当前解析结果
SmilChr04G001158| 统一新 Gene ID | SmilChr04G001158 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr04G001158 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr04G001158 |
| 染色体 / SeqID | Chr04 / NC_080390.1 |
| 坐标与链方向 | 17140296 - 17140640 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131023085 |
|---|---|
| GeneID | 131023085 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131023085 |
| 原始查询 | SmilChr04G001158 |
| 来源 | GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | confidence=no_hit |
| 产物 | confidence=no_hit |
| Arabidopsis | -- |
| Rice | -- |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | - |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131023085 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057808611.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.60000 | XP_057808611.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057808611.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057808611.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057808611.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr4:17140317 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B129,D7 |
Chr4:17140319 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B129 |
Chr4:17140344 |
ATC |
A |
2bp_deletion | frameshift_variant | 12 | A16,B136,B17,B58,B67,B75,B85,C1,C49,C67,D7,D9 |
Chr4:17140380 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B67,B97,C46 |
Chr4:17140384 |
T |
TCG |
2bp_insertion | frameshift_variant | 40 | A13,A16,A20,A3,B112,B12,B136,B137,B14,B140,B17,B20,B27,B34,B55,B58,B67,B70,B75,B80,B85,B96,C1,C16,C20,C25,C27,C3,C36,C45,C49,C5,C60,C67,C79,C85,C86,D2,D7,D9 |
Chr4:17140386 |
TGC |
T |
2bp_deletion | frameshift_variant | 43 | A13,A16,A20,A3,B112,B12,B136,B137,B14,B140,B17,B20,B27,B33,B34,B55,B58,B67,B70,B75,B80,B85,B86,B96,C1,C16,C20,C25,C27,C3,C36,C44,C45,C49,C5,C60,C67,C79,C85,C86,D2,D7,D9 |
Chr4:17140391 |
C |
CG |
1bp_insertion | frameshift_variant | 3 | C20,C79,C86 |
Chr4:17140391 |
C |
CG |
1bp_insertion | CDS_variant | 3 | C20,C79,C86 |
Chr4:17140405 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A10,B43,B49 |
Chr4:17140432 |
C |
CAA |
2bp_insertion | frameshift_variant | 17 | A20,A6,B10,B104,B136,B140,B33,B55,B67,C16,C20,C44,C5,C82,C85,C9,D7 |
Chr4:17140439 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B137,B78,B84,C64,C73 |
Chr4:17140444 |
TG |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 8 | B55,B67,C16,C5,C82,C85,C9,D7 |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。