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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G001278

染色体: Chr04 坐标: 20363576-20369021 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G001278
名称SmilChr04G001278
描述uncharacterized protein At1g10890
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向20363576 - 20369021 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131020092
GeneID131020092
locus_tag-
NCBI NameLOC131020092
原始查询SmilChr04G001278

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述arginine/glutamate-rich 1 protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837632]; symbol=AT1G10890; hit=AT1G10890; species=arabidopsis; confidence=high
产物arginine/glutamate-rich 1 protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837632]; symbol=AT1G10890; hit=AT1G10890; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT1G10890 (AT1G10890)
arginine/glutamate-rich 1 protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837632]
identity=66.7; qcov=0.963; evalue=2.91e-53; confidence=high
RiceOs11g0544200
-
identity=62.2; qcov=0.609; evalue=2.1e-39; confidence=medium
GOGO:0005654 (nucleoplasm); GO:0005739 (mitochondrion); GO:0045296 (cadherin binding)
KEGG-
PfamPF15346 (ARGLU)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131020092

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057804730.1
2 Nucleoplasm 核质 1.00000 XP_057804730.1
3 Nuclear speckle 核斑点 0.80000 XP_057804730.1
4 Nuclear body 核内小体 0.40000 XP_057804730.1
5 Cytoskeleton 细胞骨架 0.20000 XP_057804734.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:20363887 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B59,B67,C21
Chr4:20363891 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B132
Chr4:20363940 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B99
Chr4:20363950 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B131,B58
Chr4:20363951 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C82
Chr4:20363952 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 C18,C2,C35,C46
Chr4:20363985 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B51,C52,C72
Chr4:20363999 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B44
Chr4:20364614 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B53
Chr4:20364808 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A4,A5,B7,C34,C77
Chr4:20367280 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B35
Chr4:20368604 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B53

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057804730.1
274 aa
N
1
137
274
ARGLU
C
PF15346 ARGLU 116-271 aa
XP_057804731.1
274 aa
N
1
137
274
ARGLU
C
PF15346 ARGLU 116-271 aa
XP_057804733.1
274 aa
N
1
137
274
ARGLU
C
PF15346 ARGLU 116-271 aa
XP_057804734.1
243 aa
N
1
122
243
ARGLU
C
PF15346 ARGLU 85-240 aa
XP_057804735.1
243 aa
N
1
122
243
ARGLU
C
PF15346 ARGLU 85-240 aa
XP_057804736.1
243 aa
N
1
122
243
ARGLU
C
PF15346 ARGLU 85-240 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057804730.1 Pfam PF15346 ARGLU Coiled-coil 116 271 2.5e-40 138.5 Arginine and glutamate-rich 1
XP_057804731.1 Pfam PF15346 ARGLU Coiled-coil 116 271 2.5e-40 138.5 Arginine and glutamate-rich 1
XP_057804733.1 Pfam PF15346 ARGLU Coiled-coil 116 271 2.5e-40 138.5 Arginine and glutamate-rich 1
XP_057804734.1 Pfam PF15346 ARGLU Coiled-coil 85 240 1.7e-40 139.1 Arginine and glutamate-rich 1
XP_057804735.1 Pfam PF15346 ARGLU Coiled-coil 85 240 1.7e-40 139.1 Arginine and glutamate-rich 1
XP_057804736.1 Pfam PF15346 ARGLU Coiled-coil 85 240 1.7e-40 139.1 Arginine and glutamate-rich 1

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

6 records

下载 cDNA FASTA
XM_057948748.1
AAGTTGACTTAACTAGAAAATTATAATACGACGGTAATTTCGTGTTGGGCACAATTTTTCGTTCAATCTTCTCCTATTTCCGTGAGCTTAGGGTTTACTTTTTCGTCCCTCCCGTTACGCTGATTGTATGAACAAAACACCAATCTCTGAAAGGCTCAATTTCTTCGAAAAGTGAAGATGGGCAGAGAGCGGCAACTGTCTCGGTCGCCGTCGCACCGTAGAAGGTACTCGCCGTCGCCTTCTGAGGTGAGGTATGGACG...
XM_057948747.1
GTTGACTTAACTAGAAAATTATAATACGACGGTAATTTCGTGTTGGGCACAATTTTTCGTTCAATCTTCTCCTATTTCCGTGAGCTTAGGGTTTACTTTTTCGTCCCTCCCGTTACGCTGATTGTATGAACAAAACACCAATCTCAGCTGAAAGGCTCAATTTCTTCGAAAAGTGAAGATGGGCAGAGAGCGGCAACTGTCTCGGTCGCCGTCGCACCGTAGAAGGTACTCGCCGTCGCCTTCTGAGGTGAGGTATGGAC...

CDS

6 records

下载 CDS FASTA
LOC131020092
ATGGGCAGAGAGCGGCAACTGTCTCGGTCGCCGTCGCACCGTAGAAGGTACTCGCCGTCGCCTTCTGAGGTGAGGTATGGACGCCGGAGCCGGAGAGAGAGAAGCAGATCTCCTTATTCCTATAGCAGAAGACAAAGGCGCTCATTATCCTCTCGACACAGAAGTCGCTCTCCCACTCCAAGACGTCGTAAAAGCCGCTCACCTACACCAAAGCAGAATAAAAGACAAAGAAAAAGGAGCACTTCTTCATCCCCTTTAAG...
LOC131020092
ATGGGCAGAGAGCGGCAACTGTCTCGGTCGCCGTCGCACCGTAGAAGGTACTCGCCGTCGCCTTCTGAGGTGAGGTATGGACGCCGGAGCCGGAGAGAGAGAAGCAGATCTCCTTATTCCTATAGCAGAAGACAAAGGCGCTCATTATCCTCTCGACACAGAAGTCGCTCTCCCACTCCAAGACGTCGTAAAAGCCGCTCACCTACACCAAAGCAGAATAAAAGACAAAGAAAAAGGAGCACTTCTTCATCCCCTTTAAG...

Protein

6 records

下载 Protein FASTA
XP_057804730.1
MGRERQLSRSPSHRRRYSPSPSEVRYGRRSRRERSRSPYSYSRRQRRSLSSRHRSRSPTPRRRKSRSPTPKQNKRQRKRSTSSSPLSESPLIGTKEMKDATEKLKTEEEDKKRRQQELELKLIEEETAKRVAEEIRKKVEESLNSEEINLEIARRLEEGRKKLVSEVAAQLEKEKEAAVIEARKREEQAQREKEELERMLEENRRKVEEAQRREALEQQRREEERYRELEELQRQKEVALRKKKQQEEEERANQMKLLGK...
XP_057804731.1
MGRERQLSRSPSHRRRYSPSPSEVRYGRRSRRERSRSPYSYSRRQRRSLSSRHRSRSPTPRRRKSRSPTPKQNKRQRKRSTSSSPLSESPLIGTKEMKDATEKLKTEEEDKKRRQQELELKLIEEETAKRVAEEIRKKVEESLNSEEINLEIARRLEEGRKKLVSEVAAQLEKEKEAAVIEARKREEQAQREKEELERMLEENRRKVEEAQRREALEQQRREEERYRELEELQRQKEVALRKKKQQEEEERANQMKLLGK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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