Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G001414`

染色体: Chr04 坐标: 22995943-23003366 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G001414`
名称	SmilChr04G001414
描述	uncharacterized SmilChr04G001414
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	22995943 - 23003366 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131019449`
GeneID	`131019449`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131019449`
原始查询	`SmilChr04G001414`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	Endoplasmic reticulum vesicle transporter protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:840509]; symbol=AT1G36050; hit=AT1G36050; species=arabidopsis; confidence=high
产物	Endoplasmic reticulum vesicle transporter protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:840509]; symbol=AT1G36050; hit=AT1G36050; species=arabidopsis; confidence=high
Arabidopsis	`AT1G36050` (AT1G36050) Endoplasmic reticulum vesicle transporter protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:840509] identity=74; qcov=0.995; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os05g0490200` - identity=67.1; qcov=0.997; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0005783 (endoplasmic reticulum); GO:0030134 (COPII-coated ER to Golgi transport vesicle)
KEGG	-
Pfam	PF07970 (COPIIcoated_ERV); PF13850 (ERGIC_N)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131019449

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Endoplasmic reticulum	内质网	0.80000	`XP_057803980.1`
2	Endoplasmic reticulum membrane	内质网膜	0.80000	`XP_057803980.1`
3	Golgi apparatus	高尔基体	0.80000	`XP_057803980.1`
4	Cis-golgi network	Cis-golgi network	0.80000	`XP_057803980.1`
5	Endoplasmic reticulum-golgi intermediate compartment	Endoplasmic reticulum-golgi intermediate compartment	0.40000	`XP_057803980.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:22996975`	`C`	`CT`	1bp_insertion	frameshift_variant	42	A2,A3,B104,B108,B11,B121,B129,B130,B136,B138,B15,B18,B24,B25,B28,B31,B33,B35,B36,B41,B5,B51,B55,B56,B59,B61,B67,B72,B99,C15,C25,C31,C32,C4,C42,C44,C48,C5,C60,C84,D5,D8
`Chr4:22998095`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A20,C19,C54
`Chr4:23002940`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C11,C69

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057803980.1

387 aa

194

387

ERGIC_N

COPIIcoated_ERV

PF13850 ERGIC_N 9-98 aa PF07970 COPIIcoated_ERV 150-367 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057803980.1`	Pfam	`PF13850`	ERGIC_N	Domain	9	98	4.7e-32	110.7	Endoplasmic Reticulum-Golgi Intermediate Compartment (ERGIC)
`XP_057803980.1`	Pfam	`PF07970`	COPIIcoated_ERV	Family	150	367	1.3e-84	284.3	Endoplasmic reticulum vesicle transporter

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057947997.1
TAACAATTAATAAAAAAAGACAAAATCCTAAGAAAAAGGGTAGACGTCCTAAAACTAAGAAGTTTGACCATTGTAGGGATTGAAATCGTTGAAAAAAGCAAGAATTATTGAGAATCATACATTCCCACAAAATAATCGCAGAGCGTTGCGAAGAAAAAAATGTATAAATAGGTAGCAGGATCACGCGCAATTTCTAATACTTGCCGGAGTTGGTTGCATTTTTTTCTTCTCTTTGCGAGAAAAAAAGGACGGGTTGAACA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131019449
ATGATGGATAGAATGTTTAATAAGCTGCGGAATTTGGACGCGTACCCCAAGGTGAATGAAGATTTCTACAGCCGTTCGCTATCTGGTGGCGTTATCACCCTCGTTTCCTCTTTCTTCATTGCCTTGCTCGTCGTCTCGGAATTTAGATTATACCTCCACACGGTTACAGATACACAGCTTGTGGTAGACACGTCTAGGGGAGGAAAATTACGCATCAATTTTGATGTAACATTTCCTTCCGTTCCATGCACGTTGCTGAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057803980.1
MMDRMFNKLRNLDAYPKVNEDFYSRSLSGGVITLVSSFFIALLVVSEFRLYLHTVTDTQLVVDTSRGGKLRINFDVTFPSVPCTLLSLDAMDISGEQHLDIRHDIMKKRINSDGNVIEVRQDGIGAPKIEKPLQKHGGRLEHNETYCGSCFGAETSDDHCCNSCEEVREAYRKRGWGMTDPDLIDQCKREGFVQKVKEEEGEGCNIHGSLEVNKVAGNFHFAPGKSIHHSSMNLLDLLALQTESYNISHKINKLSFGDAI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器