Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G001158

染色体: Chr04 坐标: 17140296-17140640 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G001158
名称SmilChr04G001158
描述uncharacterized SmilChr04G001158
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向17140296 - 17140640 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131023085
GeneID131023085
locus_tag-
NCBI NameLOC131023085
原始查询SmilChr04G001158

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131023085

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057808611.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057808611.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057808611.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057808611.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057808611.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:17140317 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B129,D7
Chr4:17140319 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B129
Chr4:17140344 ATC A 2bp_deletion frameshift_variant 12 A16,B136,B17,B58,B67,B75,B85,C1,C49,C67,D7,D9
Chr4:17140380 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B67,B97,C46
Chr4:17140384 T TCG 2bp_insertion frameshift_variant 40 A13,A16,A20,A3,B112,B12,B136,B137,B14,B140,B17,B20,B27,B34,B55,B58,B67,B70,B75,B80,B85,B96,C1,C16,C20,C25,C27,C3,C36,C45,C49,C5,C60,C67,C79,C85,C86,D2,D7,D9
Chr4:17140386 TGC T 2bp_deletion frameshift_variant 43 A13,A16,A20,A3,B112,B12,B136,B137,B14,B140,B17,B20,B27,B33,B34,B55,B58,B67,B70,B75,B80,B85,B86,B96,C1,C16,C20,C25,C27,C3,C36,C44,C45,C49,C5,C60,C67,C79,C85,C86,D2,D7,D9
Chr4:17140391 C CG 1bp_insertion frameshift_variant 3 C20,C79,C86
Chr4:17140391 C CG 1bp_insertion CDS_variant 3 C20,C79,C86
Chr4:17140405 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A10,B43,B49
Chr4:17140432 C CAA 2bp_insertion frameshift_variant 17 A20,A6,B10,B104,B136,B140,B33,B55,B67,C16,C20,C44,C5,C82,C85,C9,D7
Chr4:17140439 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B137,B78,B84,C64,C73
Chr4:17140444 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 8 B55,B67,C16,C5,C82,C85,C9,D7

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057952628.1
ATGGAGGAGTTGGATGAACTACGCAATGAGGCGTATGAAAATGCAAGGATCTACAAGGATAAAGTGAAGCGACTGCATGATCGCCGCATTTGCCACAAGAAGCTTTGCCCCAGAATGAAGGTGTTATTATTTAATTCTAGACTGAAGTTGTTTTCGGGTAAGCTGAAATCGAGATGGAGTGGTCCGTTTCTACTAAAGGAGGTGTTTGAGCATGGTGCTGTAGAGCTGTTGAATGAGAATACGAAGGAGAGTTTCAGAGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131023085
ATGGAGGAGTTGGATGAACTACGCAATGAGGCGTATGAAAATGCAAGGATCTACAAGGATAAAGTGAAGCGACTGCATGATCGCCGCATTTGCCACAAGAAGCTTTGCCCCAGAATGAAGGTGTTATTATTTAATTCTAGACTGAAGTTGTTTTCGGGTAAGCTGAAATCGAGATGGAGTGGTCCGTTTCTACTAAAGGAGGTGTTTGAGCATGGTGCTGTAGAGCTGTTGAATGAGAATACGAAGGAGAGTTTCAGAGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057808611.1
MEELDELRNEAYENARIYKDKVKRLHDRRICHKKLCPRMKVLLFNSRLKLFSGKLKSRWSGPFLLKEVFEHGAVELLNENTKESFRVNGHRVKPYYEHQSPPMVVESQTLHNPS

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器