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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G001383

染色体: Chr04 坐标: 22484790-22487170 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G001383
名称SmilChr04G001383
描述uncharacterized SmilChr04G001383
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向22484790 - 22487170 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131019424
GeneID131019424
locus_tag-
NCBI NameLOC131019424
原始查询SmilChr04G001383

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131019424

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 0.80000 XP_057803949.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057803949.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057803949.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057803949.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057803949.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:22485192 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 33 A18,A22,A25,B107,B122,B124,B127,B136,B19,B21,B25,B41,B46,B50,B53,B54,B58,B67,B70,B73,B87,C11,C12,C16,C38,C43,C44,C66,C69,C79,D3,D8,D9
Chr4:22485215 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B121,C80
Chr4:22485222 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B111,B83,C32,C51,C56
Chr4:22485226 CA C 1bp_deletion frameshift_variant 15 A11,B125,B132,B16,B28,B36,B40,B65,B78,B9,B91,C16,C19,C25,C84
Chr4:22485230 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B22,C86,D4
Chr4:22485231 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C51
Chr4:22486800 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B29,C87
Chr4:22486805 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B31
Chr4:22486813 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A9,B113,B131,B89
Chr4:22486825 GGA G 2bp_deletion frameshift_variant 18 B102,B127,B134,B139,B14,B15,B23,B50,B54,B55,C16,C20,C5,C69,C75,C78,C85,D10
Chr4:22486826 GA G 1bp_deletion frameshift_variant 18 A16,B106,B125,B2,B29,B41,B53,B56,B77,B85,B91,C10,C41,C49,C8,C87,D10,D2
Chr4:22486849 A AT 1bp_insertion frameshift_variant 1 B31

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057947966.1
GTGTCCAATTGGCACTCATAACCTATGCCTCTTACAGCCACCCTACCCGCCACCCTACTCTCTGTGGCAGCCTCCAATCTCAGACCCCAAAGGTCAAATTTCAGCCATGCTTTTGCAGGCAATCTCATCCTCAATCCTCTGCCACTTCAATTATACAAAAGCCAAGTTTCCTTCTATTATTTCATCCACTTTCTCCTTCTCGTTTCAACACACCCAACAAAGTTTAAAGTGCAGAGCAATCAAGCAGATTCAGATATTTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131019424
ATGCCTCTTACAGCCACCCTACCCGCCACCCTACTCTCTGTGGCAGCCTCCAATCTCAGACCCCAAAGGTCAAATTTCAGCCATGCTTTTGCAGGCAATCTCATCCTCAATCCTCTGCCACTTCAATTATACAAAAGCCAAGTTTCCTTCTATTATTTCATCCACTTTCTCCTTCTCGTTTCAACACACCCAACAAAGTTTAAAGTGCAGAGCAATCAAGCAGATTCAGATATTTCCTCCATTTCAGATTCGAGAAATTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057803949.1
MPLTATLPATLLSVAASNLRPQRSNFSHAFAGNLILNPLPLQLYKSQVSFYYFIHFLLLVSTHPTKFKVQSNQADSDISSISDSRNSQVIKALNVRRISTAIPIQR

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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