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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G001219

染色体: Chr04 坐标: 19034375-19069557 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G001219
名称SmilChr04G001219
描述uncharacterized SmilChr04G001219
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向19034375 - 19069557 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131023687
GeneID131023687
locus_tag-
NCBI NameLOC131023687
原始查询SmilChr04G001219

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述lysine ketoglutarate reductase trans-splicing-like protein, putative (DUF707) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827585]; symbol=AT4G18530; hit=AT4G18530; species=arabidopsis; confidence=high
产物lysine ketoglutarate reductase trans-splicing-like protein, putative (DUF707) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827585]; symbol=AT4G18530; hit=AT4G18530; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT4G18530 (AT4G18530)
lysine ketoglutarate reductase trans-splicing-like protein, putative (DUF707) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827585]
identity=55.5; qcov=0.967; evalue=9.92e-161; confidence=high
RiceOs01g0919600
-
identity=54.1; qcov=0.812; evalue=6.54e-137; confidence=high
GO-
KEGG-
PfamPF05212 (DUF707)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131023687

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Golgi apparatus 高尔基体 1.00000 XP_057809235.1
2 Golgi stack 高尔基堆 0.20000 XP_057809235.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057809235.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057809235.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057809235.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:19036223 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A21,B56
Chr4:19036861 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A21
Chr4:19037180 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B50
Chr4:19037726 AC A 1bp_deletion frameshift_variant 1 B74
Chr4:19037726 AC A 1bp_deletion CDS_variant 1 B74
Chr4:19068704 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B22,C67
Chr4:19069126 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A5,B48,B76,C37

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057809235.1
421 aa
N
1
210
421
DUF707
C
PF05212 DUF707 93-407 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057809235.1 Pfam PF05212 DUF707 Family 93 407 1.3e-136 455.4 Protein of unknown function (DUF707)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057953252.1
AAAAATTAAAAATAAATAAAAACTCAAACAAACATTCAACCTGGCGTCGGTCTGGCTGCGAACTATTGTGTTTTGTTTTGTCGGTAATGATACAGTCTTCTCTTACATAAGCAATATACATACAATACATACGCCTTCTATACGTATATGTGTGTATATGTGCGTGCGTTTAAAACGTTGAAGGAGGGGTTGTTTATGGTGGCGTGGAGGTTACAGAAGACTACTCGTTGCTGTCTGGTGATTGGTTGAAAGGGCTAACA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131023687
ATGAAGTCCAACAATCCTGTTTCTGTACCATCAGATTCTAAAACTAGATCATTTAAATGCAGTCTCCTCATTACTATGTGTTTGATCGCCACTGCTTTCTTCATTGGCAGTGCGTGGCTGGGGAGAGATTCTTTAATGTTATCTCCTGGGATTGGATTTAATAATAACGAGCAATATACAGAGAATGTCATGAAGTGCGAGGTATCGCCAACACTTAGCATCGGAGTGGATAAGGCGGAGGAAGACAATACACAGCTTGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057809235.1
MKSNNPVSVPSDSKTRSFKCSLLITMCLIATAFFIGSAWLGRDSLMLSPGIGFNNNEQYTENVMKCEVSPTLSIGVDKAEEDNTQLDKCNDKCRPVGTESLPKGIVSRTSNLEMHPLSGPIPDDSNSKHRRALLAMAVGFKQKKFVNEIVKKFLVEEVDVMLFHYDGVVDKWRDMEWSDAVIHVSATNQTKWWFAKRFLHPDIVGEYDHIFLWDEDLGVENFNPGRYLAIVKEEGLEISQPALEPHKSEVHHRITILNRR...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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