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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G001382

染色体: Chr04 坐标: 22436912-22437736 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G001382
名称SmilChr04G001382
描述uncharacterized SmilChr04G001382
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向22436912 - 22437736 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131023158
GeneID131023158
locus_tag-
NCBI NameLOC131023158
原始查询SmilChr04G001382

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131023158

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057808686.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.80000 XP_057808686.1
3 Nucleus 细胞核 0.60000 XP_057808686.1
4 Cytoplasmic granule 细胞质颗粒 0.20000 XP_057808686.1
5 Cytoplasmic ribonucleoprotein granule Cytoplasmic ribonucleoprotein granule 0.20000 XP_057808686.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:22436916 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 1 A14
Chr4:22436916 TC T 1bp_deletion CDS_variant 1 A14
Chr4:22436932 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr4:22436950 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B35,C16,C62,D3
Chr4:22436989 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B2,B68
Chr4:22437008 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 47 A18,A21,A23,A24,A9,B101,B106,B107,B112,B119,B126,B132,B135,B26,B31,B42,B43,B53,B57,B60,B71,B88,B9,B93,C11,C13,C27,C32,C40,C42,C43,C45,C47,C53,C54,C55,C61,C68,C69,C7,C74,C77,C86,C87,D10,D11,D8
Chr4:22437041 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 31 A1,A5,B105,B120,B131,B20,B32,B33,B55,B62,B67,B68,B70,B71,B77,B80,B81,B92,B98,C15,C18,C36,C44,C49,C51,C6,C60,C62,C66,C67,D2
Chr4:22437053 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 40 A1,A21,A23,A5,A9,B105,B106,B107,B112,B119,B120,B126,B132,B15,B31,B42,B43,B53,B55,B60,B67,B68,B70,B71,B80,B81,B93,B98,C13,C32,C42,C43,C45,C47,C61,C66,C68,C7,C77,D8
Chr4:22437076 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B114,C2,C22,C52,D3
Chr4:22437080 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B107
Chr4:22437095 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B50
Chr4:22437098 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A5,B98,D10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057952703.1
ATGTTCTACATACCATGCATCATTGGAGATACACGGATCGACCAAGCTATGCTGGACTTGGGCGTGTCGATCAATGTCATGCCTTTGACCATATACCAGGAGCTGAAGATAGGACCACTCAAACCCACCCGAGTGGTGATCCAATTGGCGGACAGGTTAAGTGTGTACCCTGAGGGCATAGTGGAGGACGTTCTTGTTAAGGTCCGGGACCTTATTTTTCCAGCCGACTTCTATGTGCTCAACATGGGAGGTTCCAAGCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131023158
ATGTTCTACATACCATGCATCATTGGAGATACACGGATCGACCAAGCTATGCTGGACTTGGGCGTGTCGATCAATGTCATGCCTTTGACCATATACCAGGAGCTGAAGATAGGACCACTCAAACCCACCCGAGTGGTGATCCAATTGGCGGACAGGTTAAGTGTGTACCCTGAGGGCATAGTGGAGGACGTTCTTGTTAAGGTCCGGGACCTTATTTTTCCAGCCGACTTCTATGTGCTCAACATGGGAGGTTCCAAGCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057808686.1
MFYIPCIIGDTRIDQAMLDLGVSINVMPLTIYQELKIGPLKPTRVVIQLADRLSVYPEGIVEDVLVKVRDLIFPADFYVLNMGGSKPKPAVMRLGRPFLKTAQTQIDCATEKLTCQFDGETVTFNLFKATKHPTDIESVEFVDIMDRVVDHVVPSVYRNGEYDLKNEMEIMEAMIGDLEQGEVEQMQLQDHQPLEVTPLGEDDRLLPSLVRAPKLELKPLPNHLKYIYLGENQTLPCDHKFRAEPRAGGQSPAGHMEVQE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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