Red Sage Omics 丹参基因组信息平台
首页 基因查询 ID 对照表 功能注释 结构域预测 Pfam 基因组工具 蛋白互作 亚细胞定位 表达量 共表达 同源/共线性 GO/KEGG 注释 TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变 JBrowse BLAST 下载 关于 帮助
数据资源
ID 对照表 功能注释 功能检索 次生代谢专题 文献证据 结构域预测 Pfam 同源/共线性
分析工具
基因组工具 引物设计 同源重组引物设计 核酸翻译 BLAST 蛋白互作 亚细胞定位 共表达 GO/KEGG 注释 功能检索
调控/突变
TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变
帮助
关于 帮助 资源与版本
中文 EN

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G001243

染色体: Chr04 坐标: 19555586-19563606 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G001243
名称SmilChr04G001243
描述uncharacterized SmilChr04G001243
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向19555586 - 19563606 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131023686
GeneID131023686
locus_tag-
NCBI NameLOC131023686
原始查询SmilChr04G001243

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述acyl-CoA [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816871]; symbol=AT2G23390; hit=AT2G23390; species=arabidopsis; confidence=high
产物acyl-CoA [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816871]; symbol=AT2G23390; hit=AT2G23390; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT2G23390 (AT2G23390)
acyl-CoA [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816871]
identity=69.5; qcov=0.919; evalue=0; confidence=high
RiceOs04g0442200
-
identity=63.8; qcov=1; evalue=0; confidence=high
GO-
KEGG-
PfamPF04339 (FemAB_like); PF13480 (Acetyltransf_6)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131023686

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 1.00000 XP_057809229.1
2 Chloroplast stroma 叶绿体基质 1.00000 XP_057809231.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057809229.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057809229.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057809229.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:19557871 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C43
Chr4:19557917 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B101
Chr4:19558410 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B75,C36
Chr4:19562892 GC G 1bp_deletion frameshift_variant 1 C54
Chr4:19562892 GC G 1bp_deletion CDS_variant 1 C54
Chr4:19563017 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A5,B59,B67,C21,D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057809229.1
471 aa
N
1
236
471
FemAB_like
Acetyltransf_6
C
PF04339 FemAB_like 88-450 aa PF13480 Acetyltransf_6 276-410 aa
XP_057809230.1
469 aa
N
1
234
469
FemAB_like
Acetyltransf_6
C
PF04339 FemAB_like 86-448 aa PF13480 Acetyltransf_6 274-408 aa
XP_057809231.1
468 aa
N
1
234
468
FemAB_like
Acetyltransf_6
C
PF04339 FemAB_like 88-465 aa PF13480 Acetyltransf_6 276-410 aa
XP_057809233.1
468 aa
N
1
234
468
FemAB_like
Acetyltransf_6
C
PF04339 FemAB_like 88-465 aa PF13480 Acetyltransf_6 276-410 aa
XP_057809234.1
468 aa
N
1
234
468
FemAB_like
Acetyltransf_6
C
PF04339 FemAB_like 88-465 aa PF13480 Acetyltransf_6 276-410 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057809229.1 Pfam PF04339 FemAB_like Family 88 450 1.9e-150 501.8 Peptidogalycan biosysnthesis/recognition
XP_057809229.1 Pfam PF13480 Acetyltransf_6 Domain 276 410 3e-12 47.5 Acetyltransferase (GNAT) domain
XP_057809230.1 Pfam PF04339 FemAB_like Family 86 448 1.9e-150 501.9 Peptidogalycan biosysnthesis/recognition
XP_057809230.1 Pfam PF13480 Acetyltransf_6 Domain 274 408 3e-12 47.6 Acetyltransferase (GNAT) domain
XP_057809231.1 Pfam PF04339 FemAB_like Family 88 465 7.9e-154 513.0 Peptidogalycan biosysnthesis/recognition
XP_057809231.1 Pfam PF13480 Acetyltransf_6 Domain 276 410 3e-12 47.6 Acetyltransferase (GNAT) domain
XP_057809233.1 Pfam PF04339 FemAB_like Family 88 465 7.9e-154 513.0 Peptidogalycan biosysnthesis/recognition
XP_057809233.1 Pfam PF13480 Acetyltransf_6 Domain 276 410 3e-12 47.6 Acetyltransferase (GNAT) domain
XP_057809234.1 Pfam PF04339 FemAB_like Family 88 465 7.9e-154 513.0 Peptidogalycan biosysnthesis/recognition
XP_057809234.1 Pfam PF13480 Acetyltransf_6 Domain 276 410 3e-12 47.6 Acetyltransferase (GNAT) domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

