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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G001233

染色体: Chr04 坐标: 19349161-19349845 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G001233
名称SmilChr04G001233
描述uncharacterized SmilChr04G001233
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向19349161 - 19349845 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131023699
GeneID131023699
locus_tag-
NCBI NameLOC131023699
原始查询SmilChr04G001233

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131023699

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057809253.1
2 Chromosome 染色体 0.20000 XP_057809253.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057809253.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057809253.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057809253.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:19349175 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B1,B120,B5,C48
Chr4:19349188 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B55
Chr4:19349467 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B28,C19
Chr4:19349468 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B96,C1,C71
Chr4:19349533 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr4:19349559 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B62,C56
Chr4:19349560 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B19,B48
Chr4:19349580 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B66
Chr4:19349590 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B62
Chr4:19349617 AG A 1bp_deletion frameshift_variant 1 B91
Chr4:19349617 AG A 1bp_deletion CDS_variant 1 B91
Chr4:19349631 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B138,C34

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057953270.1
TAAATGCATGAACAGCTCATGGATGGTGAAGTCCCCCCAACTGCATCTAACTACAGCACTTTCCTCCGCCTACACATGTACGCAGATGGAACTTTTGTGTCAGAAAAGGATGCCAACCTTGATGCGGAGATTCATCGTGTTGCTGCTGAGACAGGACGAGAGGACCGACTCGATGAGGTCTACTTGGAGCTCGTACGTCCCGGTAGGTCACGACTGTACGGCACTGGAAGTGCTGGTGTGAGCCAGTTCAGTAGGGGGTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131023699
ATGCATGAACAGCTCATGGATGGTGAAGTCCCCCCAACTGCATCTAACTACAGCACTTTCCTCCGCCTACACATGTACGCAGATGGAACTTTTGTGTCAGAAAAGGATGCCAACCTTGATGCGGAGATTCATCGTGTTGCTGCTGAGACAGGACGAGAGGACCGACTCGATGAGGTCTACTTGGAGCTCGTACGTCCCGGTAGGTCACGACTGTACGGCACTGGAAGTGCTGGTGTGAGCCAGTTCAGTAGGGGGTCTAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057809253.1
MHEQLMDGEVPPTASNYSTFLRLHMYADGTFVSEKDANLDAEIHRVAAETGREDRLDEVYLELVRPGRSRLYGTGSAGVSQFSRGSTNSTCSSQMSQQMYETRISTLEERLQKAEEDRAAQEAAREAEQAAREALEQRMSQFEEILRRSGQLP

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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