Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G001409`

染色体: Chr04 坐标: 22932117-22933439 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G001409`
名称	SmilChr04G001409
描述	uncharacterized SmilChr04G001409
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	22932117 - 22933439 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131023169`
GeneID	`131023169`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131023169`
原始查询	`SmilChr04G001409`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os08g0315200; species=rice; confidence=low
产物	hit=Os08g0315200; species=rice; confidence=low
Arabidopsis	`-` -
Rice	`Os08g0315200` - identity=34.3; qcov=0.391; evalue=8.39e-27; confidence=low
GO	GO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0008270 (zinc ion binding)
KEGG	-
Pfam	PF03732 (PEG10_N-capsid); PF08284 (RVP_2); PF19259 (Ty3_capsid)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131023169

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057808697.1`
2	Nucleus	细胞核	0.40000	`XP_057808697.1`
3	Cytoplasmic granule	细胞质颗粒	0.20000	`XP_057808697.1`
4	Cytoplasmic ribonucleoprotein granule	Cytoplasmic ribonucleoprotein granule	0.20000	`XP_057808697.1`
5	Cytosol	细胞质基质	0.20000	`XP_057808697.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:22932147`	`TC`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	6	A13,B123,B131,B30,C27,D3
`Chr4:22932156`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C60
`Chr4:22932161`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B31
`Chr4:22932172`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A23,A24,B96,C13,C84
`Chr4:22932188`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	1	B48
`Chr4:22932188`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B48
`Chr4:22932194`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B122,B32,B8,C61
`Chr4:22932195`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B122,B32,C61
`Chr4:22932201`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B49,B66,B79,D11
`Chr4:22932215`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B38,B39,B56,B96
`Chr4:22932232`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B8
`Chr4:22932256`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B10,B60,C35

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057808697.1

440 aa

220

440

PEG10_N-capsid

Ty3_capsid

RVP_2

PF03732 PEG10_N-capsid 78-151 aa PF19259 Ty3_capsid 96-230 aa PF08284 RVP_2 366-416 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057808697.1`	Pfam	`PF03732`	PEG10_N-capsid	Domain	78	151	5.6e-10	40.1	Retrotransposon-derived protein PEG10, N-terminal capsid-like domain
`XP_057808697.1`	Pfam	`PF19259`	Ty3_capsid	Domain	96	230	4.4e-07	30.2	Ty3 transposon capsid-like protein
`XP_057808697.1`	Pfam	`PF08284`	RVP_2	Domain	366	416	1e-06	29.3	Retroviral aspartyl protease

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057952714.1
ATGGCCAGAACAAGGGGTAACAGGAGACCTCCGGCAGACGAAGAATCTGATAGCGAAGCCACTCAATCGATGGGGAATAGGAATCGAAATCGAAATGACGTTAATACGCTGGCCCACGTGCTTGCACAAGCACTGAGAAGAGTATTGCCCCAGCAACCCCATCAACCTCAAGCAGAAGGTGGAAATGGAGTAGTAGCTCAATTTCGAAGCATGGCACCGCCAATTCTAAGAGGGAATGAAGGACCCTTAGGGACCGAGGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131023169
ATGGCCAGAACAAGGGGTAACAGGAGACCTCCGGCAGACGAAGAATCTGATAGCGAAGCCACTCAATCGATGGGGAATAGGAATCGAAATCGAAATGACGTTAATACGCTGGCCCACGTGCTTGCACAAGCACTGAGAAGAGTATTGCCCCAGCAACCCCATCAACCTCAAGCAGAAGGTGGAAATGGAGTAGTAGCTCAATTTCGAAGCATGGCACCGCCAATTCTAAGAGGGAATGAAGGACCCTTAGGGACCGAGGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057808697.1
MARTRGNRRPPADEESDSEATQSMGNRNRNRNDVNTLAHVLAQALRRVLPQQPHQPQAEGGNGVVAQFRSMAPPILRGNEGPLGTEEWMRQMERVFNYMRCRDDLKVTCAAFQLTDDAGHWWESETAALTEEQMRATTWRTFKEKVMGKYFPRAFRKQKEIELMNLEQGNMTILEYERKFTQLGRFAPHLVDTDEKKAWRFENGLRPEIGGHLAALNITSYSEILERAQAVASRLKLDNSVVRPQHTGEKRHCDDRDKMR...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器