Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G001177`

染色体: Chr04 坐标: 17815391-17816251 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G001177`
名称	SmilChr04G001177
描述	phospholipase A1-IIdelta-like
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	17815391 - 17816251 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131023093`
GeneID	`131023093`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131023093`
原始查询	`SmilChr04G001177`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	phospholipase A1-IIdelta-like
产物	phospholipase A1-IIdelta-like
Arabidopsis	`AT2G42690` (AT2G42690) alpha/beta-Hydrolases superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818869] identity=42.9; qcov=1.14; evalue=2.37e-53; confidence=medium
Rice	`Os01g0710700` - identity=42.2; qcov=1.08; evalue=9.34e-50; confidence=medium
GO	GO:0006629 (lipid metabolic process); GO:0008970 (glycerophospholipid phospholipase A1 activity)
KEGG	-
Pfam	PF01764 (Lipase_3)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131023093

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	0.40000	`XP_057808619.1`
2	Cytosol	细胞质基质	0.20000	`XP_057808619.1`
3	Secreted	分泌到胞外	0.20000	`XP_057808619.1`
4	Chloroplast	叶绿体	0.20000	`XP_057808619.1`
5	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057808619.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:17815607`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B32,B87,C36,C59
`Chr4:17815625`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A13,B140
`Chr4:17815633`	`CG`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	8	B118,B54,B59,B77,B85,B9,C22,C26
`Chr4:17815642`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B55
`Chr4:17815649`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A18,B2,D5
`Chr4:17815657`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr4:17815694`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B101,B13
`Chr4:17815712`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B22,B67,C29
`Chr4:17815720`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B123,B139,B66,C38
`Chr4:17815761`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B66
`Chr4:17815766`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B101,B74,B98,C2
`Chr4:17815812`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B51,C81

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057808619.1

215 aa

108

215

Lipase_3

PF01764 Lipase_3 103-205 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057808619.1`	Pfam	`PF01764`	Lipase_3	Domain	103	205	9.1e-19	68.5	Lipase (class 3)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057952636.1
CTCCTCGGCAGCAACAACTGGGAAGGCCTACTTGACCCCTTAGACCTCTCCCTCCGCCGCTTCCTCCTCCACTGCGGCGACCTCGTCCAGTGCGTCAGGGACGAAAACTCCCCCTACGTCGGCAGCAGCCGCTACGGCGAGAAAACCTTCTTTCGCAAGGTCAAGTTCCCCTCCGCCTCCGCCTACCAGATCTCCTCCTTCCTCTACGCCACCGCCACCCTCGACATCTCCCCCGACATCGAGACCAACTTCATCGGCTA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131023093
CTCCTCGGCAGCAACAACTGGGAAGGCCTACTTGACCCCTTAGACCTCTCCCTCCGCCGCTTCCTCCTCCACTGCGGCGACCTCGTCCAGTGCGTCAGGGACGAAAACTCCCCCTACGTCGGCAGCAGCCGCTACGGCGAGAAAACCTTCTTTCGCAAGGTCAAGTTCCCCTCCGCCTCCGCCTACCAGATCTCCTCCTTCCTCTACGCCACCGCCACCCTCGACATCTCCCCCGACATCGAGACCAACTTCATCGGCTA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057808619.1
LLGSNNWEGLLDPLDLSLRRFLLHCGDLVQCVRDENSPYVGSSRYGEKTFFRKVKFPSASAYQISSFLYATATLDISPDIETNFIGYVATSTSTIPGRGREIYVAWRGTESTLEWLDDAHIAPVSASAITPGAPGNIMDGWIRIYTSSNPNSQFGKLSARDQLRAQILQLRDQYKDEDLSIVVAGHSLGAALAVLSAFDLVENVVPDIPRHRSTP

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器