7 records

下载 cDNA FASTA
XR_009101478.1
AGTGGCATTCGTCTGATAGGACTAGGAGTAACGGAAGAATAAAAAATTGAGGAGAAAGAGAAAGAGCCAAACAGAAACACAAAAAGCCTGATCTTTTTGTGATGCCAGTTGCCATGGCTGTCGCCGTGGCTGCTTCTTCTCCATTTCTGGGCCACACCCTCAGGAAAACTTTATGTAGAAGGTGTGCCCCAAATTCAGATGTTGGGTTTAGCATAAAAGCCATATTTTGGGGACCAAGGAAGTCTGTTGAGCCCACCAAA...
XR_009101479.1
AGTGGCATTCGTCTGATAGGACTAGGAGTAACGGAAGAATAAAAAATTGAGGAGAAAGAGAAAGAGCCAAACAGAAACACAAAAAGCCTGATCTTTTTGTGATGCCAGTTGCCATGGCTGTCGCCGTGGCTGCTTCTTCTCCATTTCTGGGCCACACCCTCAGGAAAACTTTATGTAGAAGGTGTGCCCCAAATTCAGATGTTGGGTTTAGCATAAAAGCCATATTTTGGGGACCAAGGAAGTCTGTTGAGCCCACCAAA...

CDS

5 records

下载 CDS FASTA
LOC131023686
ATGCCAGTTGCCATGGCTGTCGCCGTGGCTGCTTCTTCTCCATTTCTGGGCCACACCCTCAGGAAAACTTTATGTAGAAGGTGTGCCCCAAATTCAGATGTTGGGTTTAGCATAAAAGCCATATTTTGGGGACCAAGGAAGTCTGTTGAGCCCACCAAACAAGAGCTATCCCTTGGAGACTTCAGTTTGCCAGAATTAAGGGTGGAGGGAGATAGAAGTAATGTTGACAAGGACAGAAAGCTATCAGTTCGAGTGGTTTC...
LOC131023686
ATGCCAGTTGCCATGGCTGTCGCCGTGGCTGCTTCTTCTCCATTTCTGGGCCACACCCTCAGGAAAACTTTATGTAGAAGGTGTGCCCCAAATTCAGATGTTGGGTTTAGCATAAAAGCCATATTTTGGGGACCAAGGAAGTCTGTTGAGCCCACCAAACAAGAGCTATCCCTTGGAGACTTCAGTTTGCCAGAATTAAGGGTGGAGGGAGATAGAAGTAATGTTGACAAGGACAGAAAGCTATCAGTTCGAGTGGTTTC...

Protein

5 records

下载 Protein FASTA
XP_057809229.1
MPVAMAVAVAASSPFLGHTLRKTLCRRCAPNSDVGFSIKAIFWGPRKSVEPTKQELSLGDFSLPELRVEGDRSNVDKDRKLSVRVVSSISEILPHEWDACSVDAAGPEKFNPFLTHGFLSSLEETGCAVKETGWVPQHIVAQDDSDNVLGVIPLYLKSHSYGEYVFDHSWADAYYSYGSRYYPKLQCCVPFTPVTGPRILVRNTSYRDQVFDILVSALVALTIKFQVSSLHITFPSADEVGKLKEKGFLQRVGMQYHWKN...
XP_057809230.1
MPVAMAVAVAASSPFLGHTLRKTLCRRCAPNSDVGFSIKAIFWGPRKSVEPTKQELSLGDFSLPELRGDRSNVDKDRKLSVRVVSSISEILPHEWDACSVDAAGPEKFNPFLTHGFLSSLEETGCAVKETGWVPQHIVAQDDSDNVLGVIPLYLKSHSYGEYVFDHSWADAYYSYGSRYYPKLQCCVPFTPVTGPRILVRNTSYRDQVFDILVSALVALTIKFQVSSLHITFPSADEVGKLKEKGFLQRVGMQYHWKNHN...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器