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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G001326

染色体: Chr04 坐标: 21360972-21376449 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G001326
名称SmilChr04G001326
描述separase
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向21360972 - 21376449 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131019378
GeneID131019378
locus_tag-
NCBI NameLOC131019378
原始查询SmilChr04G001326

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述separase
产物separase
ArabidopsisAT4G22970 (ESP)
separase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828396]
identity=37.1; qcov=1.07; evalue=0; confidence=medium
RiceOs02g0770700
-
identity=35.2; qcov=0.539; evalue=3.47e-179; confidence=medium
GOGO:0004197 (cysteine-type endopeptidase activity); GO:0005634 (nucleus); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0005813 (centrosome); GO:0006508 (proteolysis); GO:0051307 (meiotic chromosome separation); GO:0072686 (mitotic spindle)
KEGG-
PfamPF03568 (Separin_C); PF25110 (TPR_ESP1); PF25113 (TPR_ESP1_2nd)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131019378

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 0.80000 XP_057803898.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057803898.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.40000 XP_057803898.1
4 Nucleus membrane 核膜 0.20000 XP_057803898.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057803898.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:21361156 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 1 D5
Chr4:21361156 TC T 1bp_deletion CDS_variant 1 D5
Chr4:21361436 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B132
Chr4:21361570 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr4:21361605 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B119
Chr4:21362005 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D3
Chr4:21363542 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B83,C59
Chr4:21363862 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C27
Chr4:21364301 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B67,C11,C21,C69,D11
Chr4:21364323 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B132
Chr4:21366101 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C6
Chr4:21366108 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057803898.1
2052 aa
N
1
1026
2052
TPR_ESP1
TPR_ESP1_2nd
Separin_C
C
PF25110 TPR_ESP1 5-289 aa PF25113 TPR_ESP1_2nd 301-462 aa PF03568 Separin_C 1730-1980 aa
XP_057803899.1
2051 aa
N
1
1026
2051
TPR_ESP1
TPR_ESP1_2nd
Separin_C
C
PF25110 TPR_ESP1 5-289 aa PF25113 TPR_ESP1_2nd 301-462 aa PF03568 Separin_C 1731-1979 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057803898.1 Pfam PF25110 TPR_ESP1 Repeat 5 289 4.3e-105 351.4 Separase-like, TPR repeats
XP_057803898.1 Pfam PF25113 TPR_ESP1_2nd Repeat 301 462 2.3e-24 87.1 Separase-like, TPR repeats
XP_057803898.1 Pfam PF03568 Separin_C Domain 1730 1980 2.4e-83 281.2 Separin, protease domain
XP_057803899.1 Pfam PF25110 TPR_ESP1 Repeat 5 289 4.3e-105 351.4 Separase-like, TPR repeats
XP_057803899.1 Pfam PF25113 TPR_ESP1_2nd Repeat 301 462 2.3e-24 87.1 Separase-like, TPR repeats
XP_057803899.1 Pfam PF03568 Separin_C Domain 1731 1979 2.3e-83 281.3 Separin, protease domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057947916.1
TCTGTCTGTTTCCCGCCCACGCAAAACATTTCACTCTTCTCTCACACACTTGAGTTGACAATCACACCATCCTTTCTCTCCCCAAACACCACCGCCGCCGACGCCATGGAATCGGACACATCTATCCTCTCCAAACTCCAATCTCCATCGCCAACCGGCATCCACGCCCTCTTCACATCCCATCTCCACCCTTTCACTCCTTTCTTCGCCGCCACCGTCAAAAAGCCGCTCAAATCTTCCAAATCTAAACCCCCAGTTGA...
XM_057947915.1
CTGTCTGTTTCCCGCCCACGCAAAACATTTCACTCTTCTCTCACACACTTGAGTTGACAATCACACCATCCTTTCTCTCCCCAAACACCACCGCCGCCGACGCCATGGAATCGGACACATCTATCCTCTCCAAACTCCAATCTCCATCGCCAACCGGCATCCACGCCCTCTTCACATCCCATCTCCACCCTTTCACTCCTTTCTTCGCCGCCACCGTCAAAAAGCCGCTCAAATCTTCCAAATCTAAACCCCCAGTTGAT...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131019378
ATGGAATCGGACACATCTATCCTCTCCAAACTCCAATCTCCATCGCCAACCGGCATCCACGCCCTCTTCACATCCCATCTCCACCCTTTCACTCCTTTCTTCGCCGCCACCGTCAAAAAGCCGCTCAAATCTTCCAAATCTAAACCCCCAGTTGATCTCCCTGCTATCCGCCCCCTCGCCAAACAGTTCTTATCGTTCATACACAACTCCCTCTCTCTCATCCCCAAGCGTCTCTCCGAGTCTCCTAAAATGCCCCGAAC...
LOC131019378
ATGGAATCGGACACATCTATCCTCTCCAAACTCCAATCTCCATCGCCAACCGGCATCCACGCCCTCTTCACATCCCATCTCCACCCTTTCACTCCTTTCTTCGCCGCCACCGTCAAAAAGCCGCTCAAATCTTCCAAATCTAAACCCCCAGTTGATCTCCCTGCTATCCGCCCCCTCGCCAAACAGTTCTTATCGTTCATACACAACTCCCTCTCTCTCATCCCCAAGCGTCTCTCCGAGTCTCCTAAAATGCCCCGAAC...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057803898.1
MESDTSILSKLQSPSPTGIHALFTSHLHPFTPFFAATVKKPLKSSKSKPPVDLPAIRPLAKQFLSFIHNSLSLIPKRLSESPKMPRTSALELFDSYRLCLDCLQVIAPELSGKPHSVQVQRIRYVHCLEHWDLFKEAEAEGLVVLERLNANAGGGLKGRSGKLKARLVPELSGEGADRELAAIVLEVVVTLVKCASKRKSKVEADYWRVISLVNESEPCFKILDAKDYAKFHHFLETNLHIIAVFLVAEIKSFSVDLIRE...
XP_057803899.1
MESDTSILSKLQSPSPTGIHALFTSHLHPFTPFFAATVKKPLKSSKSKPPVDLPAIRPLAKQFLSFIHNSLSLIPKRLSESPKMPRTSALELFDSYRLCLDCLQVIAPELSGKPHSVQVQRIRYVHCLEHWDLFKEAEAEGLVVLERLNANAGGGLKGRSGKLKARLVPELSGEGADRELAAIVLEVVVTLVKCASKRKSKVEADYWRVISLVNESEPCFKILDAKDYAKFHHFLETNLHIIAVFLVAEIKSFSVDLIRE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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