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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G001291

染色体: Chr04 坐标: 20574153-20576371 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G001291
名称SmilChr04G001291
描述KH domain-containing protein HEN4-like
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向20574153 - 20576371 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131022797
GeneID131022797
locus_tag-
NCBI NameLOC131022797
原始查询SmilChr04G001291

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述KH domain-containing protein HEN4-like
产物KH domain-containing protein HEN4-like
ArabidopsisAT5G64390 (HEN4)
RNA-binding KH domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836560]
identity=41.9; qcov=0.959; evalue=5.49e-20; confidence=low
RiceOs09g0498600
-
identity=44.1; qcov=0.959; evalue=7.63e-22; confidence=medium
GOGO:0003723 (RNA binding)
KEGG-
PfamPF00013 (KH_1)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131022797

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057808305.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057808305.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057808305.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057808305.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057808305.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

该基因暂未检索到已上线的精选 EMS CDS / LoF 突变,或 EMS 突变库仍在构建。

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057808305.1
104 aa
N
1
52
104
KH_1
C
PF00013 KH_1 42-89 aa
XP_057808306.1
97 aa
N
1
48
97
KH_1
C
PF00013 KH_1 42-91 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057808305.1 Pfam PF00013 KH_1 Domain 42 89 8.8e-09 35.7 KH domain
XP_057808306.1 Pfam PF00013 KH_1 Domain 42 91 6.1e-09 36.2 KH domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XR_009101422.1
CACGACGCCGTTTTCACCGCGGTCTCCTGAATTTTTCTTTAAATTTACTGCATTGCCTTTGAATTAGGAAAATATTTGCTAATTGTTGGCACACTCGGTTGTGTTTATGCGCCTCAGGTGATGATTGAGACAAAGTATTTTAGATGAATTATCATTTGTTTGGCAAGTTCTCTTTTCTTTTTTAATTATTATTTTTTAATTTGAATTTGCAAGGTTATTGCTTGTTACTGTTTCTGTAATTATGTTAGTGTGCTTATTTT...
XR_009101423.1
CACGACGCCGTTTTCACCGCGGTCTCCTGAATTTTTCTTTAAATTTACTGCATTGCCTTTGAATTAGGAAAATATTTGCTAATTGTTGGCACACTCGGTTGTGTTTATGCGCCTCAGGTGATGATTGAGACAAAGTATTTTAGATGAATTATCATTTGTTTGGCAAGTTCTCTTTTCTTTTTTAATTATTATTTTTTAATTTGAATTTGCAAGGTTATTGCTTGTTACTGTTTCTGTAATTATGTTAGTGTGCTTATTTT...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131022797
ATGCAGAGTGTAGAATCTAAATACTCCCCTGCACAGAAAGCAACTATTGTTGTGTTTACTAGGTCTACAGAGACTGGTCTTTTGAAGGGATTCCGTTCAGATGCAAAAGAATCACATGTATCAGCTCGAGTTATGTTGGCATCAAACCAAGTTGGTTGTCTATTGGGAAAAGGAGGTGCAATAATTTCAGAGATGAGAAAGATGACTGGTACTAGCCTAAGGATCATTGGGGGCGACCAAGTTCCAAATTGTGCCTCTGA...
LOC131022797
ATGCAGAGTGTAGAATCTAAATACTCCCCTGCACAGAAAGCAACTATTGTTGTGTTTACTAGGTCTACAGAGACTGGTCTTTTGAAGGGATTCCGTTCAGATGCAAAAGAATCACATGTATCAGCTCGAGTTATGTTGGCATCAAACCAAGTTGGTTGTCTATTGGGAAAAGGAGGTGCAATAATTTCAGAGATGAGAAAGATGACTGGTACTAGCCTAAGGATCATTGGGGGCGACCAAGTTCCAAATTGTGCCTCTGA...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057808305.1
MQSVESKYSPAQKATIVVFTRSTETGLLKGFRSDAKESHVSARVMLASNQVGCLLGKGGAIISEMRKMTGTSLRIIGGDQVPNCASENEEVLQGIISHILYSTI
XP_057808306.1
MQSVESKYSPAQKATIVVFTRSTETGLLKGFRSDAKESHVSARVMLASNQVGCLLGKGGAIISEMRKMTGTSLRIIGGDQVPNCASENEEVLQMKPA

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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