Red Sage Omics 丹参基因组信息平台
首页 基因查询 ID 对照表 功能注释 结构域预测 Pfam 基因组工具 蛋白互作 亚细胞定位 表达量 共表达 同源/共线性 GO/KEGG 注释 TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变 JBrowse BLAST 下载 关于 帮助
数据资源
ID 对照表 功能注释 功能检索 次生代谢专题 文献证据 结构域预测 Pfam 同源/共线性
分析工具
基因组工具 引物设计 同源重组引物设计 核酸翻译 BLAST 蛋白互作 亚细胞定位 共表达 GO/KEGG 注释 功能检索
调控/突变
TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变
帮助
关于 帮助 资源与版本
中文 EN

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G001275

染色体: Chr04 坐标: 20273678-20289957 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G001275
名称SmilChr04G001275
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At1g10910, chloroplastic
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向20273678 - 20289957 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131021079
GeneID131021079
locus_tag-
NCBI NameLOC131021079
原始查询SmilChr04G001275

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At1g10910, chloroplastic
产物pentatricopeptide repeat-containing protein At1g10910%2C chloroplastic
ArabidopsisAT1G10910 (EMB3103)
Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837634]
identity=57.7; qcov=0.961; evalue=0; confidence=high
RiceOs01g0559500 (WSL)
-
identity=56.1; qcov=0.879; evalue=0; confidence=high
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3); PF17177 (PPR_long); PF23276 (TPR_24)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131021079

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057806153.1
2 Chloroplast 叶绿体 0.20000 XP_057806153.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057806153.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057806153.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057806153.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:20274513 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B131,B58
Chr4:20274527 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B124,B79
Chr4:20275019 GT G 1bp_deletion frameshift_variant 1 B88
Chr4:20275019 GT G 1bp_deletion CDS_variant 1 B88
Chr4:20276447 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C81,C82
Chr4:20286682 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C57
Chr4:20286795 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B101
Chr4:20287490 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C10
Chr4:20288410 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B87,C78,D9
Chr4:20288431 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C75
Chr4:20289669 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D4
Chr4:20289728 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A11,B28,B71,B93,C62

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057806153.1
667 aa
N
1
334
667
PPR_3
PPR_2
PPR
PPR_long
PPR_3
PPR_2
PPR
PPR
PPR
TPR_24
PPR_3
PPR
PPR_2
PPR
PPR_3
PPR_2
PPR
PPR
C
PF13812 PPR_3 162-217 aa PF13041 PPR_2 172-220 aa PF01535 PPR 175-203 aa PF17177 PPR_long 187-341 aa PF13812 PPR_3 231-289 aa PF13041 PPR_2 243-290 aa PF01535 PPR 245-274 aa PF01535 PPR 281-310 aa PF01535 PPR 316-344 aa PF23276 TPR_24 318-426 aa PF13812 PPR_3 336-393 aa PF01535 PPR 352-380 aa PF13041 PPR_2 354-396 aa PF01535 PPR 385-406 aa PF13812 PPR_3 416-465 aa PF13041 PPR_2 418-466 aa PF01535 PPR 420-448 aa PF01535 PPR 456-484 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057806153.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 162 217 1.4e-32 112.3 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057806153.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 172 220 1.2e-66 221.3 PPR repeat family
XP_057806153.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 175 203 5.9e-52 171.1 PPR repeat
XP_057806153.1 Pfam PF17177 PPR_long Repeat 187 341 7.2e-22 78.5 Pentacotripeptide-repeat region of PRORP
XP_057806153.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 231 289 1.4e-32 112.3 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057806153.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 243 290 1.2e-66 221.3 PPR repeat family
XP_057806153.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 245 274 5.9e-52 171.1 PPR repeat
XP_057806153.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 281 310 5.9e-52 171.1 PPR repeat
XP_057806153.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 316 344 5.9e-52 171.1 PPR repeat
XP_057806153.1 Pfam PF23276 TPR_24 Repeat 318 426 2.4e-25 89.7 Pentatricopeptide repeat-containing protein
XP_057806153.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 336 393 1.4e-32 112.3 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057806153.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 352 380 5.9e-52 171.1 PPR repeat
XP_057806153.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 354 396 1.2e-66 221.3 PPR repeat family
XP_057806153.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 385 406 5.9e-52 171.1 PPR repeat
XP_057806153.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 416 465 1.4e-32 112.3 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057806153.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 418 466 1.2e-66 221.3 PPR repeat family
XP_057806153.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 420 448 5.9e-52 171.1 PPR repeat
XP_057806153.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 456 484 5.9e-52 171.1 PPR repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057950170.1
CTTTGAAAATTGAAAATGGAGGTTATGATTGGAGGCACCGTCAGTGATTAGATGATATCCATTTACCTATTTTTCTCCATTTGCTTTTTCGGTTCTCCTCCATCATCCCATTTCCATGGAGTTGTCATCGGTGTTGGGGAACGGCTTTCAACCCGTATTTCGCTTCCATTCAACCATCAATAACTCCGGCCAAATTGCGGCCACCGCGCCGCTGTTGCCTAAGCAGCTGGGGAGAATTACCACTCCAAGTTGTTCTAACG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131021079
ATGGAGTTGTCATCGGTGTTGGGGAACGGCTTTCAACCCGTATTTCGCTTCCATTCAACCATCAATAACTCCGGCCAAATTGCGGCCACCGCGCCGCTGTTGCCTAAGCAGCTGGGGAGAATTACCACTCCAAGTTGTTCTAACGCTACCCCAATGCATACCGAAGTTCGGAGCAAATCAAATTACGCATCCAAAACGGTATCCAAGAGTCTCGTGGCTTCGCAGAAAACAAGAGAATCTGCAATTCACGATATTCAGCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057806153.1
MELSSVLGNGFQPVFRFHSTINNSGQIAATAPLLPKQLGRITTPSCSNATPMHTEVRSKSNYASKTVSKSLVASQKTRESAIHDIQHSSNLESALSRSGEVLKVQDLNIILRYFGKLNRWKDVCQLFDWMQHHGKTNIASYSSYIKFVGRDSNSGKALEIYNSIKDDSTRSNVSVCNSTLCCLIKSGKFNSSLKLFNQMKHAGLVPDIITYSTLLLGCAKVKGGYFKAMELVAEMKSRGLSMDDVLYGTLISVCASNNQC...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器