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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G001377

染色体: Chr04 坐标: 22367109-22368650 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G001377
名称SmilChr04G001377
描述uncharacterized SmilChr04G001377
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向22367109 - 22368650 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131023156
GeneID131023156
locus_tag-
NCBI NameLOC131023156
原始查询SmilChr04G001377

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131023156

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057808683.1
2 Nucleus 细胞核 0.60000 XP_057808683.1
3 Cytoplasmic granule 细胞质颗粒 0.40000 XP_057808683.1
4 Cytoplasmic ribonucleoprotein granule Cytoplasmic ribonucleoprotein granule 0.40000 XP_057808683.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057808683.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:22367127 A ATT 2bp_insertion frameshift_variant 126 A1,A11,A13,A14,A15,A18,A2,A22,A23,A25,A4,A5,A6,A7,A8,B1,B103,B105,B108,B109,B111,B118,B119,B121,B123,B124,B127,B128,B13,B136,B137,B138,B139,B14,B17,B19,B2,B20,B21,B23,B24,B25,B27,B29,B3,B34,B35,B36,B38,B41,B42,B44,B49,B50,B56,B57,B59,B6,B61,B64,B65,B67,B69,B70,B71,B72,B73,B77,B78,B79,B8,B81,B83,B84,B86,B87,B88,B94,C1,C14,C15,C16,C18,C19,C23,C26,C27,C28,C3,C31,C32,C34,C36,C38,C41,C42,C44,C45,C46,C49,C5,C51,C52,C53,C55,C58,C59,C6,C62,C64,C67,C68,C70,C71,C74,C80,C81,C82,C84,C86,D3,D4,D5,D6,D8,D9
Chr4:22367138 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B109,B114,B76,B8,B93
Chr4:22367147 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B102
Chr4:22367174 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 1 B118
Chr4:22367174 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B118
Chr4:22367192 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B49,B71
Chr4:22367241 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A25,B17,C16
Chr4:22367243 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B36
Chr4:22367244 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B102
Chr4:22367246 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B54,B77,C29
Chr4:22367252 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 3 B19,B45,C72
Chr4:22367252 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B19,B45,C72

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057952700.1
ATGCGTCGTACCAGGAGTGCAGGAAACGAAGATCTTTTGTTCAACGCTGAGATCGAGCGACTTGTCCGACTGAACAACGCTAACAGACGTAGGGCAGAACAGGAAGCACAGGCAAGAGAAAGACAGTTAGAAGCGGAGAGAGAGATGGCAGAAAATCCGGAACCACCGAATGACAACACCAACAAAACTCTTCGAGACATGATGTTCCCGAACAACTTGAACCTCCGGCCATCAGCCATAGTACTACCGGAGATCACTGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131023156
ATGCGTCGTACCAGGAGTGCAGGAAACGAAGATCTTTTGTTCAACGCTGAGATCGAGCGACTTGTCCGACTGAACAACGCTAACAGACGTAGGGCAGAACAGGAAGCACAGGCAAGAGAAAGACAGTTAGAAGCGGAGAGAGAGATGGCAGAAAATCCGGAACCACCGAATGACAACACCAACAAAACTCTTCGAGACATGATGTTCCCGAACAACTTGAACCTCCGGCCATCAGCCATAGTACTACCGGAGATCACTGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057808683.1
MRRTRSAGNEDLLFNAEIERLVRLNNANRRRAEQEAQARERQLEAEREMAENPEPPNDNTNKTLRDMMFPNNLNLRPSAIVLPEITGNWELKHTLIQILPKYSDMPGEDPQRHLQDFEMACGTVRTASQALGEYIRLLTFPFSLLEEVREWLYDLPEGSVRTWQELQSKFLEKYFPAARIQNLRTRISNIKMGSGEVLYEYWGRFKQMLAKCPQHQIPDHDLIRYFVGGLRRQDRQWLHAACGGSILNKSAAEAFKLIAD...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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