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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G001393

染色体: Chr04 坐标: 22661863-22663866 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G001393
名称SmilChr04G001393
描述uncharacterized SmilChr04G001393
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向22661863 - 22663866 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131023161
GeneID131023161
locus_tag-
NCBI NameLOC131023161
原始查询SmilChr04G001393

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131023161

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057808688.1
2 Nucleoplasm 核质 0.80000 XP_057808688.1
3 Nuclear body 核内小体 0.40000 XP_057808688.1
4 Chromosome 染色体 0.20000 XP_057808688.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057808688.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:22661866 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B35,B53,C16,D3
Chr4:22661867 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C27,D4
Chr4:22661869 T TC 1bp_insertion frameshift_variant 9 A24,A25,B11,B115,B126,B2,B80,C13,C18
Chr4:22661875 TCC T 2bp_deletion frameshift_variant 1 B118
Chr4:22661875 TCC T 2bp_deletion CDS_variant 1 B118
Chr4:22661885 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B90
Chr4:22661889 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 11 A13,B125,B25,B31,B43,B82,B88,C10,C13,C41,C65
Chr4:22661899 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B75,C13
Chr4:22661908 AC * 1bp_deletion CDS_variant 4 B111,B91,C2,C29
Chr4:22661911 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B59,C79,C81
Chr4:22661915 CT C 1bp_deletion frameshift_variant 8 B67,B70,B77,B91,C47,C62,C73,C75
Chr4:22661921 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A14,C47

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057952705.1
ATGGCTTCTTCATCCGCTAACCGCCCTGTTTTTTCCCCTTCTCCTACCCCTACTCCTCCGGCTTCTCCACCTTCTTCTCCCGATCCCCAGAATCCTCAAGACCCTCCGGCCTCCCCTGAATCTCCCCCACCTCCTCCTAATATGCCTAAGCCCATTCCCATATCCAGGCTAGATGTCGCAGATATGAATAAGATGGCCGAAATATGTAAAAACCCCGCAGGCCTGAGGCATGTCGTGGAGACAAAAATGCCGATTAATTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131023161
ATGGCTTCTTCATCCGCTAACCGCCCTGTTTTTTCCCCTTCTCCTACCCCTACTCCTCCGGCTTCTCCACCTTCTTCTCCCGATCCCCAGAATCCTCAAGACCCTCCGGCCTCCCCTGAATCTCCCCCACCTCCTCCTAATATGCCTAAGCCCATTCCCATATCCAGGCTAGATGTCGCAGATATGAATAAGATGGCCGAAATATGTAAAAACCCCGCAGGCCTGAGGCATGTCGTGGAGACAAAAATGCCGATTAATTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057808688.1
MASSSANRPVFSPSPTPTPPASPPSSPDPQNPQDPPASPESPPPPPNMPKPIPISRLDVADMNKMAEICKNPAGLRHVVETKMPINFVRCRPSDPGERGSRTQGSSGRGSGDASSRADMSEQPAGSEMDTSRMVSDVAGVITPTRSFPPGRGKSMKVLEMFSPDRQKVGGSGASSHRAEGGLESQIGEAIQCIDDYDTLEKDLKKKKDAHVKRDQEVTVLMECFSKADTDMAALQAKVEQLEVEKASLASELGRAKKEGY...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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