQATHILLGRPWQVDRRAIHDEVTNKYSFAYKQKKLAIVSLSPQQIYEDHVQLQQRHKEVDKVQSTEQPVEQTEMKVEVEIDREVVALQDEATDPDRPQLEETDKAMAVVVDIDQEVVAVEEEEPNLTLLPLQDSREKVLEEYVPISLEAKVLLITYASEFFCAEAPMHATWLFGRKVKHGSIFNNKFVMFTFQANSKLEPKHLELKK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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