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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G001277

染色体: Chr04 坐标: 20346823-20354291 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G001277
名称SmilChr04G001277
描述phosphatidylinositol 4-phosphate 5-kinase 8-like
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向20346823 - 20354291 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131022792
GeneID131022792
locus_tag-
NCBI NameLOC131022792
原始查询SmilChr04G001277

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述phosphatidylinositol 4-phosphate 5-kinase 8-like
产物phosphatidylinositol 4-phosphate 5-kinase 8-like
ArabidopsisAT1G60890 (AT1G60890)
Phosphatidylinositol-4-phosphate 5-kinase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842381]
identity=62.5; qcov=1.02; evalue=0; confidence=high
RiceOs03g0701800 (OsPIPK1)
-
identity=54.3; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
GOGO:0005524 (ATP binding); GO:0016308 (1-phosphatidylinositol-4-phosphate 5-kinase activity); GO:0046488 (phosphatidylinositol metabolic process)
KEGGsmil00562 (Inositol phosphate metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil04070 (Phosphatidylinositol signaling system - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil04144 (Endocytosis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF01504 (PIP5K); PF02493 (MORN)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131022792

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057808299.1
2 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057808300.1
3 Cell projection 细胞突起 0.60000 XP_057808299.1
4 Cilium 纤毛 0.40000 XP_057808299.1
5 Cell membrane 细胞膜 0.20000 XP_057808301.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:20347878 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B21,B42,B43,B95,C39
Chr4:20347903 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C67
Chr4:20347981 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B103,B25,C84
Chr4:20348403 TGA T 2bp_deletion frameshift_variant 1 A21
Chr4:20348403 TGA T 2bp_deletion CDS_variant 1 A21
Chr4:20348495 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B31
Chr4:20348851 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D4
Chr4:20354008 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B53
Chr4:20354078 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C2,D8

