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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G001334`

染色体: Chr04 坐标: 21566754-21567596 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G001334`
名称	SmilChr04G001334
描述	metalloendoproteinase 5-MMP-like
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	21566754 - 21567596 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131023140`
GeneID	`131023140`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131023140`
原始查询	`SmilChr04G001334`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	metalloendoproteinase 5-MMP-like
产物	metalloendoproteinase 5-MMP-like
Arabidopsis	`AT1G59970` (AT1G59970) Matrixin family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842291] identity=40.7; qcov=1; evalue=1.06e-65; confidence=medium
Rice	`Os02g0740700` (OsMMP1) - identity=43.2; qcov=1; evalue=2.04e-69; confidence=medium
GO	GO:0004222 (metalloendopeptidase activity); GO:0006508 (proteolysis); GO:0008270 (zinc ion binding); GO:0030198 (extracellular matrix organization); GO:0030574 (collagen catabolic process); GO:0031012 (extracellular matrix)
KEGG	-
Pfam	PF00413 (Peptidase_M10); PF01471 (PG_binding_1)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131023140

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Secreted	分泌到胞外	0.80000	`XP_057808670.1`
2	Vacuole	液泡	0.80000	`XP_057808670.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057808670.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057808670.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057808670.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:21567045`	`AC`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B125
`Chr4:21567045`	`AC`	`A`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B125
`Chr4:21567048`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B128,B44,C16
`Chr4:21567096`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B25
`Chr4:21567188`	`AG`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	4	B130,B135,C52,C58
`Chr4:21567188`	`AG`	`A`	1bp_deletion	CDS_variant	4	B130,B135,C52,C58
`Chr4:21567214`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	1	B35
`Chr4:21567214`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B35
`Chr4:21567485`	`TG`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	12	B10,B126,B127,B133,B2,B23,B37,C16,C17,C27,C3,C36

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057808670.1

280 aa

140

280

PG_binding_1

Peptidase_M10

PF01471 PG_binding_1 40-97 aa PF00413 Peptidase_M10 128-278 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057808670.1`	Pfam	`PF01471`	PG_binding_1	Domain	40	97	7.7e-13	49.1	Putative peptidoglycan binding domain
`XP_057808670.1`	Pfam	`PF00413`	Peptidase_M10	Domain	128	278	8.2e-44	150.0	Matrixin

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057952687.1
ATGGCTCTTAAGCTTCTCAACCTCCTCGTTCTCATACTAATAGTTTCAATTGGCGCAAACTCCTCACCTTTTGATTTCATAAAAAACCTAGAAGGTTGTCGCAAGGGAAACAACACAAAAGACATCTACAAGCTCAAAACCTACCTCAAAAGATTTGGTTACCTCGGACACGAACATCTCTCCGACGACAACGACTTCAATGACAACCTAGAGTTGGCCGTCAAGACCTATCAGAGAAACTACAACATCAAGCCCACCGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131023140
ATGGCTCTTAAGCTTCTCAACCTCCTCGTTCTCATACTAATAGTTTCAATTGGCGCAAACTCCTCACCTTTTGATTTCATAAAAAACCTAGAAGGTTGTCGCAAGGGAAACAACACAAAAGACATCTACAAGCTCAAAACCTACCTCAAAAGATTTGGTTACCTCGGACACGAACATCTCTCCGACGACAACGACTTCAATGACAACCTAGAGTTGGCCGTCAAGACCTATCAGAGAAACTACAACATCAAGCCCACCGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057808670.1
MALKLLNLLVLILIVSIGANSSPFDFIKNLEGCRKGNNTKDIYKLKTYLKRFGYLGHEHLSDDNDFNDNLELAVKTYQRNYNIKPTGIIDADTVARMTAPRCGVPDIINGVNHMQSGSYYAFVLNDKWMPSNRHLTYKFLGNFPDVAKLPAAVAFQRWASVTKFTFSEVNVTQKSDLTLEFFRGDHGDGYPFDGRGGVLAHSFYPTDGRFHFDLDELWFYLLKDKNSFDLLTISLHEIGHLLGLQHSTVETAVMFPTFQG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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