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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G001365`

染色体: Chr04 坐标: 22167772-22169325 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G001365`
名称	SmilChr04G001365
描述	lysine--tRNA ligase, chloroplastic/mitochondrial-like
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	22167772 - 22169325 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131019411`
GeneID	`131019411`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131019411`
原始查询	`SmilChr04G001365`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	lysine--tRNA ligase, chloroplastic/mitochondrial-like
产物	lysine--tRNA ligase%2C chloroplastic/mitochondrial-like
Arabidopsis	`AT3G13490` (OVA5) Lysyl-tRNA synthetase, class II [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820551] identity=90.5; qcov=1; evalue=2.04e-64; confidence=high
Rice	`Os02g0623500` - identity=89.5; qcov=1; evalue=4.31e-63; confidence=high
GO	GO:0000049 (tRNA binding); GO:0004824 (lysine-tRNA ligase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0005739 (mitochondrion); GO:0005829 (cytosol); GO:0006430 (lysyl-tRNA aminoacylation)
KEGG	-
Pfam	PF00152 (tRNA-synt_2)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131019411

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057803938.1`
2	Cytosol	细胞质基质	1.00000	`XP_057803938.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057803938.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057803938.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057803938.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:22168727`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A14
`Chr4:22168888`	`T`	`TTA`	2bp_insertion	frameshift_variant	1	B132
`Chr4:22168888`	`T`	`TTA`	2bp_insertion	CDS_variant	1	B132
`Chr4:22168907`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B35,C2,C39,C56,D3

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057803938.1

105 aa

105

tRNA-synt_2

PF00152 tRNA-synt_2 3-105 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057803938.1`	Pfam	`PF00152`	tRNA-synt_2	Domain	3	105	7.2e-35	121.3	tRNA synthetases class II (D, K and N)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XR_009100250.1
CCCATGAAAATGCCTTGTAGTTTGTGCTTACTATATTATCCACTGTGTTTGTTCACTCACATATCATGGTAGTTTTGTTTTTCTTAATTATTCTTGTTTTGGTATTCTGACAAAATGTTTTCCTTCATGTCATCTTGTATTTTTTTTCTGCCATTTATGATGTAATTACAAAGTATAGGAATGGTACCACAATAATTTCCCCATATTATTCTTTCTTCTTGTAAAGGTAACTAACTCTAAATACTATTCTTCAGCATGCA...

XM_057947955.1
CCCATGAAAATGCCTTGTAGTTTGTGCTTACTATATTATCCACTGTGTTTGTTCACTCACATATCATGGTAGTTTTGTTTTTCTTAATTATTCTTGTTTTGGTATTCTGACAAAATGTTTTCCTTCATGTCATCTTGTATTTTTTTTCTGCCATTTATGATGTAATTACAAAGTATAGGAATGGTACCACAATAATTTCCCCATATTATTCTTTCTTCTTGTAAAGGTAACTAACTCTAAATACTATTCTTCAGCATGCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131019411
ATGATTGCCAATCCTGAGGTAGCTGATGTATTTAGGAAAAGAGCTAAGATAATATCAGAAATACGGAAGACAGTAGAATCTGCTGGTTTTATTGAAGTTGAAACTCCAGTTCTGCAGGGCGCAGCTGGTGGTGCTGAAGCTAGGCCTTTCATTACATACCATAACTCTCTTGGGCAAGATATGTATCTACGAATCGCAACTGAGCTCCATTTAAAGAGAATGCTGGTTGGTGGATTTGAAAAAGTATATGAAATAGGAAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057803938.1
MIANPEVADVFRKRAKIISEIRKTVESAGFIEVETPVLQGAAGGAEARPFITYHNSLGQDMYLRIATELHLKRMLVGGFEKVYEIGRIFRNEGLSTRHNPEFTTI

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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