当前解析结果
SmilChr04G001346| 统一新 Gene ID | SmilChr04G001346 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr04G001346 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr04G001346 |
| 染色体 / SeqID | Chr04 / NC_080390.1 |
| 坐标与链方向 | 21827212 - 21828324 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131023146 |
|---|---|
| GeneID | 131023146 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131023146 |
| 原始查询 | SmilChr04G001346 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hit=Os06g0523701; species=rice; confidence=low |
| 产物 | hit=Os06g0523701; species=rice; confidence=low |
| Arabidopsis | -- |
| Rice | Os06g0523701- identity=38; qcov=0.325; evalue=8.06e-19; confidence=low |
| GO | GO:0003676 (nucleic acid binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | - |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131023146 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057808677.1 |
| 2 | Telomere | 端粒 | 0.60000 | XP_057808677.1 |
| 3 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.40000 | XP_057808677.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.20000 | XP_057808677.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057808677.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr4:21827230 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B130,B135,C52 |
Chr4:21827254 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C72 |
Chr4:21827259 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 7 | B11,B124,B40,B59,B79,C3,D6 |
Chr4:21827266 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C72 |
Chr4:21827271 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B11,B40,C3 |
Chr4:21827274 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 63 | A10,A11,A14,A15,A16,A23,B10,B104,B105,B108,B109,B117,B126,B128,B129,B135,B136,B138,B23,B27,B3,B4,B45,B48,B49,B51,B54,B60,B61,B63,B64,B69,B72,B73,B75,B80,B83,B85,B87,B9,B91,B94,B97,C14,C20,C29,C3,C35,C38,C40,C43,C49,C5,C52,C70,C71,C72,C78,C8,C81,D4,D6,D9 |
Chr4:21827298 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D10 |
Chr4:21827356 |
GAA |
G |
2bp_deletion | frameshift_variant | 9 | A16,B11,B27,B35,B36,B51,C14,C33,C71 |
Chr4:21827378 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | C23,C85,D10,D11 |
Chr4:21827419 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B124,B59,B79 |
Chr4:21827470 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B30,B81,C59,C6,C84 |
Chr4:21827478 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | C23,C85,D10,D11 |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。