Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G001308`

染色体: Chr04 坐标: 20871701-20872882 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G001308`
名称	SmilChr04G001308
描述	protein FAR-RED ELONGATED HYPOCOTYL 3-like
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	20871701 - 20872882 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131023133`
GeneID	`131023133`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131023133`
原始查询	`SmilChr04G001308`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	protein FAR-RED ELONGATED HYPOCOTYL 3-like
产物	protein FAR-RED ELONGATED HYPOCOTYL 3-like
Arabidopsis	`AT4G38180` (FRS5) FAR1-related sequence 5 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829974] identity=29; qcov=0.562; evalue=3.12e-22; confidence=low
Rice	`Os04g0354200` - identity=27.3; qcov=0.606; evalue=1.19e-21; confidence=low
GO	GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription); GO:0008270 (zinc ion binding)
KEGG	-
Pfam	PF04434 (SWIM)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131023133

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057808661.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.20000	`XP_057808661.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057808661.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057808661.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057808661.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:20871728`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr4:20871773`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C6
`Chr4:20871805`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B66
`Chr4:20871811`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A5,C54,C60
`Chr4:20871815`	`TG`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	24	A13,A25,A3,B103,B117,B121,B14,B18,B34,B39,B6,B67,B70,B86,B87,C27,C31,C39,C46,C49,C57,C70,C81,D4
`Chr4:20871835`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C17,C81
`Chr4:20871838`	`TG`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	12	A2,A20,A8,B138,B21,B70,B83,C43,C62,C72,C83,C84
`Chr4:20871852`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A11,C54
`Chr4:20871926`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B81,B99,C53
`Chr4:20871949`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B120,B127,B44
`Chr4:20871966`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A11,B44
`Chr4:20872007`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	7	A20,A23,A8,B70,B83,C43,C83

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057808661.1

393 aa

196

393

SWIM

PF04434 SWIM 203-224 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057808661.1`	Pfam	`PF04434`	SWIM	Domain	203	224	0.00017	21.8	SWIM zinc finger

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057952678.1
ATGAAAGTTGTTGAAAAGTTGCCAAGGCATTTAAGGGACAACACTGAGCTGAAGGAAAGGTTCAATAATATAGTGTGGTCGGATCTTGTTGAGCCGCATGAATTCGAGCAGAATTGGCATCGTTTTATGGAGGAGTATGATCTATTTGAGAGTAGGTGGTTCACTGATATGTTTCACAGGCGTGCTAACTGGGTATCTTCATATTTTCGTGATGTCAAGATGAGTGGTCTTTTTAGGACAACATCTATGTCAGAGAGCGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131023133
ATGAAAGTTGTTGAAAAGTTGCCAAGGCATTTAAGGGACAACACTGAGCTGAAGGAAAGGTTCAATAATATAGTGTGGTCGGATCTTGTTGAGCCGCATGAATTCGAGCAGAATTGGCATCGTTTTATGGAGGAGTATGATCTATTTGAGAGTAGGTGGTTCACTGATATGTTTCACAGGCGTGCTAACTGGGTATCTTCATATTTTCGTGATGTCAAGATGAGTGGTCTTTTTAGGACAACATCTATGTCAGAGAGCGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057808661.1
MKVVEKLPRHLRDNTELKERFNNIVWSDLVEPHEFEQNWHRFMEEYDLFESRWFTDMFHRRANWVSSYFRDVKMSGLFRTTSMSESENSFFRRHFNKDANVIQLFMHYESAMDAQCTSYDTITMADETSSFDMCTDLRIEVHASNIYMNKMFKDEIQPEIVAAAVSCLMARMYDEGNLSYYEVDDTVHGVFKVCYSSIDDHFSCSCKLFIRKGWLCKHIFFVMRTRKLNKIPEKYIIARWTKLSQMSQTPHEQNVPEPVV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器