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057808299.1
759 aa
N
1
380
759
MORN
MORN
MORN
MORN
MORN
MORN
MORN
MORN
PIP5K
C
PF02493 MORN 18-39 aa PF02493 MORN 41-60 aa PF02493 MORN 64-86 aa PF02493 MORN 87-108 aa PF02493 MORN 110-130 aa PF02493 MORN 133-154 aa PF02493 MORN 156-177 aa PF02493 MORN 179-199 aa PF01504 PIP5K 421-754 aa
XP_057808300.1
755 aa
N
1
378
755
MORN
MORN
MORN
MORN
MORN
MORN
MORN
MORN
PIP5K
C
PF02493 MORN 18-39 aa PF02493 MORN 41-60 aa PF02493 MORN 64-86 aa PF02493 MORN 87-108 aa PF02493 MORN 110-130 aa PF02493 MORN 133-154 aa PF02493 MORN 156-177 aa PF02493 MORN 179-199 aa PF01504 PIP5K 421-750 aa
XP_057808301.1
664 aa
N
1
332
664
MORN
MORN
MORN
MORN
MORN
MORN
MORN
MORN
PIP5K
C
PF02493 MORN 18-39 aa PF02493 MORN 41-60 aa PF02493 MORN 64-86 aa PF02493 MORN 87-108 aa PF02493 MORN 110-130 aa PF02493 MORN 133-154 aa PF02493 MORN 156-177 aa PF02493 MORN 179-199 aa PF01504 PIP5K 421-605 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057808299.1 Pfam PF02493 MORN Repeat 18 39 3.3e-33 112.2 MORN repeat
XP_057808299.1 Pfam PF02493 MORN Repeat 41 60 3.3e-33 112.2 MORN repeat
XP_057808299.1 Pfam PF02493 MORN Repeat 64 86 3.3e-33 112.2 MORN repeat
XP_057808299.1 Pfam PF02493 MORN Repeat 87 108 3.3e-33 112.2 MORN repeat
XP_057808299.1 Pfam PF02493 MORN Repeat 110 130 3.3e-33 112.2 MORN repeat
XP_057808299.1 Pfam PF02493 MORN Repeat 133 154 3.3e-33 112.2 MORN repeat
XP_057808299.1 Pfam PF02493 MORN Repeat 156 177 3.3e-33 112.2 MORN repeat
XP_057808299.1 Pfam PF02493 MORN Repeat 179 199 3.3e-33 112.2 MORN repeat
XP_057808299.1 Pfam PF01504 PIP5K Family 421 754 2.9e-96 322.8 Phosphatidylinositol-4-phosphate 5-Kinase
XP_057808300.1 Pfam PF02493 MORN Repeat 18 39 3.2e-33 112.3 MORN repeat
XP_057808300.1 Pfam PF02493 MORN Repeat 41 60 3.2e-33 112.3 MORN repeat
XP_057808300.1 Pfam PF02493 MORN Repeat 64 86 3.2e-33 112.3 MORN repeat
XP_057808300.1 Pfam PF02493 MORN Repeat 87 108 3.2e-33 112.3 MORN repeat
XP_057808300.1 Pfam PF02493 MORN Repeat 110 130 3.2e-33 112.3 MORN repeat
XP_057808300.1 Pfam PF02493 MORN Repeat 133 154 3.2e-33 112.3 MORN repeat
XP_057808300.1 Pfam PF02493 MORN Repeat 156 177 3.2e-33 112.3 MORN repeat
XP_057808300.1 Pfam PF02493 MORN Repeat 179 199 3.2e-33 112.3 MORN repeat
XP_057808300.1 Pfam PF01504 PIP5K Family 421 750 6.2e-96 321.7 Phosphatidylinositol-4-phosphate 5-Kinase
XP_057808301.1 Pfam PF02493 MORN Repeat 18 39 9.3e-34 114.0 MORN repeat
XP_057808301.1 Pfam PF02493 MORN Repeat 41 60 9.3e-34 114.0 MORN repeat
XP_057808301.1 Pfam PF02493 MORN Repeat 64 86 9.3e-34 114.0 MORN repeat
XP_057808301.1 Pfam PF02493 MORN Repeat 87 108 9.3e-34 114.0 MORN repeat
XP_057808301.1 Pfam PF02493 MORN Repeat 110 130 9.3e-34 114.0 MORN repeat
XP_057808301.1 Pfam PF02493 MORN Repeat 133 154 9.3e-34 114.0 MORN repeat
XP_057808301.1 Pfam PF02493 MORN Repeat 156 177 9.3e-34 114.0 MORN repeat
XP_057808301.1 Pfam PF02493 MORN Repeat 179 199 9.3e-34 114.0 MORN repeat
XP_057808301.1 Pfam PF01504 PIP5K Family 421 605 3.1e-71 240.7 Phosphatidylinositol-4-phosphate 5-Kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057952318.1
TGTCGTGGAAAGCAGATGTTTTTTACCCTCCAATCTTATTAAACTACAAAGAAGACGCAAGATTCTTTGAGTGTGTTTGTCCTTTGCCTCTTTTGCCTTTTTCTCTTTGTTTCTTTTCCTTTCCCAACCAATTCCACCACTACAATTCCATACAATTCATGGTTTAGTTCTAAAAAGAAATCAATACGACAAGGTTCAAAATCCAAAGAATACATGCCATTTCATGTCAGGATAAACCGTAGGAAAAACCATAACATCAC...
XM_057952316.1
CAGATGTTTTTTACCCTCCAATCTTATTAAACTACAAAGAAGACGCAAGATTCTTTGAGTGTGTTTGTCCTTTGCCTCTTTTGCCTTTTTCTCTTTGTTTCTTTTCCTTTCCCAACCAATTCCACCACTACAATTCCATACAATTCATGGTTTAGTTCTAAAAAGAAATCAATACGACAAGGTTCAAAATCCAAAGAATACATGCCATTTCATGTCAGGATAAACCGTAGGAAAAACCATAACATCACTGCAGAAAGTTA...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC131022792
ATGGAAAATGAGGAGAGGGGCTCTGAAAAGATATTTTCGAACGGAGATGTGTATCGTGGTGGTTTTAAGGGAACGATTCCCCATGGGAAAGGTAAGTATACATGGTTAGATGGAAGCATTTATGAAGGTGAGTGGGAAGAAGGAAAGATGGCAGGGAAAGGGAAGATCCGTTGGTCCTCAGAGGCTATGTATGAGGGTGATTTTTGTGGAGGTTATCTTGATGGTTTCGGAACTTTTATTGGTTCCGATGGTTCCATGTA...
LOC131022792
ATGGAAAATGAGGAGAGGGGCTCTGAAAAGATATTTTCGAACGGAGATGTGTATCGTGGTGGTTTTAAGGGAACGATTCCCCATGGGAAAGGTAAGTATACATGGTTAGATGGAAGCATTTATGAAGGTGAGTGGGAAGAAGGAAAGATGGCAGGGAAAGGGAAGATCCGTTGGTCCTCAGAGGCTATGTATGAGGGTGATTTTTGTGGAGGTTATCTTGATGGTTTCGGAACTTTTATTGGTTCCGATGGTTCCATGTA...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057808299.1
MENEERGSEKIFSNGDVYRGGFKGTIPHGKGKYTWLDGSIYEGEWEEGKMAGKGKIRWSSEAMYEGDFCGGYLDGFGTFIGSDGSMYRGCWKMNSQHGIGRKQYSNSDIYDGCWREGVREGSGRYAWSNDNIYIGNWKNGRMCGRGLMKWFNGDLFDGFWLNGLRDGSGCYRFSDGSYYFGTWSKGLKDGSGTFYPAGNKHLSKLNLESHKDKRLSQLSSDHLDESMIPSVKPSLSDKISSSFRRGSGRFSHKATLITTD...
XP_057808300.1
MENEERGSEKIFSNGDVYRGGFKGTIPHGKGKYTWLDGSIYEGEWEEGKMAGKGKIRWSSEAMYEGDFCGGYLDGFGTFIGSDGSMYRGCWKMNSQHGIGRKQYSNSDIYDGCWREGVREGSGRYAWSNDNIYIGNWKNGRMCGRGLMKWFNGDLFDGFWLNGLRDGSGCYRFSDGSYYFGTWSKGLKDGSGTFYPAGNKHLSKLNLESHKDKRLSQLSSDHLDESMIPSVKPSLSDKISSSFRRGSGRFSHKATLITTD...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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