当前解析结果
SmilChr04G001295| 统一新 Gene ID | SmilChr04G001295 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr04G001295 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr04G001295 |
| 染色体 / SeqID | Chr04 / NC_080390.1 |
| 坐标与链方向 | 20607146 - 20608150 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131023129 |
|---|---|
| GeneID | 131023129 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131023129 |
| 原始查询 | SmilChr04G001295 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | confidence=no_hit |
| 产物 | confidence=no_hit |
| Arabidopsis | -- |
| Rice | -- |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF01107 (MP) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131023129 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 0.60000 | XP_057808656.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.60000 | XP_057808656.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.40000 | XP_057808656.1 |
| 4 | Cytoplasmic vesicle | 细胞质囊泡 | 0.40000 | XP_057808656.1 |
| 5 | Spindle pole | Spindle pole | 0.20000 | XP_057808656.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr4:20607168 |
TAC |
T |
2bp_deletion | frameshift_variant | 38 | A10,A23,A25,A6,A9,B105,B107,B126,B130,B131,B133,B25,B28,B3,B35,B36,B37,B51,B57,B69,B75,B84,B86,B88,B94,B98,B99,C1,C26,C3,C30,C43,C51,C52,C53,C77,C87,D1 |
Chr4:20607171 |
T |
TTA |
2bp_insertion | frameshift_variant | 38 | A10,A23,A25,A6,A9,B105,B107,B126,B130,B131,B133,B25,B28,B3,B35,B36,B37,B51,B57,B69,B75,B84,B86,B88,B94,B98,B99,C1,C26,C3,C30,C43,C51,C52,C53,C77,C87,D1 |
Chr4:20607207 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B126,B25,B69,B95 |
Chr4:20607212 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 6 | B21,B42,B43,B76,B95,C39 |
Chr4:20607271 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B113,B117 |
Chr4:20607280 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A6,C26,C52,C53 |
Chr4:20607289 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
Chr4:20607342 |
T |
TC |
1bp_insertion | frameshift_variant | 3 | B115,B53,C42 |
Chr4:20607342 |
T |
TC |
1bp_insertion | CDS_variant | 3 | B115,B53,C42 |
Chr4:20607363 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B105,B37,B44,C9 |
Chr4:20607380 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 101 | A1,A11,A15,A19,A2,A20,A24,A3,A5,A6,A7,B100,B101,B102,B103,B106,B107,B109,B111,B114,B119,B12,B121,B122,B123,B127,B13,B130,B132,B133,B134,B135,B137,B138,B139,B15,B16,B17,B19,B24,B26,B29,B3,B30,B32,B33,B38,B39,B44,B45,B48,B50,B52,B56,B57,B6,B61,B64,B68,B69,B73,B76,B86,B88,B9,B94,B96,C1,C12,C14,C15,C22,C24,C25,C33,C34,C37,C38,C4,C40,C41,C47,C49,C51,C54,C55,C56,C57,C60,C63,C64,C66,C67,C70,C74,C77,C79,C82,C86,D1,D2 |
Chr4:20607445 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B65 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057808656.1PF01107
MP 83-244 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057808656.1 |
Pfam | PF01107 |
MP | Family | 83 | 244 | 1.9e-26 | 93.6 | Viral movement protein (MP) |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。