Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G001327`

染色体: Chr04 坐标: 21405779-21409675 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G001327`
名称	SmilChr04G001327
描述	uncharacterized SmilChr04G001327
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	21405779 - 21409675 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131019379`
GeneID	`131019379`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131019379`
原始查询	`SmilChr04G001327`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	minichromosome maintenance (MCM2/3/5) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834492]; symbol=MCM6; hit=AT5G44635; species=arabidopsis; confidence=low
产物	minichromosome maintenance (MCM2/3/5) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834492]; symbol=MCM6; hit=AT5G44635; species=arabidopsis; confidence=low
Arabidopsis	`AT5G44635` (MCM6) minichromosome maintenance (MCM2/3/5) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834492] identity=50; qcov=0.425; evalue=7.11e-07; confidence=low
Rice	`-` -
GO	GO:0005515 (protein binding); GO:0008237 (metallopeptidase activity)
KEGG	-
Pfam	PF01398 (JAB)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131019379

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Mitochondrion	线粒体	1.00000	`XP_057803903.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057803902.1`
3	Nucleus	细胞核	0.20000	`XP_057803901.1`
4	Peroxisome	过氧化物酶体	0.20000	`XP_057803902.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057803903.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:21407913`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	D11,D2
`Chr4:21407937`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B132
`Chr4:21407940`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A10
`Chr4:21408985`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B12,B137,B55,C2
`Chr4:21409006`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B110,B115,C3,C86
`Chr4:21409026`	`T`	`TG`	1bp_insertion	frameshift_variant	97	A10,A14,A16,A19,A21,A6,A7,A8,B10,B104,B105,B106,B108,B109,B11,B113,B117,B124,B126,B127,B129,B130,B131,B134,B135,B14,B2,B20,B21,B23,B27,B28,B30,B34,B35,B36,B37,B41,B46,B48,B49,B51,B52,B55,B60,B61,B63,B64,B65,B66,B7,B72,B75,B77,B79,B80,B81,B82,B83,B84,B87,B89,B90,B91,B92,B97,B99,C10,C12,C14,C16,C17,C20,C23,C26,C27,C28,C29,C3,C31,C38,C52,C54,C58,C6,C60,C61,C70,C71,C73,C76,C78,C8,C80,C81,C84,D9
`Chr4:21409055`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B1
`Chr4:21409057`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B140
`Chr4:21409058`	`AG`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	32	A11,A9,B102,B111,B112,B114,B12,B28,B33,B4,B40,B55,B60,B62,B65,B71,B77,B98,C2,C20,C23,C42,C5,C52,C57,C62,C72,C85,D10,D11,D3,D8
`Chr4:21409073`	`TG`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B122
`Chr4:21409073`	`TG`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B122
`Chr4:21409074`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C29,D7

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057803901.1

105 aa

105

JAB

PF01398 JAB 62-103 aa

XP_057803902.1

103 aa

103

JAB

PF01398 JAB 62-102 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057803901.1`	Pfam	`PF01398`	JAB	Domain	62	103	4.2e-07	30.5	JAB1/Mov34/MPN/PAD-1 ubiquitin protease
`XP_057803902.1`	Pfam	`PF01398`	JAB	Domain	62	102	5.4e-07	30.2	JAB1/Mov34/MPN/PAD-1 ubiquitin protease

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

18 records

下载 cDNA FASTA

XR_009100236.1
TTCTTCCCTAATATGTTGCTACGCTCATTTCCCGGCGAAACAGCCTCTCTTCCTTCTTGTCAATGTTTCCGTCCTAACCGTCCGCCACCATCTGCAGTTTTCGGCGAAGACAGCGCCTCGACGCTTCTCCCTCATCCATCCCAAATCTCTCTCTGAACACACACGCTCAAGGCATAGGGGCGAGCCCTAATTCTCCTTCTTCGTCTTAATCCGCCGCCGCTTCCTCAAAATCCACCGTCTGATTGTCGCCGTTAGGCTCT...

XR_009100235.1
TTCTTCCCTAATATGTTGCTACGCTCATTTCCCGGCGAAACAGCCTCTCTTCCTTCTTGTCAATGTTTCCGTCCTAACCGTCCGCCACCATCTGCAGTTTTCGGCGAAGACAGCGCCTCGACGCTTCTCCCTCATCCATCCCAAATCTCTCTCTGAACACACACGCTCAAGGCATAGGGGCGAGCCCTAATTCTCCTTCTTCGTCTTAATCCGCCGCCGCTTCCTCAAAATCCACCGTCTGATTGTCGCCGTTAGGCTCT...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA

LOC131019379
ATGGTGACCCGATTTCACGTACGCTCCTTGCTCATCACCAAGTTGCTTCTCTTATCGGCGTTCTCTCACTCCCGCGGCGTCGTTTCCATCTTTGCTCCAGAGGGCCATCTCCGACGAATTCTCCGATTTGAGCCTTACCTGAAAAGCGCCTGCAAGAGATTCATCATGGAGCTGCACCCTACCTTCAAGTACACCGAGGTTATGCAAAAAAATTATGAAGTTCTATTAGCCAAGGAGCATGTTGTCGGTTGGTATAGTAC...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA

XP_057803901.1
MVTRFHVRSLLITKLLLLSAFSHSRGVVSIFAPEGHLRRILRFEPYLKSACKRFIMELHPTFKYTEVMQKNYEVLLAKEHVVGWYSTGPKLKENDLNIHGLFNYT

XP_057803902.1
MVTRFHVRSLLITKLLLLSAFSHSRGVVSIFAPEGHLRRILRFEPYLKSACKRFIMELHPTFKYTEVMQKNYEVLLAKEHVVGWYSTGPKLKENDLNIHGLFN

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器