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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G001145`

染色体: Chr04 坐标: 16881666-16883831 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G001145`
名称	SmilChr04G001145
描述	uncharacterized SmilChr04G001145
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	16881666 - 16883831 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131023081`
GeneID	`131023081`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131023081`
原始查询	`SmilChr04G001145`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os08g0125300; species=rice; confidence=weak
产物	hit=Os08g0125300; species=rice; confidence=weak
Arabidopsis	`-` -
Rice	`Os08g0125300` - identity=33.8; qcov=0.229; evalue=2.19e-17; confidence=weak
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF13976 (gag_pre-integrs); PF14223 (Retrotran_gag_2); PF22936 (Pol_BBD)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131023081

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	0.80000	`XP_057808607.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057808607.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057808607.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057808607.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057808607.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:16881668`	`ATG`	`A`	2bp_deletion	frameshift_variant	2	B62,C68
`Chr4:16881668`	`ATG`	`A`	2bp_deletion	CDS_variant	2	B62,C68
`Chr4:16881796`	`CT`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B17
`Chr4:16881796`	`CT`	`C`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B17
`Chr4:16881874`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B29
`Chr4:16881895`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	C18,C29,C72,D2
`Chr4:16881903`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B126
`Chr4:16881959`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr4:16881970`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B37
`Chr4:16882001`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B17,C40
`Chr4:16882009`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A3
`Chr4:16882017`	`TC`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	C76

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057808607.1

687 aa

344

687

Retrotran_gag_2

Pol_BBD

gag_pre-integrs

PF14223 Retrotran_gag_2 3-93 aa PF22936 Pol_BBD 545-620 aa PF13976 gag_pre-integrs 654-686 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057808607.1`	Pfam	`PF14223`	Retrotran_gag_2	Domain	3	93	6.3e-13	49.6	gag-polypeptide of LTR copia-type
`XP_057808607.1`	Pfam	`PF22936`	Pol_BBD	Domain	545	620	4.5e-16	59.7	Pol polyprotein, beta-barrel domain
`XP_057808607.1`	Pfam	`PF13976`	gag_pre-integrs	Domain	654	686	6.1e-10	39.5	GAG-pre-integrase domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057952624.1
ATGCGAATGTTGACCACCAAATTTGAGATTTTGAGAATGCGCGATGATGAGACTTTCTCTGCATACTATGAAAAACTTTGTGAAATCTCAAATGAAGCTGTTGGACTTGGAGAACCTATTAGCAACGAAAGATTGGTCAGTAAAATACTGAGATCTCTGCCTGAAAGGTATAACATGAAAATCTCTTCAATTGAAGAAACTGCTGATGTTGCTACTTTGCGTGTTGGGGATCTGGTCAGTAAGTTGTTAACTTTTGAGAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131023081
ATGCGAATGTTGACCACCAAATTTGAGATTTTGAGAATGCGCGATGATGAGACTTTCTCTGCATACTATGAAAAACTTTGTGAAATCTCAAATGAAGCTGTTGGACTTGGAGAACCTATTAGCAACGAAAGATTGGTCAGTAAAATACTGAGATCTCTGCCTGAAAGGTATAACATGAAAATCTCTTCAATTGAAGAAACTGCTGATGTTGCTACTTTGCGTGTTGGGGATCTGGTCAGTAAGTTGTTAACTTTTGAGAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057808607.1
MRMLTTKFEILRMRDDETFSAYYEKLCEISNEAVGLGEPISNERLVSKILRSLPERYNMKISSIEETADVATLRVGDLVSKLLTFEMNLEQQKADHVSKSVAFRVEKIPENSEITNLSECTDVDPEEEDDVNLAMLVKNFNNMLKSFKKGKSKNGFRKPSGMSAGSSSNITNVKKNVGTTSEVRSVDHIQCRGRQGMGHYANECPTVARKRHSGLTATLSDDSDSEEEKVLLMATVDEEHLQGEDMIGALKNLDDEMIFS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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