当前解析结果
SmilChr04G001341| 统一新 Gene ID | SmilChr04G001341 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr04G001341 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr04G001341 |
| 染色体 / SeqID | Chr04 / NC_080390.1 |
| 坐标与链方向 | 21668809 - 21671642 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131023143 |
|---|---|
| GeneID | 131023143 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131023143 |
| 原始查询 | SmilChr04G001341 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hit=Os08g0202300; species=rice; confidence=low |
| 产物 | hit=Os08g0202300; species=rice; confidence=low |
| Arabidopsis | -- |
| Rice | Os08g0202300- identity=28.6; qcov=0.369; evalue=1.54e-34; confidence=low |
| GO | GO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0004523 (RNA-DNA hybrid ribonuclease activity); GO:0015074 (DNA integration) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00078 (RVT_1); PF00665 (rve); PF13456 (RVT_3); PF17917 (RT_RNaseH); PF17919 (RT_RNaseH_2); PF17921 (Integrase_H2C2); PF31073 (DUF8803) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131023143 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.80000 | XP_057808674.1 |
| 2 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.80000 | XP_057808674.1 |
| 3 | Peroxisome | 过氧化物酶体 | 0.20000 | XP_057808674.1 |
| 4 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057808674.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057808674.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr4:21668826 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B106,C77,D11 |
Chr4:21668911 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B106,D11 |
Chr4:21668913 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C1 |
Chr4:21669011 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B35,C40 |
Chr4:21669036 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B131,B28,B52 |
Chr4:21669037 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B40 |
Chr4:21669042 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 2 | B28,B52 |
Chr4:21669042 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B28,B52 |
Chr4:21669053 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A21,A25,C1,C29 |
Chr4:21669075 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C1 |
Chr4:21669080 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
Chr4:21669089 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A24,B94 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057808674.1PF00078
RVT_1 3-136 aa
PF17919
RT_RNaseH_2 175-273 aa
PF17917
RT_RNaseH 207-302 aa
PF13456
RVT_3 337-440 aa
PF17921
Integrase_H2C2 531-582 aa
PF00665
rve 597-695 aa
PF31073
DUF8803 820-879 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057808674.1 |
Pfam | PF00078 |
RVT_1 | Domain | 3 | 136 | 4e-24 | 86.3 | Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) |
XP_057808674.1 |
Pfam | PF17919 |
RT_RNaseH_2 | Domain | 175 | 273 | 1e-17 | 64.7 | RNase H-like domain found in reverse transcriptase |
XP_057808674.1 |
Pfam | PF17917 |
RT_RNaseH | Domain | 207 | 302 | 2.4e-11 | 44.4 | RNase H-like domain found in reverse transcriptase |
XP_057808674.1 |
Pfam | PF13456 |
RVT_3 | Domain | 337 | 440 | 1.6e-08 | 35.2 | Reverse transcriptase-like |
XP_057808674.1 |
Pfam | PF17921 |
Integrase_H2C2 | Domain | 531 | 582 | 4e-10 | 40.4 | Integrase zinc binding domain |
XP_057808674.1 |
Pfam | PF00665 |
rve | Domain | 597 | 695 | 1.1e-16 | 61.6 | Integrase core domain |
XP_057808674.1 |
Pfam | PF31073 |
DUF8803 | Domain | 820 | 879 | 1.8e-23 | 82.9 | Domain of unknown function (DUF8803) |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。