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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G001295

染色体: Chr04 坐标: 20607146-20608150 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G001295
名称SmilChr04G001295
描述uncharacterized SmilChr04G001295
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向20607146 - 20608150 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131023129
GeneID131023129
locus_tag-
NCBI NameLOC131023129
原始查询SmilChr04G001295

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
PfamPF01107 (MP)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131023129

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 0.60000 XP_057808656.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057808656.1
3 Chromosome 染色体 0.40000 XP_057808656.1
4 Cytoplasmic vesicle 细胞质囊泡 0.40000 XP_057808656.1
5 Spindle pole Spindle pole 0.20000 XP_057808656.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:20607168 TAC T 2bp_deletion frameshift_variant 38 A10,A23,A25,A6,A9,B105,B107,B126,B130,B131,B133,B25,B28,B3,B35,B36,B37,B51,B57,B69,B75,B84,B86,B88,B94,B98,B99,C1,C26,C3,C30,C43,C51,C52,C53,C77,C87,D1
Chr4:20607171 T TTA 2bp_insertion frameshift_variant 38 A10,A23,A25,A6,A9,B105,B107,B126,B130,B131,B133,B25,B28,B3,B35,B36,B37,B51,B57,B69,B75,B84,B86,B88,B94,B98,B99,C1,C26,C3,C30,C43,C51,C52,C53,C77,C87,D1
Chr4:20607207 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B126,B25,B69,B95
Chr4:20607212 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 6 B21,B42,B43,B76,B95,C39
Chr4:20607271 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B113,B117
Chr4:20607280 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A6,C26,C52,C53
Chr4:20607289 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr4:20607342 T TC 1bp_insertion frameshift_variant 3 B115,B53,C42
Chr4:20607342 T TC 1bp_insertion CDS_variant 3 B115,B53,C42
Chr4:20607363 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B105,B37,B44,C9
Chr4:20607380 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 101 A1,A11,A15,A19,A2,A20,A24,A3,A5,A6,A7,B100,B101,B102,B103,B106,B107,B109,B111,B114,B119,B12,B121,B122,B123,B127,B13,B130,B132,B133,B134,B135,B137,B138,B139,B15,B16,B17,B19,B24,B26,B29,B3,B30,B32,B33,B38,B39,B44,B45,B48,B50,B52,B56,B57,B6,B61,B64,B68,B69,B73,B76,B86,B88,B9,B94,B96,C1,C12,C14,C15,C22,C24,C25,C33,C34,C37,C38,C4,C40,C41,C47,C49,C51,C54,C55,C56,C57,C60,C63,C64,C66,C67,C70,C74,C77,C79,C82,C86,D1,D2
Chr4:20607445 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B65

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057808656.1
334 aa
N
1
167
334
MP
C
PF01107 MP 83-244 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057808656.1 Pfam PF01107 MP Family 83 244 1.9e-26 93.6 Viral movement protein (MP)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057952673.1
ATGAACAAGAAGAAGTCTTTAGTACTGAAGATTCGGACATGTCTGATGGATCAACCAGAGACGAGTCAGACTAAGGAAGACGAGGTTATTATCCACTTTCAGAAGGAGGATCATGATGAATATACCAGCCATTCCCTGATTCCGCAACAGAAAATGGTGGATAAAATCAAGAATAAAACCCTAAATATACAAACGTTCCAAGGGTTTTTAAAACGGCGACTGGATCAAGTTATACAAAGCTTGAGTCCATTCAAAAGGAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131023129
ATGAACAAGAAGAAGTCTTTAGTACTGAAGATTCGGACATGTCTGATGGATCAACCAGAGACGAGTCAGACTAAGGAAGACGAGGTTATTATCCACTTTCAGAAGGAGGATCATGATGAATATACCAGCCATTCCCTGATTCCGCAACAGAAAATGGTGGATAAAATCAAGAATAAAACCCTAAATATACAAACGTTCCAAGGGTTTTTAAAACGGCGACTGGATCAAGTTATACAAAGCTTGAGTCCATTCAAAAGGAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057808656.1
MNKKKSLVLKIRTCLMDQPETSQTKEDEVIIHFQKEDHDEYTSHSLIPQQKMVDKIKNKTLNIQTFQGFLKRRLDQVIQSLSPFKRKHHVYFGTTSREISLSIELTNNQVEIQLIPTEDVRRDLLKMKPEVASALKWIHIGAIQLVIKSSLLPGTNTPIDIAICDKRITNSRDAVLGVFSGNLYAKQIITELYPQIAYNIQDSSFSRALTLYQDYKRKDLLMGGNKPYSITYQVSYALSNSHHTNLFLGNNFIKIPEIFK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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