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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G001346

染色体: Chr04 坐标: 21827212-21828324 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G001346
名称SmilChr04G001346
描述uncharacterized SmilChr04G001346
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向21827212 - 21828324 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131023146
GeneID131023146
locus_tag-
NCBI NameLOC131023146
原始查询SmilChr04G001346

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os06g0523701; species=rice; confidence=low
产物hit=Os06g0523701; species=rice; confidence=low
Arabidopsis-
-
RiceOs06g0523701
-
identity=38; qcov=0.325; evalue=8.06e-19; confidence=low
GOGO:0003676 (nucleic acid binding)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131023146

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057808677.1
2 Telomere 端粒 0.60000 XP_057808677.1
3 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057808677.1
4 Chromosome 染色体 0.20000 XP_057808677.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057808677.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:21827230 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B130,B135,C52
Chr4:21827254 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C72
Chr4:21827259 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 7 B11,B124,B40,B59,B79,C3,D6
Chr4:21827266 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C72
Chr4:21827271 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B11,B40,C3
Chr4:21827274 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 63 A10,A11,A14,A15,A16,A23,B10,B104,B105,B108,B109,B117,B126,B128,B129,B135,B136,B138,B23,B27,B3,B4,B45,B48,B49,B51,B54,B60,B61,B63,B64,B69,B72,B73,B75,B80,B83,B85,B87,B9,B91,B94,B97,C14,C20,C29,C3,C35,C38,C40,C43,C49,C5,C52,C70,C71,C72,C78,C8,C81,D4,D6,D9
Chr4:21827298 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr4:21827356 GAA G 2bp_deletion frameshift_variant 9 A16,B11,B27,B35,B36,B51,C14,C33,C71
Chr4:21827378 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 C23,C85,D10,D11
Chr4:21827419 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B124,B59,B79
Chr4:21827470 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B30,B81,C59,C6,C84
Chr4:21827478 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 C23,C85,D10,D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057952694.1
ATGAATGCTATAAATCCTGATCTCACTGCCCCTAATAAGCTACTGAGGTTAAGGTTTTCTCTTGAAGCCTTAGAGTATGATAGGATTGCAAATATTCTGAAATTTAAGTCGATGCATAATGTAGTGCACATAGATGAGAAATGGTTCAACATGACAAAGGCAAATAATCGATATTACCTCACAAAAGAGGAGCCTGAACCTTACAGGTGTTGTAAGAGCAAAAAATTCATCACCGAGGTGATGTTTTTGTGTGCGGTTTG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131023146
ATGAATGCTATAAATCCTGATCTCACTGCCCCTAATAAGCTACTGAGGTTAAGGTTTTCTCTTGAAGCCTTAGAGTATGATAGGATTGCAAATATTCTGAAATTTAAGTCGATGCATAATGTAGTGCACATAGATGAGAAATGGTTCAACATGACAAAGGCAAATAATCGATATTACCTCACAAAAGAGGAGCCTGAACCTTACAGGTGTTGTAAGAGCAAAAAATTCATCACCGAGGTGATGTTTTTGTGTGCGGTTTG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057808677.1
MNAINPDLTAPNKLLRLRFSLEALEYDRIANILKFKSMHNVVHIDEKWFNMTKANNRYYLTKEEPEPYRCCKSKKFITEVMFLCAVCRPLFDENGNVLFDGKIGIFPFTQVIPAQRRSKNMNAVTPETKLIQSITQAVMKDCFINQLIPAIMNKWPQGASKLIFIQQDNAKPHISDSDIEFRQAASQNGFDIRLVQQPPNSPDTNVNDLGWFREIQSIQEESVCTTVDQLVNAVCQNFMDLSPIALNKVFLSLQGCMIET...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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