当前解析结果
SmilChr04G001394| 统一新 Gene ID | SmilChr04G001394 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr04G001394 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr04G001394 |
| 染色体 / SeqID | Chr04 / NC_080390.1 |
| 坐标与链方向 | 22666725 - 22668194 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131023162 |
|---|---|
| GeneID | 131023162 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131023162 |
| 原始查询 | SmilChr04G001394 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hit=Os04g0191000; species=rice; confidence=low |
| 产物 | hit=Os04g0191000; species=rice; confidence=low |
| Arabidopsis | ATMG00750- identity=36.1; qcov=0.147; evalue=4.44e-06; confidence=weak |
| Rice | Os04g0191000- identity=25.9; qcov=0.458; evalue=6.61e-10; confidence=low |
| GO | GO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0004523 (RNA-DNA hybrid ribonuclease activity); GO:0015074 (DNA integration) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00075 (RNase_H); PF00665 (rve); PF13456 (RVT_3); PF17921 (Integrase_H2C2) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131023162 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.80000 | XP_057808690.1 |
| 2 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.80000 | XP_057808690.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057808690.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057808690.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057808690.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr4:22666725 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B53 |
Chr4:22666734 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B58,D6 |
Chr4:22666737 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A21,A23,B29 |
Chr4:22666750 |
AC |
A |
1bp_deletion | frameshift_variant | 6 | B101,B108,B132,B2,D10,D7 |
Chr4:22666755 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B25,B68,C33,C9,D3 |
Chr4:22666759 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B14,B22,D6 |
Chr4:22666769 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 25 | A10,A18,A20,A7,B105,B11,B110,B113,B117,B124,B125,B131,B132,B14,B18,B46,B90,B92,B97,B98,C15,C26,C61,C80,C87 |
Chr4:22666770 |
AT |
A |
1bp_deletion | frameshift_variant | 39 | A1,A2,A22,A24,A5,B10,B119,B121,B129,B130,B135,B139,B25,B48,B49,B54,B61,B70,B72,B74,B76,B81,B84,C1,C11,C18,C22,C29,C3,C37,C44,C5,C50,C52,C56,C58,C65,C69,C71 |
Chr4:22666777 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 3 | A18,B135,B40 |
Chr4:22666777 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A18,B135,B40 |
Chr4:22666810 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B102,B111,B134,C15,C8 |
Chr4:22666852 |
AC |
* |
1bp_deletion | CDS_variant | 2 | B17,B24 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057808690.1PF00075
RNase_H 78-190 aa
PF13456
RVT_3 103-198 aa
PF17921
Integrase_H2C2 290-338 aa
PF00665
rve 356-448 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057808690.1 |
Pfam | PF00075 |
RNase_H | Domain | 78 | 190 | 7.6e-07 | 30.1 | RNase H |
XP_057808690.1 |
Pfam | PF13456 |
RVT_3 | Domain | 103 | 198 | 4.4e-14 | 53.2 | Reverse transcriptase-like |
XP_057808690.1 |
Pfam | PF17921 |
Integrase_H2C2 | Domain | 290 | 338 | 4.9e-10 | 40.1 | Integrase zinc binding domain |
XP_057808690.1 |
Pfam | PF00665 |
rve | Domain | 356 | 448 | 7.3e-18 | 65.4 | Integrase core domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。