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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G001289

染色体: Chr04 坐标: 20566476-20567639 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G001289
名称SmilChr04G001289
描述uncharacterized SmilChr04G001289
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向20566476 - 20567639 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131023127
GeneID131023127
locus_tag-
NCBI NameLOC131023127
原始查询SmilChr04G001289

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131023127

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057808653.1
2 Nucleus 细胞核 0.60000 XP_057808653.1
3 Cytoplasmic granule 细胞质颗粒 0.20000 XP_057808653.1
4 Cytoplasmic ribonucleoprotein granule Cytoplasmic ribonucleoprotein granule 0.20000 XP_057808653.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057808653.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:20566482 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B43,B75,C33
Chr4:20566496 CG C 1bp_deletion frameshift_variant 13 A22,B103,B3,B30,B39,B64,B91,C1,C27,C30,C42,C5,C6
Chr4:20566593 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 34 A10,A14,A8,B10,B104,B11,B117,B124,B131,B132,B136,B38,B48,B62,B69,B7,B83,B87,B9,B94,B96,B98,C11,C17,C20,C29,C3,C43,C46,C50,C60,C68,C74,C83
Chr4:20566599 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C69
Chr4:20566605 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B115,B53,C42
Chr4:20566607 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B104,B83
Chr4:20566635 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 4 B26,B67,C21,D11
Chr4:20566635 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B26,B67,C21,D11
Chr4:20566641 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 5 B109,B73,C16,C62,D3
Chr4:20566641 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B109,B73,C16,C62,D3
Chr4:20566659 GAC G 2bp_deletion frameshift_variant 1 B108
Chr4:20566659 GAC G 2bp_deletion CDS_variant 1 B108

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057952670.1
ATGAATGGGATGAGACTAAACGAGAAGCTATTGGTCAATGCAGCGTGTGGAGGATTGATACTCAACAAGTTGCCTAGTGAAGCTTTCAAGCTTTTTGCAGAGATGGCGGAGGAATTCCGAGAAGATGGAGCGGTTGTGCCCAAAAACACAACTGTGCGCCAGAACCAGAATAACTCAAAGGTGGACAAGTTATGTAATGCAGTGAAACAAATGGTGGAAATGATGAAGCCCACAATCAAGAAGCCTGTCAAGGCCTGTCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131023127
ATGAATGGGATGAGACTAAACGAGAAGCTATTGGTCAATGCAGCGTGTGGAGGATTGATACTCAACAAGTTGCCTAGTGAAGCTTTCAAGCTTTTTGCAGAGATGGCGGAGGAATTCCGAGAAGATGGAGCGGTTGTGCCCAAAAACACAACTGTGCGCCAGAACCAGAATAACTCAAAGGTGGACAAGTTATGTAATGCAGTGAAACAAATGGTGGAAATGATGAAGCCCACAATCAAGAAGCCTGTCAAGGCCTGTCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057808653.1
MNGMRLNEKLLVNAACGGLILNKLPSEAFKLFAEMAEEFREDGAVVPKNTTVRQNQNNSKVDKLCNAVKQMVEMMKPTIKKPVKACQLCTDPNHMTDQCPTLFEEEQVNAFRHNNNNRGNYGQKQRYDQNGQGYHQPWRNHENLRYGGNHYIAPNQPQNQPPVQQQNQGKAPTMEAIFKCMRETQKSVAKIQQDNEKFKLEPRGAIHNLNTQMAHMQQNFAQMNASKNNEELSPQIVVPNNKAQVNAVNLRSGKTLPEVV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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