Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G001305

染色体: Chr04 坐标: 20765037-20766276 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G001305
名称SmilChr04G001305
描述uncharacterized SmilChr04G001305
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向20765037 - 20766276 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131023131
GeneID131023131
locus_tag-
NCBI NameLOC131023131
原始查询SmilChr04G001305

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131023131

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057808658.1
2 Chromosome 染色体 0.20000 XP_057808658.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057808658.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057808658.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057808658.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:20765040 C CA 1bp_insertion frameshift_variant 1 B31
Chr4:20765040 C CA 1bp_insertion CDS_variant 1 B31
Chr4:20765060 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B48
Chr4:20765066 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B92,C33
Chr4:20765072 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 1 C12
Chr4:20765072 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C12
Chr4:20765087 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B101,B68
Chr4:20765089 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C46,C76
Chr4:20765094 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B88
Chr4:20765101 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B50,B69,C42,D2
Chr4:20765103 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B9
Chr4:20765108 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 5 B139,B47,B58,C13,C56

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057952675.1
GGCAGCCCGAGGATGAGCATGACGTGAGGAAAATGTGGGAGAAAAACGCCCGCAAAAGGTACTCCGACATGATGAGCGACTACAAGAAAGAGCTCAAGGAGTGTACCCGCCAAGGGAGAGAGATGTCTAGACTCGTTTGGATGACTCCCGATTTTTGAACTGGACTCCAGGAATACTGGCAGCGTCCCGAGGTTGAGGCTGTTTCTACACGAGCACGTGCCAACCGGATGTCCGAGCCTGATGGGGAGGGTACAGGGATC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131023131
ATGTCCGAGCCTGATGGGGAGGGTACAGGGATCAGTAGGCACGTGGGCGGGTCTCAGTCGACTCGTATCCTGCAGCAGTATATGAGCTTGGAGCCTGATTTTCCCCAGGATGCACCGAACTATGCCACCTTCCTCCGCCTCCACATGTACGCCGACGGAAGTTATACGTCGGAGAAAGATGCAAGAATTGACGCCGAGGTTCATCGACTGGCCGCTGCCACAGGACGAGAGTCACGGCTAGATGAGGTGTATTTGGAGGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057808658.1
MSEPDGEGTGISRHVGGSQSTRILQQYMSLEPDFPQDAPNYATFLRLHMYADGSYTSEKDARIDAEVHRLAAATGRESRLDEVYLEVVHPDRSRIYGVGSAGQSQASRGSIRSTGTSAMSQQLYETRISTLEERLAAEQAARQEMQDRMAQLEAFM

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器