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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G001206

染色体: Chr04 坐标: 18660533-18661421 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G001206
名称SmilChr04G001206
描述21.9 kDa heat shock protein-like
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向18660533 - 18661421 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131023668
GeneID131023668
locus_tag-
NCBI NameLOC131023668
原始查询SmilChr04G001206

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述21.9 kDa heat shock protein-like
产物21.9 kDa heat shock protein-like
ArabidopsisAT4G10250 (ATHSP22.0)
HSP20-like chaperones superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:826616]
identity=49.7; qcov=0.933; evalue=1.36e-50; confidence=medium
RiceOs04g0445100 (HSP23.2)
-
identity=44.3; qcov=0.768; evalue=8.47e-43; confidence=medium
GOGO:0006457 (protein folding); GO:0009408 (response to heat); GO:0009651 (response to salt stress); GO:0042542 (response to hydrogen peroxide); GO:0043621 (GO:0043621); GO:0051082 (GO:0051082); GO:0051259 (protein complex oligomerization)
KEGGsmil04141 (Protein processing in endoplasmic reticulum - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00011 (HSP20)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131023668

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 1.00000 XP_057809196.1
2 Endoplasmic reticulum lumen 内质网腔 0.20000 XP_057809196.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057809196.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057809196.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057809196.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:18660747 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B125,C85
Chr4:18660890 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B139,B98
Chr4:18661036 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A18,B1,B24

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057809196.1
194 aa
N
1
97
194
HSP20
C
PF00011 HSP20 70-174 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057809196.1 Pfam PF00011 HSP20 Domain 70 174 1.8e-29 102.5 Hsp20/alpha crystallin family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057953213.1
CATTTCTCAAACTTTCCAGAATCCCCCAACTTCTCTCTAGAACAATGTACGCTCTCCCCACAACTCTAGAACCACGTACGCATCACCTATAAATTCCTTCCCTCACTCAGCATATAGCATCAGCATTGTATCTAGCAACACCACGCCTATCATCAATGGAGAGAGCAAACCTCGCAATAGCCTTGTTCACCGCGGCGGCGCTTCTCCTGCCGCCCGTAACCACCGCACTGGTGCCCTACTCCCCGCGCTCCCTATGGGAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131023668
ATGGAGAGAGCAAACCTCGCAATAGCCTTGTTCACCGCGGCGGCGCTTCTCCTGCCGCCCGTAACCACCGCACTGGTGCCCTACTCCCCGCGCTCCCTATGGGACCTGATGCTACCCCCCGACGACCCCTTCAAGATCCTGGAGCAGTCGCCGCTGGCCGCGGCCAGGGCCGCCGTGGACGAGAGTTCGGTGGCGCTGGCGCGGGCGGACTGGAAGGAAACGGCGGGCGAGCACCAGATCTCCCTCGACATCCCCGGCAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057809196.1
MERANLAIALFTAAALLLPPVTTALVPYSPRSLWDLMLPPDDPFKILEQSPLAAARAAVDESSVALARADWKETAGEHQISLDIPGMRREDIKIEVEENRVLRVSGERRTEEEAEGERWHRVERTAGKFWRQFRMPANADMEKVSARLEDGVLRISVPKVKEQEAKKEPKIITIGSADKEEKDVVKPAATKKEL

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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