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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G001375

染色体: Chr04 坐标: 22330409-22331899 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G001375
名称SmilChr04G001375
描述NAC domain-containing protein 104-like
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向22330409 - 22331899 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131019420
GeneID131019420
locus_tag-
NCBI NameLOC131019420
原始查询SmilChr04G001375

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述NAC domain-containing protein 104-like
产物NAC domain-containing protein 104-like
ArabidopsisAT5G64530 (XND1)
xylem NAC domain 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836574]
identity=65.3; qcov=1; evalue=9.05e-80; confidence=high
RiceOs02g0555300 (ONAC028)
-
identity=53.5; qcov=1.04; evalue=5.78e-70; confidence=high
GOGO:0003677 (DNA binding); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription); GO:0048731 (system development)
KEGG-
PfamPF02365 (NAM)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131019420

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057803947.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057803947.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057803947.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057803947.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057803947.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:22330585 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B104,B41,D4
Chr4:22330588 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D4
Chr4:22331311 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C21
Chr4:22331412 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A1,B25,C18,C50
Chr4:22331471 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 1 B12
Chr4:22331471 TG T 1bp_deletion CDS_variant 1 B12
Chr4:22331606 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B17,C45
Chr4:22331624 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A1,B25,C18,C50
Chr4:22331656 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057803947.1
192 aa
N
1
96
192
NAM
C
PF02365 NAM 9-127 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057803947.1 Pfam PF02365 NAM Family 9 127 3.1e-36 125.2 No apical meristem (NAM) protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057947964.1
AATCTTTGATGGTGGTGCTGGTGATCAAAACAGATACACCTTCCATTTCACGTCAGTTCCAACATTCTCTCTCATCCCCCCTTCTCTCTCTCTCTCACTATAAATATCGTAACACCTCTATATATCATCTCATTAATTCTCGTTCAAATATTTGACATATATACATATAGAAAAGTTACGCAAATGGGAGATAACAACTTGAACATGCCGCCCGGTTTCCGGTTCTACCCGACGGACGAGGAGCTGGTGGTCCATTTCCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131019420
ATGGGAGATAACAACTTGAACATGCCGCCCGGTTTCCGGTTCTACCCGACGGACGAGGAGCTGGTGGTCCATTTCCTCCACCGCAAGGCGGCCCTGCTGCCCTGCCACCCGGATGTCATCCCTGACCTCGACCTTTACCCTTACGATCCATGGGACTTGCACGGTAAAGCAATGTGCGAGGGCAACAAGTGGTACTTCTACAGTAGAAGAACGACACAGAGTAGAGTTGGTGGGAGTGGATACTGGCAGCCAATAGGAGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057803947.1
MGDNNLNMPPGFRFYPTDEELVVHFLHRKAALLPCHPDVIPDLDLYPYDPWDLHGKAMCEGNKWYFYSRRTTQSRVGGSGYWQPIGVEEAIYSGGQRVGMKKCNAFYVGQQPSQGVKTNWIMHEYRLSDSTSSNRSSSRRRSSKIDYSKWVVCRVYERNCDSDDDDGTQLSCLDEVFLSLDDLDEISLPNYS

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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