当前解析结果
SmilChr04G001213| 统一新 Gene ID | SmilChr04G001213 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr04G001213 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr04G001213 |
| 染色体 / SeqID | Chr04 / NC_080390.1 |
| 坐标与链方向 | 18879732 - 18882615 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131023673 |
|---|---|
| GeneID | 131023673 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131023673 |
| 原始查询 | SmilChr04G001213 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | confidence=no_hit |
| 产物 | confidence=no_hit |
| Arabidopsis | -- |
| Rice | -- |
| GO | GO:0005515 (protein binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | - |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131023673 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.80000 | XP_057809206.1 |
| 2 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.80000 | XP_057809206.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.60000 | XP_057809207.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057809207.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057809207.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr4:18879934 |
C |
CT |
1bp_insertion | frameshift_variant | 63 | A11,A20,A21,A7,B101,B102,B103,B105,B108,B109,B114,B115,B121,B127,B13,B15,B29,B30,B31,B33,B35,B37,B44,B45,B46,B47,B51,B56,B68,B78,B82,B85,B86,B89,B94,C1,C12,C15,C16,C17,C26,C34,C36,C4,C40,C42,C47,C48,C57,C6,C62,C63,C66,C70,C73,C79,C8,C80,C83,C84,D2,D5,D7 |
Chr4:18879949 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
Chr4:18880131 |
A |
AG |
1bp_insertion | frameshift_variant | 1 | A21 |
Chr4:18880131 |
A |
AG |
1bp_insertion | CDS_variant | 1 | A21 |
Chr4:18881320 |
C |
CAA |
2bp_insertion | frameshift_variant | 9 | B102,B11,B45,B81,C24,C26,C44,C63,C67 |
Chr4:18881346 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D4 |
Chr4:18881396 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
Chr4:18881575 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
Chr4:18881591 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
Chr4:18881601 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B1,B55,B94 |
Chr4:18881814 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 81 | A11,A15,A2,A20,A24,A5,A6,B100,B101,B103,B105,B106,B107,B119,B12,B121,B127,B13,B130,B133,B134,B135,B137,B138,B139,B15,B16,B17,B24,B26,B29,B32,B33,B38,B39,B40,B45,B47,B50,B52,B56,B57,B6,B64,B68,B85,B86,B88,B9,B94,B96,C1,C10,C12,C14,C22,C24,C25,C33,C34,C37,C38,C4,C40,C49,C51,C54,C56,C57,C60,C63,C64,C66,C70,C73,C74,C77,C8,C86,D1,D2 |
Chr4:18881829 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 37 | A8,B1,B102,B11,B111,B113,B129,B140,B2,B20,B29,B3,B35,B45,B48,B50,B6,B64,B81,B91,B94,C1,C24,C25,C26,C29,C30,C34,C40,C44,C49,C50,C53,C6,C63,C67,C84 |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
11 records
下载 cDNA FASTA2 records
下载 CDS FASTA2 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。