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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G001267`

染色体: Chr04 坐标: 20118567-20123634 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G001267`
名称	SmilChr04G001267
描述	uncharacterized SmilChr04G001267
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	20118567 - 20123634 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131023122`
GeneID	`131023122`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131023122`
原始查询	`SmilChr04G001267`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os08g0202300; species=rice; confidence=low
产物	hit=Os08g0202300; species=rice; confidence=low
Arabidopsis	`ATMG00750` - identity=58.9; qcov=0.07; evalue=1.14e-16; confidence=weak
Rice	`Os08g0202300` - identity=31.7; qcov=0.309; evalue=1.08e-21; confidence=low
GO	GO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0015074 (DNA integration)
KEGG	-
Pfam	PF00078 (RVT_1); PF17917 (RT_RNaseH); PF17921 (Integrase_H2C2)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131023122

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057808647.1`
2	Cytosol	细胞质基质	0.80000	`XP_057808647.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057808647.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057808647.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057808647.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:20118655`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B120,B98,C18
`Chr4:20118783`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D5
`Chr4:20118798`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D5
`Chr4:20118814`	`A`	`AC`	1bp_insertion	frameshift_variant	1	D5
`Chr4:20118814`	`A`	`AC`	1bp_insertion	CDS_variant	1	D5
`Chr4:20118816`	`AG`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	D5
`Chr4:20118816`	`AG`	`A`	1bp_deletion	CDS_variant	1	D5
`Chr4:20118825`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D5
`Chr4:20118840`	`GC`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	2	B130,C52
`Chr4:20118840`	`GC`	`G`	1bp_deletion	CDS_variant	2	B130,C52
`Chr4:20118858`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D5
`Chr4:20118882`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D5

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057808647.1

796 aa

398

796

RVT_1

RT_RNaseH

Integrase_H2C2

PF00078 RVT_1 346-452 aa PF17917 RT_RNaseH 489-549 aa PF17921 Integrase_H2C2 651-708 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057808647.1`	Pfam	`PF00078`	RVT_1	Domain	346	452	1.8e-17	64.6	Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase)
`XP_057808647.1`	Pfam	`PF17917`	RT_RNaseH	Domain	489	549	5.1e-17	62.6	RNase H-like domain found in reverse transcriptase
`XP_057808647.1`	Pfam	`PF17921`	Integrase_H2C2	Domain	651	708	2.8e-11	44.1	Integrase zinc binding domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057952664.1
ATGGGTGGGGTATTACAGGAAGCATCGGGGATGCTTGACTTGGGGGTCGGGATGAACTTGATGCCATATTCTATTTTTAAACAACTAGAGTTAGGCGATTTAAAACCCACTCGAATGTGCTTGCAATTAGCAGATAGATCAGTGAGGTATCCTCATGGGGTAATTGAGGATATCCTTGTTAGAGTGGGTGGATTGATTGTGCATGTGGACTTTGTTGTGTTAGAGATAGGAGAAGTGCATGAGAATGGCAAGGAATATAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131023122
ATGGGTGGGGTATTACAGGAAGCATCGGGGATGCTTGACTTGGGGGTCGGGATGAACTTGATGCCATATTCTATTTTTAAACAACTAGAGTTAGGCGATTTAAAACCCACTCGAATGTGCTTGCAATTAGCAGATAGATCAGTGAGGTATCCTCATGGGGTAATTGAGGATATCCTTGTTAGAGTGGGTGGATTGATTGTGCATGTGGACTTTGTTGTGTTAGAGATAGGAGAAGTGCATGAGAATGGCAAGGAATATAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057808647.1
MGGVLQEASGMLDLGVGMNLMPYSIFKQLELGDLKPTRMCLQLADRSVRYPHGVIEDILVRVGGLIVHVDFVVLEIGEVHENGKEYTLLLGRPFMAMTNTLIDVKNGTIKMTVLGESVSFFVHHGRAMPSSTFTNECSYIDAIDGLAKMVFMQEQEMVEVFAGSADMEEFAREAEESERERRDKLPIDEPVVPEDATKSKKPKLELKELPKNLKYVYLEEGEEKPVITSAELTHGQEMALMEVLKRNKEAFGWGLADIRG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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