当前解析结果
SmilChr04G001413| 统一新 Gene ID | SmilChr04G001413 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr04G001413 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr04G001413 |
| 染色体 / SeqID | Chr04 / NC_080390.1 |
| 坐标与链方向 | 22990510 - 22995892 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131019448 |
|---|---|
| GeneID | 131019448 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131019448 |
| 原始查询 | SmilChr04G001413 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | Polymerase/histidinol phosphatase-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:815867]; symbol=AT2G13840; hit=AT2G13840; species=arabidopsis; confidence=high |
| 产物 | Polymerase/histidinol phosphatase-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:815867]; symbol=AT2G13840; hit=AT2G13840; species=arabidopsis; confidence=high |
| Arabidopsis | AT2G13840 (AT2G13840)Polymerase/histidinol phosphatase-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:815867] identity=59.9; qcov=0.953; evalue=1.29e-180; confidence=high |
| Rice | Os03g0192000- identity=52.3; qcov=0.96; evalue=3.76e-153; confidence=high |
| GO | GO:0004534 (5'-3' RNA exonuclease activity); GO:0035312 (5'-3' DNA exonuclease activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF02811 (PHP) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131019448 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.80000 | XP_057803979.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.40000 | XP_057803979.1 |
| 3 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.40000 | XP_057803979.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057803979.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057803979.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr4:22991009 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B103,B104,B119,D11 |
Chr4:22994086 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B2 |
Chr4:22995303 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C21 |
Chr4:22995522 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C52 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057803979.1PF02811
PHP 71-136 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057803979.1 |
Pfam | PF02811 |
PHP | Family | 71 | 136 | 2.4e-14 | 54.7 | PHP domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。